یکی از اصلی ترین مسائل موجود در نشست اخیر ناتو در بخارست،مخالفت یونان با عضویت مقدونیه در ناتو بود.این مسئله سبب شعله ور شدن اختلافات موجود میان دو کشور شده است.
عضویت مقدونیه در ناتو به دلیل وتوی یونان رد شده است . آنتونیو میلوشوسکی وزیر امور خارجه مقدونیه در یک کنفرانس خبری در بخارست با ناخرسندی از عدم موفقیت مقدونیه در دریافت دعوتنامه عضویت در سازمان پیمان آتلانتیک شمالی (ناتو) کشورهمسایه خود یعنی یونان را در این امر مقصر قلمداد کرد.
وزیر امورخارجه مقدونیه تصریح نموده است که یونان از امروز مسوولیت هرگونه بی ثباتی احتمالی در منطقه را میبایستی بطور کامل بر عهده بگیرد.
اختلافات یونان و مقدونیه بر سر نام این جمهوری است . تازهترین پیشنهاد متیونیمس میانجیگر سازمان ملل متحد در رفع اختلافات یونان و مقدونیه انتخاب نام جمهوری مقدونیه -اسکوپیه برای مقدونیه است که رهبران مقدونیه به رغم ناخرسندی آن را بخاطر عضویت درناتو قبول کرده بودند. این اختلافات که حدود هفده سال به درازا کشیده، روابط دوکشور را تحت الشعاع خود قرار داده است .
دولت یونان از قبل تهدید کرده بود که اگر این اختلاف میان دو کشور در چارچوب مذاکره و تفاهم حل وفصل نشود اجازه عضویت مقدونیه در ناتو را با استفاده از حق وتوی خود نمیدهد. یونان با نام جمهوری مقدونیه برای این کشور جدا شده از یوگسلاوی سابق مخالف است و آن را برگرفته از نام یک استان خود میداند. یونان از آن بیم دارد که اطلاق این نام به کشور مذکور درآینده موجب تحریک جدایی طلبان از منطقه مقدونیه در خاک خود شود و به همین لحاظ خواهان تغییری حتی جزیی در نام این کشور است . عدم موفقیت مقدونیه در کسب دریافت دعوتنامه عضویت در سازمان پیمان آتلانتیک شمالی (ناتو) موجب ناخرسندی رهبران سیاسی وحزبی و شخصیتهای حقوقی اسکوپیه شده است .
چند تن از استادان دانشکده حقوق دانشگاه اسکوپیه در واکنش به مخالفت یونان با عضویت مقدونیه در ناتو به دولت پیشنهاد کردهاند که از دولت یونان نزد یک نهاد بینالمللی قضایی شکایت کند.
این استادان حقوق مقدونیه براین عقیدهاند که مخالفت یونان باحضور کشورشان در ناتو و حتی عضویت این کشور در اتحادیه اروپا باعث عقب ماندگی کشور و کند شدن روند پیوستن به ساختارهای اروپایی و فراآتلانتیکی و حتی جذب سرمایهگذاران خارجی شده است. تحلیلگران سیاسی مقدونیه براین عقیدهاند شکست مقدونیه در کسب عضویت ناتو به روند بیثباتی در این کشور دو میلیون نفری که بیش از یک سوم آن را آلبانیایی تباران تشکیل میدهند، منجر میشود.
از سوی دیگر،یاپ دو هوپ شفر دبیرکل ناتو در کنفرانس خبری در بخارست ضمن تایید پذیرش کرواسی وآلبانی در سازمان پیمان آتلانتیک شمالی (ناتو) گفت : موافقت کردیم که دعوتنامه عضویت را برای مقدونیه پس از یافتن راه حلی تفاهم آمیز درمورد نام این کشور ارسال نماییم . عضویت کرواسی و آلبانی در ناتو می تواند در مناسبات آتی آنها با روسیه تاثیرگذار باشد.
این در حالیست که روسیه به شدت با گسترش ناتو به شرق مخالف بوده و این مخالفت خود را به عاوین مختلف ابراز نموده است.این در حالیست که موافقت اعضای ناتو با طرح استقرار سیستم دفاع موشکی ایالات متحده آمریکا در خاک اروپا سبب نارضایتی شدید مسکو شده است.