در حدود ۶۰سال پس از ابن سینا، غزالی در کتابی که در نقد فلسفه نوشته بود، وی را تکفیر کرد. این امر در ظاهر، تنها به این دلیل بود که به نظر وی، ابن سینا در سه مسأله فلسفی به خطا رفته بود و مطالبی نگاشته بود که با ظاهر دین سازگاری نداشت. البته نه غزالی تنها کسی بود که دست به تکفیر فلاسفه زده و نه ابن سینا تنها فیلسوفی است که متهم به کفر و بی دینی شده است. پس از وی، شیخ شهاب الدین سهروردی، ملاصدرا و بسیاری دیگر از فلاسفه نیز مورد آماج حملات ظاهریون قرار گرفتند. ظاهریون ـ که غزالی نیز به مشرب فکری آنها تعلق دارد ـ تنها به ظاهر عبارات دینی استناد می کنند و هرگونه تأویل و تفسیر عمیق را جایز نمی شمارند، بنابراین از نظر فکری در مقابل باطن گرایان قرار دارند. جریان های فکری اخباری گری، تفکیکی، اهل حدیث، اشعری و... هر یک تا حدی به این نحوه از تفکر تعلق دارند.
این تکفیر چنان مؤثر بود که تقریباً در اهل سنت، فلسفه را به انزوا کشاند و پس از غزالی با وجود تلاش هایی که برخی از فلاسفه مانند ابن رشد انجام دادند، هرگز آب رفته به جوی بازنگشت و فلسفه، اقبال و شکوه سابق خود را بازنیافت. در مورد علت تکفیر شدن ابن سینا از سوی غزالی، دلایل متعددی را می توان اظهار کرد.
نگاهی به وضع تاریخی و اجتماعی زمان غزالی و محیطی که وی در آن زندگی می کرد، نشان می دهد که چرا دست به تکفیر فلاسفه و بویژه ابن سینا زد. غزالی در نیمه دوم قرن پنجم هجری زندگی می کرد. در زمان وی، سلجوقیان به قدرت رسیده بودند و حتی بر خلفای بغداد استیلا داشتند. خواجه نظام الملک که وزیر معروف سلجوقیان بود، مدارسی با عنوان «نظامیه» تأسیس کرد که نام این مدارس از نام وی اقتباس شده بود. هدف از تأسیس این مدارس دفاع از دین و پشتیبانی فکری از تفکر سلجوقیان و خلفای بغداد بود. در آن زمان، بزرگ ترین دشمن فکری و سیاسی آنان، شیعیان اسماعیلی بودند که با تأسیس حکومت فاطمیون در مصر و در دست داشتن قلعه های الموت و قهستان در ایران، حملات فکری عظیمی را بر تفکر رایج وارد می کردند. اختلاف سیاسی و فکری میان این دو جریان به حدی بود که در نهایت، خواجه نظام الملک به دست یکی از فدائیان اسماعیلی از پای درآمد.
در چنین شرایطی مسلم است که همت اصلی محصلان و مدرسان مدارس نظامیه متوجه دفع شکوک فکری اسماعیلیه و نظرات آنها بود. اسماعیلیان، باطن گرا بودند، از این رو آنها را «باطنیه» نیز نامیده اند و چنان که گفته شد، تفکر آنها در مقابل تفکر ظاهرگرای سلجوقیان و عباسیان قرار داشت. با توجه به این شرایط اجتماعی، غزالی در نظامیه به تحصیل و تدریس پرداخت. آنچه ظاهرگرایان را همیشه ترسانده، تفکر عقلانی و فلسفی بوده است، زیرا فیلسوف حقیقی تنها به دلایل معتبر ارج می گذارد و به سخنان خطابی و جدلی اکتفا نمی کند. پیش از ابن سینا، جماعت «اخوان الصفا» که برخی آنان را اسماعیلی می دانند، تألیفاتی در فلسفه داشتند. در مورد ابن سینا نیز این نکته جالب توجه است که گرچه در مورد مذهب او به نحو قاطع نمی توان اظهارنظر کرد، اما چنانکه در زندگینامه ای که به دست خود وی نوشته است، آمده، پدر و برادر وی از اسماعیلیان بودند. گرایش اسماعیلیان به فلسفه و مخالفت تفکر حاکم در مدارس نظامیه با اسماعیلیان، دلیل قانع کننده ای برای حمله غزالی به فلسفه و ابن سیناست. غزالی پیش از آن که کتابی در رد افکار فلاسفه بنویسد و برای آن که نشان دهد یک طرفه به قاضی نرفته است و نقدهای وی از سر بی اطلاعی و جهل نیست، کتابی با عنوان «مقاصد الفلاسفه» نوشت و در آن به شرح یک دوره کامل و مختصر از فلسفه پرداخت.
امروزه نشان داده شده است که این کتاب، ترجمه ای آزاد از کتاب «دانشنامه علایی» ابن سینا به زبان عربی است که غزالی آن را به نام تألیف خود، منتشر کرده است. وی پس از نوشتن این کتاب، به نقد فلسفه پرداخت و در کتابی با عنوان «تهافت الفلاسفه» که به معنای پراکنده گویی و تشویش سخنان فلاسفه است، به بررسی بیست مسأله مطرح در فلسفه پرداخت و آنها را مورد نقد قرار داد. از میان این بیست مسأله، وی در سه مسأله، فلاسفه و بویژه ابن سینا را کافر دانست و حکم به تکفیر آنها کرد.
یکی از این سه مسأله در مورد این سؤال است که آیا خداوند، عالم را در زمان خاصی آفریده است و یا آن که عالم در ازل خلق شده است؟ ظاهریون بر مبنای ظاهر آیات و روایات، همواره بر حدوث و پیدایش زمانی عالم تأکید کرده اند و فلاسفه مشاء به دلایل عقلانی عالم را قدیم دانسته اند. مسأله دوم در مورد علم خداوند است.
از نظر غزالی نظریه ای که ابن سینا در مورد نحوه علم خداوند ابراز کرده بود، نمی توانست علم خداوند را به امور جزئی و متغیر توجیه کند. این اشکال همواره مطرح بوده است که اگر ذات الهی از هرگونه تغییر مبراست و اگر علم ما به امور متغیر، امری متغیر است، چگونه می توان علم خداوند به امور متغیر عالم را توجیه کرد. غزالی معتقد بود که ابن سینا نتوانسته است به این سؤال به نحو صحیحی پاسخ گوید. مسأله سومی که خشم غزالی را برانگیخته بود، نظر ابن سینا در مورد معاد جسمانی بود. این سؤال مطرح بوده است که آیا انسان در هنگام معاد با همین جسم خود محشور می شود و عذاب و پاداش روز قیامت، حسی است و یا آن که انسان، تنها با روح خود محشور شده، مورد عذاب و یا پاداش روحانی قرار می گیرد.
از آنجا که ظاهر آیات و روایات به نحو صریح بر معاد جسمانی تأکید می کند، غزالی بر معاد جسمانی پای می فشرد و به ابن سینا حمله می کرد. ابن سینا در کتاب «شفا» و در بحث از معاد می نویسد که نمی تواند مسأله معاد جسمانی را ثابت کند، اما به دلیل آن که پیامبر اکرم(ص) فرموده است، این نحوه از معاد را می پذیرد به نظر می رسد که این سخن متواضعانه ابن سینا نباید جایی برای تکفیر او باقی گذارد، اما وی در رساله دیگر خود با عنوان «اضحویه» که آن را به مناسبت عید قربان (عید اضحی) نوشته، در مورد معاد جسمانی به صورت دیگری قضاوت کرده است. وی در این رساله که آن را به صورت اختصاصی در مورد بحث معاد نوشته است، معاد حقیقی را معادی روحانی می داند، اما خداوند به دلیل آن که عامه مردم نمی توانند لذت و الم روحانی را درک کنند، این امور را به امور محسوس و لذت ها و الم های حسی تشبیه کرده است، تا عموم مردم به آنها رغبت کنند. از این رساله ابن سینا ترجمه ای متعلق به قرن هفتم در دست است.
براساس این ترجمه، ابن سینا نوشته: «[خداوند] معاد روحانی را به وجهی بیان کردی که عوام فهم کنند و بدانند و رغبت نمایند و بترسند... از برای آن که سعادت حقیقی و لذات روحانی ایشان را مفهوم نیست و در وهم ایشان نیاید... بلکه محال شناسند و اگرچه بعضی مردم به زبان گویند، به دل اعتقاد ندارند». امروزه برخی از مفسران قرآن کریم به نظری مشابه نظر ابن سینا قائل اند و توصیفات بهشت و جهنم را در قرآن کریم، مصداق تشبیه معقول به محسوس می دانند، اما تفاوت ابن سینا در این است که در این رساله به طور رسمی معاد جسمانی را منکر می شود و تنها، معاد را منحصر در نوع روحانی آن می داند.
در صورتی که هیچ یک از مفسران این نظر را نپذیرفته اند و اگرچه برخی از آنان توصیفات مطرح در قرآن کریم را از نوع تشبیه معقول به محسوس دانسته اند، اما یکسره منکر معاد جسمانی و ظاهر عبارات قرآنی در وصف بهشت و جهنم نشده و بر وجود آنها تأکید کرده اند. با توجه به زمینه اجتماعی ذکر شده در زمان غزالی و نظریات خاص ابن سینا، غزالی ابن سینا را تکفیر کرد. بر اثر این تکفیر، عده ای برای همیشه از فلسفه روی گرداندند. اگرچه بعدها افرادی چون ملاصدرا، مباحث فلسفی تازه ای مطرح کردند که براساس آنها مسأله حدوث زمانی عالم و علم خداوند به جزئیات و معاد جسمانی از طریق مباحث فلسفی ثابت شد، اما در نظر عده ای، فلسفه همچنان بد نام باقی ماند.
آنچه روح کلی این اختلاف را نشان می دهد، اختلاف قدیمی و دامنه داری است که با عنوان «رابطه دین و فلسفه» و گاه با عنوان «رابطه عقل و دین» همواره بخشی از مشغله فکری فلاسفه و عالمان دینی را به خود اختصاص داده است. ابن رشد یکی از کسانی است که در کتاب خود با عنوان «فصل المقال فی مابین الحکمه و الشریعه من الاتصال»، به نحو مبسوط به این مسأله پرداخته است. وی در رد نظر ظاهرگرایان و دفاع از تفکر عقلانی می نویسد: «مثل آن کس که مردم اهل و شایسته را از خواندن کتب حکمی منع می کند، بدین دلیل که گمان می برد که پاره ای از مردم فرومایه از مطالعه این کتب گمراه شده اند، همچون کسی است که تشنه ای را از نوشیدن آب گوارا باز دارد تا بمیرد، بدین دلیل که مثلاً کسانی به واسطه جستن آب در گلویشان، مرده اند چرا که مرگ حاصل از جستن آب در گلو، امری ذاتی آب نیست، ولی مرگ حاصل از ننوشیدن آب، امری ذاتی است».
اگر فیلسوفی در یکی از مسائل فلسفی به خطا برود، موجب گمراهی دیگران نخواهد شد بدین دلیل که عامه مردم به کتاب های فلسفی مراجعه نمی کنند و آنان نیز که این کتاب ها را می خوانند، می دانند که هرگز نمی توان نظرات مطرح در این گونه کتاب ها را سخن آخر به شمار آورد.