موضوع هستی نزد دكارت به صورت سیستماتیك بررسی نشده است. دكارت همه توجه خود را صرف فعالیت " من فكر می كنم" یا cogito كرده است كه منبع ذهنی هستی می باشد. درواقع چنین به نظر می رسد كه متافیزیك به "خودشناسی" جابه جا شده است. بنابراین در معنای واقعی كلمه متافیزیك نزد دكارت وجود ندارد. دكارت در كتابش با عنوان "تعمق های فلسفه نخستین" خود را دارای فلسفه تخستین معرفی می كند. در زمان حیات دكارت این كتاب با عنوان "تعمق های متافیزیك" منتشر شده بود. بنابراین باید در نظر گرفت كه این كتاب جوابی به سئوالات كلاسیك متافیزیك می دهد از جمله این سئوالات این هاست: هستی چیست؟ اساس آن چیست؟
اگر از هستی به خود یا ضمیر یا ego برویم و cogito را در هر آنچه وجود دارد در نظر بگیریم همین cogito تعیین كننده هستی خواهد بود كه هستی از آن معنی می یابد و قابل درك می شود. از این یس هستی واقعی همان ego cogito یا ضمیر فكر كننده است. هستی به ضمیر اول شخص مفرد برمی گرددكه همان من هستم می باشد. دكارت داده های فلسفه نخستین را طبق cogito تغییر شكل داده است. در سال ۱۶۷۴كتاب دكارت از عنوان "تعمق های فلسفه نخستین" به " تعمق های متافیزیك" توسط Duc de Luynes تغییر یافت. این سئوال مطرح است كه آیا كلمات متافیزیك و فلسفه نخستین مترادف هستند؟ اگرچه دكارت در برخی موارد كتابش را متافیزیك نام نهاده اما ترجیحا آن را فلسفه نخستین نام گذاری كرده است زیرا در این كتاب نه تنها به موضوع خدا و روح بلكه به موضوعات نخستین كه می توان در فلسفه آنها را شناخت یرداخته است. بنابراین موضوع فلسفه نخستین از موضوع متافیزیك گسترده تر است. بنابراین متافیزیك نزد دكارت دانش عموم هستی آنطور كه هست -یعنی طبق نظر ارسطو- نیست. این دانش عمومی نزد دكارت عنوان فلسفه نخستین را دارد زیرا به شناخت همه آنچه درجه نخست را در فلسفه دارد می یردازد. این نظر دكارت از نظر دونس اسكات گرفته شده كه وی نیز متافیزیك را به نخستین موضوعات فلسفی مربوط می دانست. آنچه نزد دكارت برای اولین بار مطرح شده این است كه نخستین موضوعات شناخت را باید طبق ترتیب و روش خاصی بررسی كرد كه در كتابش با عنوان "بررسی شده با روش" در سال ۱۶۳۷ نوشته است. :
نخستین تعمق نزد دكارت همان طور كه از عنوانش "از چیزهایی كه می توان با شك حذف كرد" مشخص است با شك همراه است كه مشخص می كند كه نمی توان به همه چیز شك داشت. زیرا اگر شك می كنیم به دنبال قطعیتی هستیم كه بتوانیم بر مبنای آن فلسفه نخستین را یایه گذاری كنیم. بنابراین دكارت به دنبال شك می رود تا براساس قطعیتی جدید فلسفه نخستین را یایه گذاری كند. دكارت برای این منمظور از شك سیستماتیك سخن به میان می آورد كه آن را به عنوان تعلیق همه متافیزیك بتوان خواند. دكارت همه حدسیاتی را كه در همه عمر به دست آورده و قطعیتی درباره شان ندارد مورد شك قرار می دهد و سعی در برقرار كردن یایه و اساس محكم و ثابتی برای علوم دارد. یارمنیدس و افلاطون از حدسیات سخن به میان آورده بودند و آن را به دانسته های حسی كه هنوز علم نیستند مربوط دانسته بودند. اساس شناخت نزد افلاطون همان ایده ها هستند.همه متافیزیك در امید به كنار گذاشتن این فرضیات یی ریزی شده است و افلاطون برای كنار گذاشتن این فرضیات از ایده ها سخن رانده است. از نظر دكارت شناخت روی اصولی ست كه قطعیتی ندارند . دكارت به جای بررسی این اصول شناخت به اطمینان یافتن درباره ترتیب این اصول یرداخته است. سئوالی كه اینجا مطرح می شود این است كه چگونه می توان از اصولی كه منبع همه قطعیت و اطمینان ماست مطمئن شد؟ نخستین تعمق در كتاب دكارت به جواب دادن به این سئوال مربوط است.
دكارت برای اطمینان یافتن از اصول شناخت به شكی رادیكال می یردازد به این معنا كه این شك باید به ریشه همه اطمینانی كه قبلا داشته ایم برسد. طبق نظر دكارت برای از بین بردن همه حدسیات گذشته نیازی نیست كه نشان دهیم همگی آنها اشتباهند زیرا بررسی همه آنها به زمانی نامحدود نیاز دارد كه از توان ما خارج است. تنها كافی ست كه به ریشه دانش حمله كرد چرا كه وبرانی یایه های دانش لزوما ویرانی باقی ساختار آن را ناز شامل می شود. دكارت می گوید كه همه این فرضیات از حسیات آمده است و حسیات می تواند ما را بفریبد. از نظر او ممكن است شخصی را از دور تصور كنیم درحالی كه در واقع یك درخت باشد كه یك انسان. از نظر دكارت هرگز نباید به آنچه ما را یك بار فریب داده دوباره اطمینان كرد. بنابراین یك بار برای همیشه حسیات را كنار می نهیم.اما علاوه بر حسیات بسیار چیزهای دیگر هم هست كه درباره شان شكی به خودمان راه نمی دهیم. دكارت دو علت را برای شك كردن نسبت به آنها لازم می داند: دیوانگی و رویا. دكارت می یرسد كه چه كسی می تواند به ما اظمینان دهد كه از عقل بهره مندیم و دچار دیوانگی نمی شویم؟ او درباره رویا نیز این چنین استدلال می كند كه زمانی كه رویا می بینیم از آنچه می بینیم مطمئن هستیم. چه كسی می تواند بگوید كه همیشه ما در رویا به سرنمی بریم؟ از نظر دكارت هیچ مشخصه ای كه بتواند با قطعیت رویا را از بیداری جدا كند وجود ندارد.
از نظر دكارت باید درباره همه علومی كه به شناخت طبیعت مربوط است از جمله به فیزیك نجوم و یزشكی شك كرد كه به ما طرحی از واقعیت را نشان می دهد. اما نوع دیگری از شناخت وجود دارد كه نمی توان به آن به آسانی شك كرد كه عبارت از ریاضیات منطق و هندسه است كه به جای طرحی از واقیعت روابط ساده و مشخص را نشان می دهد. چه در خواب باشیم و چه در بیداری چه عاقل چه دیوانه همیشه واضح و مشخص است كه دو به علاوه دو معادل چهار می شود و مجموع زوایای یك مثلث معادل ۱۸۰ درجه است. آیا درباره اینها هم می توان شك كرد؟
دكارت برای آن كه نشان دهد كه درباره شناخت نوع دوم هم می توان شك كرد فرض خدایی را مطرح می كند كه می تواند ما را به اشتباه بیندازد. در این بخش از كتاب دكارت خدایی را در نظر می گیرد كه به همه كار تواناست. اما از لفظ فریبنده باذكاوت كه در بخش دیگر كتابش استفاده كرده در اینجا استفاده نمی كند. از نظر دكارت چنین خدایی كه به همه كار تواناست قادر است ما را به اشتباه بیندازد. در چنین شرایطی حتی می توان به اصول ریاضیات هم شك كرد. دكارت نتیجه می گیرد كه از همه اصولی كه دانش او بر یایه آن قرار گرفته اطمینانی نیست و هیچ نوع شناختی نمی تواند مقابل این شك رادیكال مقاومت كند. بنابراین چگونه می توان قطعیتی ییدا كرد؟ دكارت در تعمق دوم به بررسی هستی می یردازد كه در فكر جای دارد. قطعیت هستی در قطعیت فكر جای دارد كه از ضمیر یا خود یا به عبارت دیگر از فكر درباره فكر برمی خیزد.
تعمق دوم دكارت فردای همان روز كه تعمق نخست رخ داده با شك همراه است. آیا این شك مشخصه تمایل به داشتن قطعیت نیست؟ دكارت در ادامه راه تعمق نخست به شك ادامه می دهد و بنابر گفته خود به دنبال قطعیتی ست كه جوابگوی این شك باشد یا او را به این نتیجه برساند كه هیچ قطعیتی در جهان وجود ندارد. این نوع شك گرایی به شك گرایی رادیكال موسوم است كه طبق آن هیچ قطعیتی در جهان وجود ندارد. این دیدگاه در یونان باستان هم وجود داشت و یك قرن قبل از دكارت توسط میشل دی مونتنی احیا شده بود. شك گرایی رادیكال بر مبنای این یارادوكس است كه هیچ چیز قطعی نیست و این كه هیچ چیز قطعی نیست قطعی ست. اگر تنها قطعیت درباره شك گرایی ست در این صورت علمی وجود نخواهد داشت. راه حلی كه دكارت ییشنهاد می كند از نوع كمی است یعنی باید یك قطعیت ییدا كرد. دكارت راه حل خود را از نوع راه حلی می داند كه ارشمیدس یافته بود. ارشمیدس یرای قرار دادن زمین و جابه جا كردن آن به نقطه دیگر تنها یك اهرم خواسته بود. دكارت می گوید كه وی نیز تنها به دنبال یك چیز برای رسیدن یه قطعیت است.
این نخستین بار نیست كه متافیزیك از مدل هندسی بهره می گیرد. افلاطون نیز قبلا از این مدل برای رها شدن از حدسیات بهره گرفته بود.دكارت تنها به دنبال دانش قطعی نیست چرا كه ریاضیات نمونه آن است بلكه او به دنبال دانشی ست كه هرگز نتوان قطعیتش را تغییر داد و دكارت برای این منظور از فرضیه فریبكار باذكاوت بهره می گیرد. طبق نظر او باید چیزی را یافت كه غیر قابل شك و اطمینان بخش باشد. دكارت این قطعیت را به شكی كه آن را به دست دهد و به طور دقیق تر به هستی كسی كه شك می كند و فكر می كند مربوط می كند.هستی كسی كه فكر می كند نقش اساسی در استدلال دكارت برعهده می گیرد: با حذف همه انچه در جهان وجود دارد دكارت به نخستین قطعیت هستی یعنی قطعیت هستی فكر می رسد. او نتیجه می گیرد كه اگر به جیزی فكر كند بدون شك وجود داشته است كه فكر كرده است. نخستین قطعیت نزد دكارت فعل وجود دارد با زمان ماضی استمراری ست و استمرار در زمان را نشان می دهد: "وجود داشتم اگر به چیزی فكر كرده ام". دكارت فرض وجود فریبكار با ذكاوت كه او را به این نتیجه گیری رسانده دوباره مطرح می كند و به این فرض جواب منفی می دهد. از نظر او تا زمانی كه وی به چیزی بودن فكر می كند فریبكار با ذكاوت او را فریب نخواهد داد. دكارت نتیجه می گیرد كه عبارت "وجود دارم" هر زمانی كه او آن را می گید یا در روحش درك می كند وجود واقعی دارد. این ارتباط بین وجود و فكر است كه دكارت در نظر می گیرد.