قانون استخدامی کشور مصوب سال ۱۳۷۰ دارای تنگناهایی بود که شرایط کنونی بازنگری در آن را ضروری کرده بود. این قانون هم از حیث طراحی و هم به لحاظ رعایت عدالت استخدامی از نارسایی های متعددی رنج می برد و از حیث طراحی قانون نظام هماهنگ مصوب ۱۳۷۰ توجه چندانی به ساز و کارهای انگیزشی در کارکنان نداشت و مدیران نیز اختیار چندانی در تعیین میزان پرداختی به کارکنان خود نداشتند. به عنوان مثال فوق العاده شغل و فوق العاده جذب که بخش قابل توجهی از حقوق کارمند را در چارچوب نظام هماهنگ پرداخت مصوب ۱۳۷۰ تشکیل می داد، برای کلیه کارکنان بر اساس پست سازمانی تعیین می شد و مدیر نقش چندانی در تعیین میزان آن نداشت و کارکنان دارای شرایط مشابه بدون توجه به سطح کیفیت کار و میزان خروجی از یک مبلغ یکسان برخوردار می شدند که این مساله نه تنها امکان ایجاد انگیزه در کارکنان را از بین می برد، بلکه موجب کاهش انگیزه کارکنان نیز شده بود، چرا که کارمند مطمئن بود با هر نوع کیفیت کار از میزان مشخصی فوق العاده شغل و فوق العاده جذب بهره مند می شود و تنها فوق العاده یی که مدیر تا حدودی در پرداخت آن نقش ایفا می کند، فوق العاده ویژه مشاغل کارشناسی است که آن هم صرفاً به مشاغل کارشناسی و مدیریتی تعلق می گیرد.
اما نظام پرداخت در فصل دهم لایحه مدیریت خدمات کشوری به شکلی طراحی شده که نوعی رابطه منطقی بین عملکرد - پاداش ایجاد می کند و کارکنان با توجه به عملکرد و میزان اثربخشی خود از پرداخت های سازمان بهره مند می شوند. در این نظام که به شیوه امتیازی طراحی شده ساز و کارهای پرداختی به کارکنان و مدیران به نحوی است که دریافتی های آنان متاثر از ارزیابی عملکرد فرد و سازمان است و مدیر نیز از ابزار کافی جهت تشویق و تنبیه کارکنان تحت سرپرستی خود برخوردار است و در صورتی که نظام شایسته سالاری و شایسته گزینی در سطوح مختلف سازمان حاکم باشد، هر فرد بر اساس میزان داده های خود به سازمان، ستانده خواهد داشت که این امر موجب ایجاد انگیزه در کارکنان و در نهایت ارتقای سطح خروجی های سازمان خواهد شد.
از سوی دیگر ضعف نظام هماهنگ پرداخت در زمینه تحت پوشش قرار دادن سازمان ها و نهادهای مختلف (با شرایط خاص کاری و محیطی) باعث شده که بسیاری از شرکت ها و سازمان ها از جمله سازمان انرژی اتمی، شرکت های صنعتی، هواپیمایی، کشتیرانی و موسسات تابعه وزارت نفت قوانین و مقررات خاصی را تدوین کرده و به تصویب رسانده اند که این مساله زمینه سوء استفاده برخی از شرکت ها و سازمان ها را در خصوص پرداخت های غیرواقعی و بدون رویه فراهم کرده، به نحوی که درحال حاضر بالغ بر ۴۰ شرکت و سازمان تابع قوانین و مقررات خاص خود شده اند و این درحالی است که نظام پرداخت در لایحه مدیریت خدمات کشوری به این مساله توجه داشته و فوق العاده های خاصی را برای پرداخت به کارکنان این سازمان ها و شرکت ها در نظر گرفته و از قابلیت تعمیم به کلیه سازمان ها و شرکت های دارای قوانین و مقررات خاص برخوردار شده است.
یکی از اشکالات وارد بر نظام هماهنگ پرداخت، تعیین حداقل دریافتی کارکنان با یک رقم واحد برای کلیه کارکنان دولت است که عملاً این امر موجب شد کارکنان سازمان (به عنوان مثال یک فرد با دیپلم و یک نفر با مدرک لیسانس یا حتی فوق لیسانس ) از یک حقوق برخوردار باشند یا اینکه دو نفر با مدرک مشابه و رشته شغلی مشابه (به عنوان مثال دو نفر با مدرک دیپلم، یکی بدون سابقه خدمت و دیگری با ۲۰ سال سابقه خدمت) از حقوق یکسان برخوردار شوند، چرا که مجموع حقوق و فوق العاده های شغل آنان کمتر از رقم حداقل دریافتی مصوب سالیانه خواهد شد و هر دو با دریافت مبلغی تحت عنوان تفاوت حداقل دریافتی به رقم مذکور خواهند رسید.
در حالی که قانون مدیریت خدمات کشوری با توجه به تغییرات اساسی در نظام پرداخت و لحاظ کردن عواملی همچون سابقه خدمت و تجربه، مهارت ها و دوره های آموزشی طی شده، تحصیلات، اهمیت و پیچیدگی وظایف و مسوولیت و سطح تخصص در تعیین حقوق ثابت و اتخاذ برخی سیاست های تشویقی در نحوه و میزان پرداخت فوق العاده های مستمر و غیرمستمر عملاً این مشکل را حل کرده است و به یقین کارکنان با مدرک و سابقه متفاوت، منبعد از دریافت یکسانی برخوردار نخواهند بود و عوامل مذکور در تعیین میزان حقوق ثابت آنان تاثیر خواهد داشت.