در ژوئن ۱۹۸۸ دولت يک برنامهٔ جامع اصلاحات ارضى (Comprehensive Agrarian Reform Programme -CARP) را مطرح کرد که هدف آن توزيع مجدد زمين‌هاى کشاورزى انجام مى‌دهند. بعضى از ناظران اين مطلب را بيان مى‌کردند که گسترش محدوديت زمانى به همراه معافيت مالياتى و مقررات پيچيدهٔ مربوط به تساوى حقوقي، ممکن است که تحقق کامل برنامه را به تأخير اندازد. اين مقدمات شامل برنامه‌اى بود که ناشى از سلطهٔ تعدادى از مالکان زمين بر کنگره و مجلس نمايندگان بود. همچنين در ماه ژوئن لاکاس - باناس اتحاد جديد طرفداران آکينو را به‌نام لابان و فيليپين دموکراتيک (LDP) تشکيل دادند.


در آگوست ۱۹۸۸ لورل معاون رئيس‌جمهورى با تقاضا از رئيس‌جمهور براى استعفاء مجدداً بر مخالفت خود در ائتلاف با آکينو تصريح کرده و رهبرى خود را بر جبههٔ مخالفت فراگير يعنى اتحاديهٔ جنبش ملى اعلام نمود.


لورل همچنين يک مبارزه عليه فساد در حکومت آکينو و ميان اعضاء خانوادهٔ رئيس‌جمهورى را آغاز کرد. در ژولاى ۱۹۸۸ کميسيون رياست‌جمهورى براى دولت خوب که جهت احياء مبالغى که مارکوس به‌صورت غيرقانونى به‌دست آورده بود، مورد سوء ظن قرار گرفت. رئيس کميسيون مجبور به استعفاء شد و تجديد سازمان در دستور کار قرار گرفت. در مى ۱۹۸۹ حزب ناسيوناليست مارکوس با انتخاب لورل به‌عنوان رئيس خزب و انريل به‌عنوان دبيرکل آن، احياء گرديد.


در طول سال ۱۹۸۹ دربارهٔ سياست اقتصادى کشور به‌ويژه دربارهٔ پرداخت بدهى‌هائى که به‌وسيلهٔ حکومت مارکوس صورت گرفته بود، در درون دولت با مخالفت‌هائى روبه‌رو گرديد. اين پرداخت‌ها با ميزان توليد ناخالص داخلى برابر بود و بهبود اقتصادى در فيليپين را تهديد مى‌کرد. هم بخش خصوصى و هم سنا خواستار محدوديت در پرداخت بدهى‌ها شدند.در طول سال ۱۹۸۹ دربارهٔ سياست اقتصادى کشور به‌ويژه دربارهٔ پرداخت بدهى‌هائى که به‌وسيلهٔ حکومت مارکوس صورت گرفته بود، در درون دولت با مخالفت‌هائى روبه‌رو گرديد. اين پرداخت‌ها با ميزان توليد ناخالص داخلى برابر بود و بهبود اقتصادى در فيليپين را تهديد مى‌کرد. هم بخش خصوصى و هم سنا خواستار محدوديت در پرداخت بدهى‌ها شدند.


در فوريه ۱۹۸۹ جبههٔ دموکراتيک ملى پيشنهاد کرد که گفتگوهاى صلح با حکومت آغاز شود به‌شرطى که آکينو موافقت کند که با تمديد اجارهٔ پايگاه‌ها به امريکائى‌ها بعد از سال ۱۹۹۱ مخالفت نمايد. پس از رد اين پيشنهاد، حملات جبهه به امکانات و اتباع آمريکائى شروع شد. در ماه ژوئن افشاى بى‌بند و بارى‌ها در هيئت اجرائى CARP دولت را دچار اشکال نمود. تلاش‌هاى پى‌در‌پى آکينو براى انتصاب سانتياگو به‌عنوان دبير اصلاحات ارضى (که قبلاً مسئول کميسيون مهاجرت و بازگردانى بود) به‌طور مکرر از طرف اعضاء کميسيون انتصابات که تحت نفوذ مالکان زمين بود، مخالفت مى‌شد.


در سپتامبر ۱۹۸۹ حکومت فيليپين اولين دعوى از ۳۵ دعوى مطرح شده عليه مارکوس را در غياب او با هدف بازگردانى مبالغ اختلاس شده آغاز کرد. در پايان ماه، مارکوس در هاوائى درگذشت. دادگاه عالى به‌خاطر دفاع از امنيت ملى به درخواست طرفداران مارکوس مبنى بر بازگرداندن جنازهٔ وى براى تشيع جواب منفى داد. دادگاه ايملدا مارکوس به اتهام تقلب و انتقال غيرقانونى مبالغ دزديده شده به آمريکا در آوريل ۱۹۹۰ در نيويورک آغاز شد و او از همهٔ اتهامات تبرئه شد.


در نوامبر ۱۹۸۹ يک همه‌پرسى در ۱۳ استان و ۹ شهر در جزيرهٔ ميندانائو دربارهٔ لايحهٔ خودمختارى اين استان‌ها و شهرها و انتخابات مستقيم تک پارلمانى در هر استان، برگزار شد. اين اقدام با درخواست جبههٔ ملى آزاديبخش مورو براى خود مختارى در ۲۳ استان که بايد بدون برگزارى رفراندوم اعطاء مى‌شد، مغايرت داشت که اين جبههٔ با تأکيد بر جمعيت مسلمان منطقه به اجتناب از شرکت در رفراندوم متوسل گرديد. ساکنان مسيحى نيز به‌شدت با خودمختارى مخالفت کردند. نهايتاً ۴ استان به طرفدارى از پيشنهاد حکومت رأى دادند و موافقت خود را با تشکيل منطقه خودمختار مسلمان ميندانائو اعلام نمودند.


در دسامبر ۱۹۸۹ يک کودتاى نافرجام به‌وسيلهٔ اعضاء ۲ واحد نظامى ويژه، نيروى دريائى و تکاوران اسکات با همدستى RAM و فرماندهان وفادار به مارکوس به‌وقوع پيوست و سربازان شورشي، پايگاه نيروهاى مسلح و دفاتر نيروى هوائى را اشغال کردند که آنها را قادر ساخته بود تا حملات هوائى به استحکامات دولت و کاخ رياست‌جمهورى را شکل دهند. روند کودتا اکينو را ترغيب کرد تا براى جلوگيرى از حملات هوائى شورشيان، از آمريکا درخواست حمايت هوائى نمايد. به‌دنبال آن آکينو، لورل و انريل را متهم کرد که در تلاش براى کودتا دست داشته‌اند. همچنين ادورادو کوجانکو - Eduro Cojuangco پسر عموى آکينو نيز مورد سوء ظن قرار گرفت. وى در سال ۱۹۸۶ با مارکوس به آمريکا فرار کرده بود و اندکى قبل از تبعيد به‌صورت مخفيانه به فيليپين بازگشته بود. در فوريه ۱۹۹۰ انريل به اتهام گردآورى شورشيان و قتل دستگير شد. رادولفو اگوينالدو که از مقام خود به‌عنوان فرماندار کاگايان به‌دليل حمايت از تلاش براى کودتا در ژانويه از خدمت معلق شده بود در ماه مارس شورش ناموفقى را پس از تلاش براى دستگيرى‌اش آغاز کرد. دستگيرى متهمان به‌تلاش در کودتا همچنان ادامه يافت. در ماه آوريل بيلباسترو بيبيت - Bilbastro Bibit يکى از مظنونين به‌رهبرى کودتا، به‌وسيلهٔ سربازان نقاب‌دار شورشى از زندان آزاد شد. سربازان ادعا کردند که از اعضاءِ جنبش نظامى اتحاديهٔ افسران جوان مى‌باشند که متهم بودند نقش مهمى در کودتاى دسامبر ۱۹۸۹ داشته‌اند.


در مى ۱۹۹۰ جيم تادو رئيس اتحاديهٔ تجارى با صدها کشاورز روستائى به وزارت اصلاحات ارضى حمله‌ور شدند تا به اجراء کند و غير عادلانهٔ CARP اعتراض کنند. تادو و ۹۹ نفر ديگر دستگير شده و تادو متعاقباً به ۱۶ سال زندان محکوم شد. نارضايتى‌ها در مناطق شهرى نيز در نتيجه قطع برق و آب به‌وجود آمد. کنگره درخواست آکينو براى گسترش نيروهاى فوق‌العاده پس از تلاش براى کودتا که در ژوئن به‌پايان رسيد را رد کرد.


مذاکرات با ايالات متحده درباره آينده پايگاه‌هاى نظامى امريکا در فيليپين که در سال ۱۹۹۱ مهلت آن پايان مى‌يافت، از سر گرفته شد. زد و خوردهاى خشونت‌آميزى بين راهپيمايان مخالف ابقاء پايگاه‌ها و پليس اتفاق افتاد. در نوامبر ۱۹۹۰ اعلام شد که همه راهپيماهاى جنگى آمريکا و بيش از ۱۸۰۰ نفر از پرسنل نظامى تا پايان ۱۹۹۱ از فيليپين خارج خواهند شد. همچنين اعلام گرديد که هر دو طرف براى جايگزين نمودن يک توافق‌نامه جديد با معاهده امنيتى موجود که پيش‌نويس آن در سال ۱۹۴۷ آماده شده بود، در حال مذاکره هستند.


در جولاى ۱۹۹۰ زلزله‌اى که کانون آن شهر باجيو بود منطقه مرکزى و شمالى لوزان را لرزاند و ۱۶۰۰ نفر کشته شدند. در واکنش به اين زمين لرزه، ارتش مردمى به‌طور يک‌جانبه در مانيل و مناطق ديگر اعلام آتش‌بس نمود. با وجود اين آکينو، حملات نظامى عليه شورشيان کمونيستت را ادامه داد. در اواسط ماه آگوست جناح راست سربازان مخالف، ادارهٔ بازرگانى و صنعت در ماکاتي را منفجر نمودند. اين قضيه، بمب‌گذارى‌هاى زيادى را در مناطق تجارى ‌به‌‌دنبال داشت که طرفداران آمريکا يا وابستگان حکومت اکينو و متهمين به‌فساد، مسئوليت آنرا به‌عهده گرفتند.