در ماه ژوئن پس از اين‌که يک دادگه مانيل در حمايت از صلح، سترولياماس عضو جبهه دمکراتيک ملى که متهم به حمله‌هاى زيادى بود را آزاد نمود و اعلام گرديد که مذاکرات بين حکومت و جبهه دموکراتيک ملى در هلند ادامه يافته دارد.


اعلام موافقت‌نامهٔ صلح بين حکومت و جبهه آزاديبخش مورو انتقادهائى را از سوى تعدادى از سياستمداران مسيحى در ميندانائو برانگيخت که در طول ديدار رسمى راموس از منطقه در جولاى ۱۹۹۶ در تلاش براى به‌دست آوردن حمايت عمومى جهت ايجاد شوراى صلح و توسعه جنوب فيليپين به اوج خود رسيد. پس از اين‌که تعدادى از تظاهرکنندگان پرچم فيليپين را به علامت جنگ واژگون ساختند، حکومت متعاقباً به مخالفان توافق صلح اخطار داد که به اتهام آشوب دستگير خواهند شد. در همان ماه مقامات حکوت اعلام کردند به‌موجب توافق صلح، يک پست براى مسلمانان در کابينه و نيز نمايندگى در شرکت‌هاى دولتى و کميسيون‌هاى قانونى اختصاص داده شده استت. به‌علاوه راموس پيشنهاد کرد تا از کانديداتورى ميسوارى در انتخابات زودرس ايالتى در منطقهٔ خودمخختار مسلمان ميندانائو حمايت شود.


در اوايل سپتامبر ۱۹۹۶ حکومت و جبهه آزاديبخش مورو پيش‌نويس نهائى موافقت‌نامهٔ صلح را در جاکارتا امضاء نمودند. بحث‌ها با توجه به الحاق حدود ۷۵۰۰ عضو شاخهٔ نظامى جبهه آزاديبخش مورو به ارتش ملى و نيروهاى امنيتى (که در ماه مارس ۱۹۹۷ آغاز شد) ادامه يافت و ايجاد نيروى امنيتى منطقه‌اى در ميندانائو و ساختار اجرائى شوراى صلح و توسعه جنوب فيليپين ادامه يافت. در ۹ سپتامبر ۱۹۹۶ انتخابات در ميندانائو براى انتخاب فرماندار و مجمع با آرامش برگزار شد. به‌دنبال برگزارى انتخابات، ميسواري به‌عنوان فرماندار خواهان انجام اصلاحات در سنا شد که نهايتاً ميسوارى رسماً به‌عنوان رئيس شوراى صلح و توسعه جهنوب فيليپين تعيين گرديد.


جبههٔ اسلامى مورو و مقامات حکومتى نيز براى بحث‌‌هاى مقدماتى صلح براى اولين‌بار در آگوست ۱۹۹۶ با يکديگر ديدار کردند که به‌دنبال عدم پذيرش موافقت‌نامه صلح توسط جبههٔ اسلامى مورو مذاکرات خاتمه يافت. با وجود درگيرى‌ها، گفتگوهاى صلح در ژانويه ۱۹۹۷ از سر گرفته ش و به اعلام آتش‌بس موقت منتهى شد. اما وقوع آدم‌ربائى‌هاى فراوان توسط شورشيان جدائى‌طلب در ميندانائو در اوايل ۱۹۹۷، روند مذاکرات را به توقف تهديد مى‌نمود. در ماه فوريه اعضاء گروه ابوسياف که مخالف هرگونه موافقت بين حکومت و مسلمانان جدائى‌طلب بودند، مسئول ترور اسقف اعظم کليساى کاتوليک در جولو معرفى شدند. آدم‌ربائى به‌وسيلهٔ شورشيان جبههٔ اسلامى مورو و ربودن ۴۰ کارگر از شرکت ملى نفت فيليپين در اوسط ماه ژوئن، باعث توقف گفتگوهاى صلح شد و با تبادل آتش، درگيرى بين حکومت و نيروهاى جبههٔ اسلامى مورو ميندانائو از سرگرفته شد که باعث گرديد هزاران غيرنظامى منطقه را تخليه نمايند.


در تلاش براى تشويق ادامه مذاکرات صلح و اجازه به شهروندان براى بازگشت به خانه‌هاى خود ، راموس دستور داد تهاجمات نظامى به‌وسيلهٔ نيروهاى مسلح در اوايل ماه جولاى به بعد موکول شود. به‌دنبال ديدار رهبران جبههٔ اسلامى مورو و ميسواري، جبهههٔ اسلامى مورو مجدداً تقاضاى خروج نيروهاى حکومتى از منطقه را تکرار کرد ولى يک آتش‌بس جديد متعاقباً به‌وسيلهٔ حکومت و جبههٔ اسلامى مورو مورد توافق قرار گرفت. گفتگوهاى بعدى در ماه ژولاى و با هدف رسيدن به يک توفق واقعى تا آخر سال ۱۹۹۷ ادامه يافت.


در همين‌حال راموس به‌طور علنى خود را از تلاش‌هاى حاميان خود جهت اصلاح قانون، به‌دليل اين‌که رئيس‌جمهور را براى يک دوران کارى محدود مى‌کرد، جدا نمود. در ماه سپتامبر ۱۹۹۶ گزارش شد که دادخواستى توسط حاميان راموس به طرفدارى از رفراندوم براى اصلاح قانون‌اساسى که بيش از يک سوم امضاهاى مورد نياز را به‌دست آورده بود، ارائه شده است. در ماه اکتبر به‌دنبال تشکيل اتحاد بين حزب LDP و ائتلاف ملى مردم، شانزده نفر از ۲۴ سناتور به رهبرى آنگارا به طرفدارى از جانشينى گنزالس به‌عنوان رئيس سنا به ارنستو ماسدا - Emesto Maceda، عضو ائتلاف ملى مردم رأى دادند. به‌دنبال اين موضوع، ماسدا مخالفت خود با هر گونه اصلاح قانون‌اساسى که به راموس اجازه مى‌داد دوران رياست‌جمهورى‌ او را افزايش دهد، اعلام کرد. تلاش راموس براى دگرگون کردن کنگره به مجمع مؤسسات براى بازبينى قانون‌اساسى ۱۹۸۷ در اوايل ماه سپتامبر، باعث تحريک کاردينال سين و آکينو شد تا تظاهرات اعتراض‌آميزى در ۲۱ سپتامبر، بيست و پنجمين سالگرد اعلاميهٔ مارکوس در مورد قانون نظامي، ترتيب دهد که به‌دنبال آن پانصد هزار نفر از مردم به خيابان‌هاى مانيل آمدند. راموس چند ساعت قبل از تظاهرات بيانيه‌اى انتشار داد و اعلام کرد که او هنوز اعتقاد دارد که در قانون‌اساسى بايد تجديد نظر شود اما بايستى بعد از انتخابات رياست‌جمهورى ۱۹۹۸ باشد و اين‌که او قطعاً قصد ندارد کانديد شود.


تلاش جهت معرفى تغييرات قانونى که رئيس‌جمهور را قادر مى‌ساخت براى دورهٔ دوم نيز کانديد شود به‌شدت نقش حزب لاکاس را براى رقابت در انتخابات رياست‌جمهورى تضعيف نمود. برعکس پيش‌بينى‌ها، در ماه دسامبر ۱۹۹۷ راموس سرانجام اعلام کرد که رئيس مجلس نمايندگان و با نفوذترين شخصيت حزب، خوزه دونشيا، به‌جاى وزير پيشين دفاع ملي، دويلا، يار نزديک راموس مى‌باشد. دويلا به‌سرعت حزب حاکم را ترک کرد و کانديداتورى خود را از سوى حزب اصلاحات دموکراتيک اعلام نمود. دراوايل سال ۱۹۹۸ سناتور پيشين گلوريا ماکاپاگال آرويو، تنها کانديداى جدى حريف استرادا در سنجش افکار عمومي، از رقابت رياست‌جمهورى کنار رفت و از سوى حزبش کانديداى معاون رياست‌جمهورى حزب لاکاس شد. در ژوئن ۱۹۹۷ حزب استرادا با دو حزب مهم مخالف، LDP و ائتلاف ملى مردم، ائتلافى تشکيل داد و حزب مزبور با نام مبارزه براى توده‌هاى ملى فيليپين اعلام کرد که استرادا کانديداى رياست‌جمهورى در ماه دسامبر خواهد شد.


در حالى‌که انتخابات نزديک مى‌شد تنها کانديدهاى رياست‌جمهورى با محبوبيت مردمى زياد عبارت بودند از استرادا، دونشيا، سناتور رائول روکو شهردار مانيل، آلفردو ليم و اميليو اسمنا فرماندار سابق سبو. ايملدا مارکوس نيز که حمايت وسيع مردمى را نداشت از کانديداتورى خود به نفع استرادا استعفاء داد. تنها دو ونشيا و استرادا از ترتيبات گستردهٔ حزبى بهره‌مند بودند و ليم‌ حمايت کاردينال‌سين، رهبر کليساى کاتوليک و رئيس‌جمهور سابق، آکينو را داشت.