در سال ۱۸۹۲ مرز بين افغانستان و هندوستان به‌وسيله خط ديواراند تعيين گرديد. افغان‌ها از همان زمان از خط مرزى مذکور ناراضى بودند. پس از استقلال پاکستان در ۱۹۴۷ افغان‌ها خواهان پيوستن سرزمين‌هاى پشتون‌نشين پاکستان يا خود مختارى آنها بودند. آنان مدعى بودند ۵۲ درصد از پشتون‌ها به اين دليل در رأى‌گيرى پيوستن به هند يا پاکستان شرکت نکرده‌اند که خواهان پيوستن به اين دو کشور نبوده‌اند و مى‌خواستند کشور جداگانه‌اى به‌نام پشتونستان تشکيل دهند. درگيرى مرزى بين پيشتون‌هاى افغانستان و نيروهاى پاکستان در سال‌هاى اوليه استقلال پاکستان منجر به قطع روابط دو کشور گرديد. با ميانجى‌گرى ايران روابط ميان دو کشور مجدداً برقرار شد (۱۳۴۱ شمسي)


رهبران پيشتوان‌هاى پاکستان خودمختارى منطقه پشتون‌ها در پاکستان بوده‌اند. اين رهبران بارها به کابل سفر کردند و با کارمل و ديگر مقامات رژيم ملاقات نمودند.

دولت پاکستان از سقوط رژيم افغانستان در آوريل ۱۹۹۲ استقبال کرد و از ائتلاف دولت موقت که تشکيل شده بود تا افغانستان را تا زمان برگزارى انتخابات آزاد اداره نمايد، حمايت کرد.


رهبران افغانى در اوايل سال ۱۹۹۳ در اسلام‌‌آباد گردهم آمدند و پس از پنج روز موافقت نامه‌اى ۹ ماده‌اى امضاء کردند. در اين موافقت‌نامه سمت نخست وزيرى افغانستان به گلبدين حکمتيار واگذار شد و مدت رياست جمهورى ربانى ۱۸ ماه تعيين شد.


در اواخر سال ۱۹۹۳ بى‌نظير بوتر در گفتگو با ربانى رئيس جمهور افغانستان اعلام کرد که پاکستان چهار ميليون دلار براى تعمير و بازسازى جاده‌ها، بهبود نظام آموزشى و تأمين دارو و به افغانستان کمک خواهد کرد. در اين ديدار طرفين توافق کردند براى متوقف کردن قاچاق مواد مخدر ميان دو کشور تدابيرى را اتخاذ کنند.


در اوايل سال ۱۹۹۴ با اوج‌گيرى دوباره جنگ داخلى در افغانستان، پاکستان براى مدت کوتاهى مرزهاى خود را بر روى پناهندگان افغانى بست.

در پائيز سال ۱۹۹۴ گروهى به‌نام طالبان در افغانستان مناطق بسيارى را اشغال نمودند. گفته مى‌شود نيروهاى طالبان را طلبه‌هاى حوزه‌هاى علميه در بلوچستان و ايالت مرزى شمال غربى به عهده دارند. اين مدارس تحت سرپرستى حزب اسلامى پاکستان، جمعيت علماى اسلام که مولانا فضل‌الرحمن در رأس آن قرار دارد اداره مى‌شوند. جمعيت علماى اسلامى از دولت خانم بى‌نظير حمايت مى‌کند. بعضى از نيروهاى طالبان در جنگ عليه نيروهاى شوروى مشارکت داشته‌اند، اما بيشتر آنها بسيار جوان‌تر از آن هستند که در آن شرکتى داشته باشند. علاوه بر اينها، افسران و افراد حرفه‌اى نظير راننده تانک مکانيک و خلبان از ارتش سابق افغانستان را که بعد از سقوط رژيم کمونيستى افغانستان به پاکستان پناهنده شده بودند با پرداخت حقوق دلارى کلان به استخدام خود در آورده‌اند. شايعات زيادى مبنى بر حمايت قوى دولت پاکستان از نيروهاى طالبان وجود دارد.

در اوائل سال ۱۹۹۵، سازمان ملل به پاکستان پيشنهاد کرد که به دو ميليون مهاجر افغانى در پاکستان تابعيت اعطاء نمايد، ولى دولت پاکستان اين پيشنهاد را رد نمود. سازمان ملل اعلام کرد تا نيمه سال ۱۹۹۵ کمک‌هاى خود را به اين آوارگان قطع مى‌نمايد. در سپتامبر ۱۹۹۵ دولت افغانستان رسماً پاکستان را به حمايت از گروه طالبان و دخالت در امور داخلى کشور خود متهم کرد. اين اتهام از سوى اسلام‌آباد رد شد. شوراى امنيت شکايت افغانستان را رد کرده و بررسى آن را به تأخير انداخت. روابط کابل و اسلام‌آباد از اوايل سپتامبر که سفارت پاکستان در کابل مورد حمله قرار گرفت به شدت تيره شد. در اين حمله دو تن از اعضاء سفارت کشته شدند.


دولت افغانستان مدعى بود که پاکستان با ارسال تجهيزات نظامى گروه طالبان را حمايت مى‌نمايد. گروه طالبان توسط پاکستان تشکيل و آموزش ديده و اکثريت اعضاءِ آن را جوانان وابسته به قبايل پشتو زبان تشکيل مى‌دهند و با حمايت پاکستان قصد برانداختن حکومت ربانى را دارند. اين گروه اواخر سال گذشته طى برنامه‌اى از پيش تدارک ديده شده به کمک پاکستان آمدند و يک کاروان تجارتى پاکستان را که در نزديکى قندهار ظاهراً در دست عده‌اى مسلح گروگان بود، آزاد ساختند. اسلام‌آباد اعلام کرد که تصميم دارد سفارت خود را از کابل به جلال آباد منتقل کند و به دولت ايالتى سرحد دستور داد که ترتيب انتقال مهاجرين افغانستان را که در شهرهاى مختلف اين ايالت زندگى مى‌کنند به اردوگاه‌هاى ويژه مهاجرين بدهند. پاکستان همچنين خواستار عذرخواهى افغانستان در مورد حمله به سفارت اسلام‌آباد در کابل شد. اما اين پيشنهاد از طرف کابل رد شد.


پاکستان در ژوئيه ۱۹۹۵ به نماينده ظاهر شاه پس از ۲۲ سال اجازه ورود پاکستان و مذاکرات با گروه‌هاى غير جهادى افغانستان را داد.


در پى بالا گرفتن تنش در روابط دو کشور دولت پاکستان دستور اخراج ۱۳ ديپلمات افغانى را از اسلام آباد صادر کرد. در ۲۵ سپتامبر ۹۵ دفاتر وابسته به هواداران دولت افغانستان در پاکستان را تعطيل کرد. همچنين صدور بسيارى از کالاها به افغانستان را متوقف ساخته و براى برخى ديگر ماليات وضع نمود. در نيمه اکتبر دولت ربانى بار ديگر عليه دخالت پاکستان به سازمان ملل شکايت کرد. پاکستان نيز مجدداً شش ديپلمات افغانى را اخراج کرد.


در نيمه نوامبر ۱۹۹۵ دولت افغانستان بار ديگر با متمم کردن پاکستان به ادامه دخالت در امور داخلى اين کشور از پطروس غالى دبير کل سازمان ملل خواست اسلام‌آباد را براى پايان بخشيدن به اين تحت فشار قرار دهد. دولت افغانستان حمايت پاکستان از طالبان ار مانع عمده بر سر راه انتقال قدرت در اين کشور مى‌دانست.


در ۲۰ نوامبر ۱۹۹۵ دولت پاکستان صدور هر نوع مجوز حمل مواد غذائى و کالا به افغانستان را تا اطلاع ثانوى متوقف کرد. در اواخر نوامبر ۱۹۹۵ طرح صلح اسلام‌آباد - رياض براى انتقال قدرت در افغانستان از سوى دولت افغانستان رد شد.


در دسامبر ۱۹۹۵ پاکستان پس از بسته شدن سفارتخانه خود در کابل سفير خود را به جلال آباد مرکز استان ننگرهار افغانستان فرستاد. اين اقدام با اعتراض در جنوب شرقى کابل و انزوا در صحنه بين‌المللى و منطقه‌اى درصد ضربه زدن به وحدت ملى افغانستان است . انتقال سفارت به جلال‌آباد با هدف ايجاد تفرقه بيشتر بين گروه‌هاى مجاهدين، اخلال در وحدت ملى و ادارى افغانستان و ناکام ساختن تلاش‌هاى بين‌المللى براى اعاده صلح و تفاهم فراگير در اين کشور انجام مى‌گيرد. گشايش سفارتخانه در شهرى غير از پايتخت افغانستان مغاير قوانين بين‌المللى است.


اوايل ژانويه ۱۹۹۶ دو کشور براى رفع سوء تفاهمات مذاکراتى انجام دادند . پاکستان براى جلوگيرى از ورود مهاجران جديد افغان به خاک اين کشور منطقه مرزى طور خم در شمال غربى اين کشور با افغانستان را مسدود کرد. برهان‌الدين ربانى رسماً خواستار ميانجى‌گرى ايران بين دولت‌هاى پاکستان و افغانستان شد. در مارس ۱۹۹۶ مستيرى نماينده دبير کل سازمان ملل در امور افغانستان به‌طور مستقيم پاکستان را به وخامت در امور افغانستان متهم کرد.


با ميانجى‌گرى جمهورى اسلامى ايران و فشارهاى بين‌المللى روابط اسلام‌آباد و کابل بهبود يافت. قاضى حسين احمد رهبر حزب جماعت اسلامى و عضو مجلس سناى پاکستان در راستاى بهبود روابط پاکستان و افغانستان در مه ۱۹۹۶ به افغانستان رفت.


نمايندگان افغانستان و پاکستان براى حل اختلافات در اسلام‌آباد در اوايل مه ۱۹۹۶به مذاکره پرداختند. در اين مذاکرات روابط دو جانبه و راه‌هاى بهبود آن، انتقال گاز ترکمنستان به پاکستان از طريق خاک افغانستان، همکارى مخابراتى اسلام‌آباد با گروه طالبان و همچنين فعاليت‌هاى تجاري، راه‌سازى و بانکى آن کشور در قندهار و هرات مورد بررسى قرار گرفت.


در پى ائتلاف حکمتيار و ربانى در ژوئن ۱۹۹۶ روند بازگشت آوارگان افغانى از پاکستان شدت گرفت.


در اوت وزير خارجه افغانستان بار ديگر پاکستان را متهم کرد که ازطالبان حمايت مى‌کند. وى از دولت پاکستان خواست تا با قطع کمک‌هاى خود به اين گروه به استقرار صلح در افغانستان کم نمايد. در ۱۰ اوت يک هئيت بلند پايه افغانستان با هدف بهبود روابط با پاکستان به اسلام‌آباد رفت.


افغانستان در ۲۴ سپتامبر خواستار بررسى مسئله حمايت پاکستان از طالبان از سوى سازمان ملل شد. دولت افغانستان از سازمان ملل خواست تا براى مشاهده حضور سربازان و شبه نظاميان پاکستاني، يک فرستادهٔ مخصوص به مناطق تحت کنترل طالبان اعزام کند.


در ۲۹ اکتبر کنفرانس ده روزه‌اى به منظور بررسى اوضاع کشور جنگ‌زده افغانستان در تهران آغاز به‌کار کرد. کشورهاى روسيه، عربستان، پاکستان، چين، هند، برخى کشورهاى آسياى مرکزي، سازمان ملل، اتحاديه اروپا و سازمان کنفرانس اسلامى براى شرکت در اين کنفرانس دعوت شدند. اما مقامات پاکستانى در اين کنفرانس شرکت نکردند.