سومین جلد از مجموعه‌ی 'داستان فکر ایرانی' به دوران تاریخی ورود اسلام به ایران تا دو سده‌ی نخستین هجری اختصاص دارد. مطالب کتاب با جنگ‌های ساسانیان و اعراب مسلمان، نخستین برخوردهای اسلام و زرتشتیان، تفاوت‌ها و شباهت‌های اسلام و دین زرتشتی و شورش‌های دو سده اول هجری در ایران که بیش‌تر آن‌ها متاثر از اندیشه‌های پیش از اسلامی همچون آموزه‌های مزدک بودند، آغاز می‌شود. از مهم‌ترین جنبش‌های ضد عربی ذکر شده در کتاب می‌توان به قیام سنباد، المقنع، استادسیس، بابک و مازیار اشاره کرد. آغاز شکل‌گیری علوم اسلامی و مکاتب مختلف فقهی، تفاوت‌های مذاهب شیعه و سنی، شیعه از نگاه ایرانیان و انشعاب‌های موجود در تشیع از دیگر بحث‌های کتاب به شمار می‌رود. نویسنده هم‌چنین سعی دارد تا بحث‌های فکری به وجود آمده پس از تصرف سرزمین‌های جدید توسط مسلمانان همچون مسئله‌‌ی جبر و اختیار را به اختصار بررسی می‌کند. رشد علوم اسلامی در زمینه‌های مختلف و فعالیت‌های علمی که با حضور ایرانیان در دوره‌ی اسلامی به خصوص از زمان خلافت عباسیان صورت گرفت، هم‌چنین تأثیری که مراکز علمی و فرهنگی ایران پیش از اسلام مانند گندی شاپور در این روند داشتند، مطالب پایانی کتاب را شکل می‌دهند.