با کشته شدن عبدالمؤمن خان در سال ۱۰۰۷ هـ.ق وقوت گرفتن شاه‌عباس، او فوراً به مشهد آمد و به ترميم خرابى‌ها در حرم رضوى پرداخت، از آن پس تا سى سال بعد که شاه‌عباس درگذشت مهمترين اقدامات او در آبادى حرم امام هشتم (ع) صورت گرفت.
چون شاه‌عباس در سال ۹۹۵ هـ.ق بر روى کوه‌سنگي مشهد تاج‌گذارى کرده بود، در همان سال نذر کرد که در صورت توفيق پياده به زيارت حرم رضوى شتابد، او در سال ۱۰۱۰ هـ.ق از اصفهان تا مشهد را پياده پيمود که خود بزرگترين احترام شاه صفوى به اين مکان مقدس بود شاه‌عباس در همان سفر در جانب پائين پاى حضرت مدخلى گشود و درى مرصع به جواهر در آن نصب نمود و دو روزن يا دريچه براى گنبد تعبيه کرد تا درون حرم روشنائى گيرد. پس از آن هم داخل گنبد را از دود شمع و قناديل زدود و به نقاشى و بهسازى آن پرداخت، آنگاه بيرون گنبد را مورد توجه قرار داد و چون رويهٔ گنبد توسط شاه‌طهماسب طلا کشيده شده بود، وى ساقهٔ آن را با خشت طلا پوشانيد و کتيبه‌اى هم به خط عليرضا عباسى بر آن نصب کرد که هنوز باقى است (تاريخ عباسي، ص ۲۱۸).
شاه‌عباس قسمت شرقى صحن عتيق را گسترش داد و دو ايوان در شرق و غرب صحن جديد احداث نمود و آنگاه ايوانى بزرگ در شمال صحن و مقابل ايوان اصلى بنا کرد که اکنون به ايوان عباسي مشهور است (همان ص ۲۱۸ اسکندربيک ترکمان، همان صفحهٔ ۸۵۴).
با روى کار آمدن نادرشاه افشار اقدامات جديدى در حرم رضوى و آستانهٔ مقدسه صورت گرفت او در سال ۱۱۴۴ هـ.ق از هرات با خود سنگ مرمر بزرگى آورد که با آن سقاخانه‌اى احداث کردند و بعدها به سقاخانهٔ اسماعيل طلائى معروفى شد (محمد کاظم مروي، عالم آراى نادري، تصحيح دکتر محمد امين رياحي، زوار، تهران ۱۳۶۴ ص ۲۰۰).
ايوان ورودى حرم را که به ايوان امير عليشير مشهور بود و نيز گلدستهٔ مجاور آن را طلاکارى کرد و گلدستهٔ جديدى در پشت ايوان عباسى ايجاد نمود (ميرزا مهدى خان استرآبادي، جهانگشاى نادري، به کوشش سيدعبدالله نوري، انجمن آثار ملى تهران ۱۳۶۱ ص ۶۲).
نادر پس از فتح قندهار و هند و بخارا و خوارزم در آخر سال ۱۱۵۳ هـ.ق هداياى باارزشى تقديم حرم رضوى کرد که از آن جمله قنديل طلاى مرصعى براى ضريح و تعدادى قنديل طلاى مينا براى حرم بود (ميرزا مهدى خان استرآبادي، همان صفحهٔ ۳۶، محمد کاظم مروي، همان صفحه ۸۲۶). بعد از نادر برادرزادهٔ او على‌قلى‌خان مشهور به عليشاه يا عادل‌شاه املاک آستانه را که بيشتر توسط نادر داخل خالصات دولتى شده بود طى طومارى که به طومار عليشاهي معروف است به آستانه برگردانيد (على مؤتمن، تاريخ آستان قدس، آستان قدس رضوي، چاپ ۲ مشهد ۱۳۵۵ ص ۲۰۰). و تعدادى روستا بر حرم وقف نمود. سيدمحمد متولي هم که چهل روز از آغاز سال ۱۱۶۳ هـ.ق را با نام شاه سليمان ثاني در مشهد حکومت داشت در اولين روز جلوس ضريح گرانبهاء و مرصع قبر نادر را از محل گور او به حرم منتقل کرد و بر روى مرقد امام (ع) گذاشت (ابوالحسن ابن محمد امين گلستانه، مجمل‌التواريخ، به کوشش مدرس رضوي، کتابخانهٔ ابن‌سينا، تهران ۱۳۴۴ ص ۵۷). اما آنچه را نادر و برادرزادهٔ او عادل‌شاه به حرم رضوى بخشيدند، دو نوهٔ نادر، نصرالله ميرزا و نادر ميرزا پسران شاهرخ غارت کردند. اولين يغما توسط نصرالله ميرزا صورت گرفت که قندلى‌ها و شمعدان‌هاى طلاى مرصع به جواهر و ظروف طلا و نقره را برداشت و با آنها سکه زد (همان صفحهٔ ۴۳۰، ابوالحسن قزويني، فوايدالصفويه، تصحيح دکتر مريم احمدي، مطالعات و تحقيقات، تهران ۱۳۶۷ ص ۱۵۶).
دومين دستبرد توسط نادر ميرزا زده شد. او بقيهٔ ظروف طلا و نقره و نيز در مرصع پائين پاى حضرت را تصاحب کرد، به جز آنها قالى نفيس زربفتى را که حدود هفت هزار تومان ارزش داشت به طمع طلاى آن در آتش افکند و حدود هفتصد تومان از آن طلا عايد کرد و از آن سکه زد (ابوالحسن ابن محمد امينى گلستانه، همان صص ۴۳۴ محمد حسن‌خان ضيع‌الدوله، همان صفحهٔ ۳۴۵ ابوالحسن قزويني، همان ص ۱۵۷).
با روى کار آمدن قاجاريه تقريباً طلا و جواهر در حرم باقى نمانده بود و در آن عقد که باز مقدارى قنديل و در زيور طلا و نقره به حرم مطهر اهداء شد توسط حسن‌خان سالار در سال ۱۲۶۵ هـ.ق به يغما رفت (رضاقلى‌خان هدايت، روضةالصّفاى ناصري، کتاب‌فروشى مرکزى و خيام، تهران ۱۳۴۹ ص ۴۱۷، اعتمادالسلطنه، تاريخ منتظم ناصري، ج ۳،).
از نظر عمرانى و آبادانى حرم مطهر، مهمترين اقدام به امر فتحعلى‌شاه قاجار در سال ۱۲۳۳ هـ.ق صورت گرفت که دستور احداث صحن نو را صادر کرد (رضاقلى‌خان هدايت، همان صفحه ۵۳۷، اعتمادالسلطنه، همان ج ۳ ص ۱۵۴۰، نوروز على‌خان فاضل بسطامي، همان ص ۴۲).
در سال ۱۲۳۶ هـ.ق در مرصعى به دستور فتحلى‌شاه ساخته و در پائين پاى حضرت نصب شد (رضاقلى‌خان هدايت، همان ج ۹ ص ۵۹۱). در سال ۱۳۳۸ هـ.ق علينقى ميرزا رکن‌الدوله پسر فتحعلى‌شاه والى خراسان بين دارالحفاظ و صحن نو مدرسه‌اى ساخت که به نام خود او مدرسهٔ علينقى ميرزا معروف شد (همان، ص ۶۲۰). در حدود سال‌هاى ۱۲۳۰ تا ۱۲۴۵ هـ.ق حرم مطهر چنان رونقى که بايد، نداشت تا اينکه در سال ۱۲۴۸ هـ.ق ميرزا موسى‌خان برادر قائم مقام فراهانى متولى حرم گرديد و از آن پس تا سال ۱۲۶۲ هـ.ق که درگذشت خدمات شايان توجهى انجام داد، از جمله صحنين و گلدسته‌ها در زمان او تعمير شد، دارالشفاى رضوى داير گرديد، مطبخ‌خانهٔ حضرت براى اطعام فقرا و کارکنان حرم فعال شد و نهر آب ميان صحن بار ديگر به جريان افتاد. او ضمناً مددکار آصف‌الدوله شد تا رواق دارالعباده را ميان گنبد حاتم‌خانى و ايوان صحن جديد بنا کردند (نوروزعلى‌خان فاضل بسطامي، همان، صص ۵۰-۴۷، محمدحسن‌خان ضيع‌الدوله، همان ج ۲ ص ۲۳۵). در سال ۱۲۸۴ هـ.ق که ناصرالدين‌‌شاه به مشهد آمد و جقه‌ٔ خود را تقديم حرم رضوى کرد، بعضى از بانوان حرمسراى شاه نيز به تبعيت از او جواهرات خود را اهداء نمودند (علينقى حکيم‌الممالک، روزنامهٔ سفر خراسان، انتشارات فرهنگ ايران زمين، زير نظر ايرج افشار، تهران ۱۳۶۵ ص ۱۸۰).
در سال ۱۳۳۰ هـ.ق روس‌ها گنبد حرم مطهر را به توپ بستند که سبب آسيب فراوان شد و گروهى به خاک و خون کشيده شدند.
در زمان رضاخان پهلوى فلکه‌اى بر گرد حرم مطهر احداث گرديد و در سال ۱۳۵۴ هـ.ش آن فلکه توسعه يافت و بسيارى از تأسيسات و ابنيهٔ اطراف حرم مطهر تخريب و جمع‌آورى گرديد.
به دنبال انقلاب شکوهمند اسلامي، در تاريخ ۲۵ بهمن ماه ۱۳۵۷ هـ.ش رهبر کبير انقلاب امام خميني، حجةالاسلام واعظ طبسى را به توليّت آستان قدس رضوى منصوب فرمودند و از آن موقع آستان قدس اقدام به توسعهٔ اماکن متبرکه کرده و تعدادى صحن و رواق بر ابنيهٔ سابق افزود. و در مجاورت آن چند ساختمان علمى و فرهنگى هم بنياد نهاده شد (عزيزالله عطاردي، همان صص ۳۰۷-۲۷۷). در حال حاضر مجموعهٔ حرم مطهر که جامع‌ترين و زيباترين مجموعهٔ معمارى جهان اسلام به‌شمار مى‌رود علاوه بر وجههٔ معنوى ارزشمند آن، از تمام هنرهاى معماري، کاشى‌کاري، آئينه‌کاري، گچ‌بري، خط، خاتم، منبّت، معرّق و سنگ‌تراشى در شکل‌گيرى مجموعه بهره‌گيرى شده و شامل فضاى اصلى زير گنبد (مقبره) و صحن‌هاى امام خميني، انقلاب، جمهورى‌اسلامي، آزادي، قدس و ده‌ها فضا و عنصر معمارى است به‌عبارت ديگر مجموعهٔ معمارى حرم مطهر امام رضا (ع) گذشته از اينکه ملجاء و مرجع خداجويان مؤمن است، دانشگاهى است براى نظاره و آموزش و تحقيق در باب انواع هنرهاى ترسيمى و تجسمى ٭.
٭ در توضيح جزئيات و مشخصات حرم مطهر امام رضا (ع) و تاريخ وقايع آن مکان شريف و مقدس کتاب‌هاى فراوانى نوشته شده‌اند که عمدهٔ آنها عبارتند از: فردوس‌التواريخ، مشهد طوس، شمس‌الشموس، آستان قدس ديروز و امروز، تاريخ آستان قدس (مؤتمن) و تاريخ آستان قدس (عطاردي) که در بسيارى از سفرنامه‌ها، کتاب‌هاى جغرافيا و تاريخ و جغرافياى تاريخى نيز نويسندگان به توصيف حرم مطهر پرداخته‌اند که آخرين آنها کتابى است در آستانهٔ انتشار تحت عنوان تاريخ مشهد به قلم آقاى مهدى سيدي. در آن کتاب با دقت فراوان روند شکل‌گيرى و وقايع حرم‌مطهر تعقيب و ثبت شده است و نگارنده نيز از يادداشت‌هاى آن محقق محترم در تدوين اين مطلب بهرهٔ فراوان برده است.