پس از تسلط استعمار اسپانيا بر مسلمانان فيليپين مقاومت سرسختانه مسلمين اين کشور عليه هر نوع استثمار اقتصادي، استعمار فرهنگى و سياسى براى دفاع از اسلام، سدى محکم بر سر راه چپاولگران بوده است و استثمارگران براى سرکوب اين مبارزين بارها دست به قتل عام مسلمين زده‌اند.


ارتش فيليپين ۱۸۰ نفر از مسلمانان را به‌عنوان سرباز براى انجام يک پروژه به نام مرکا استخدام کرد و سپس آنها را در جزيره گوريگيدرو تحت آموزش‌هاى نظامى و چريکى خاصى قرار داد. هدف رژيم مارکوس اين بود که مى‌خواست با بسيج عده‌اى از سربازان مسلمان در ارتش فيليپين و يک حمله گازانبري، جزيره صباح را به تصرف درآورد. اما هنگامى‌که سربازان ماجرا را دريافتند از همکارى با رژيم سربار زده و تمرد نمودند. اختتام ماجرا بدين‌گونه بود که ارتش ۲۸ نفر از آنها را تيرباران نمود و به دريا افکند. سپس از بيم افشاء شدن طرح اعدام سربازان، بقيه را نيز قتل‌عام کرد که تنها يک نفر توانست فرار کند و بعدها موضوع را که حتى بالاترين رده‌هاى ارتش از آن بى‌اطلاع بودند، اقدام نمايد.


فاجعه قتل عام جبيده و نيز فشارهاى وارده روزافزون به مسلمانان فيليپينى باعث شد که مسلمانان مورو براى سر و سامان دادن به مبارزات خود توسط چند تن از رهبران شناخته شده مورو به کمک دانشجويان مبارز مصرى که در کشور مالزى در حال تحصيل بودند. مبادرت به تأسيس جبهه آزادى‌بخش مورو نمايند.


بعد از قتل‌عام جبيده و اعلام حکومت نظامى نور ميسواري که از طرف ليبى حمايت مى‌شد و هاشم سلامت که از سوى عربستان‌سعودى تقويت مى‌گرديد از اين مسئله به‌عنوان جرقه‌اى براى ايجاد ارتش انقلابى استفاده نمودند و با دولت مرکزى مارکوس وارد جنگ شدند.


در حقيقت پايه‌ريزى جبهه آزادى‌بخش مورو در سال ۱۹۶۹ که رسماً اعلام موجوديت نود معلول رشد آگاهى‌هاى اسلامى و سياسى مسلمانان مورو بوده است. اين جنبش در واقع دنباله جنبش مستل اسلامى منطقه مجول بود که در سال ۱۹۶۰ بنيانگذارى شده بود.


پس از تأسيس جبهه مورو، رهبران آن به مناطق مختلف مسلمان‌نشين رفته و اقدام به آموزش نظامى مسلمانان نمودند. و آنها را به جنگ‌هاى چريکى آشنا ساختند، تا براى مبارزه عليه استعمارگران و دولت دست‌نشانده مارکوس آماده شوند و بتوانند از حاصل اين مبارزه خونين به استقلال کامل جزاير جنوبى دست يابند.


از آغاز سال ۱۹۷۰ اغتشاشات کشور فيليپين اوج بيشترى گرفت و در سال ۱۹۷۲ جنگ بزرگى بين مسلمانان با دولت مرکزى رخ داد که تا سال ۱۹۷۷ به شدت ادامه داشت.


در فوريه ۱۹۷۴ مبارزات مسلمانان جنوب به‌ويژه در استان سولو شدت گرفت و تلفات بى‌شمارى به نيروهاى دوطرف تحميل شد. جنبش مورو ارتش انقلابى بنگسا مورو را بنيان گذاشت که بازوى نظامى مؤثرى عليه نيروهاى نظامى مارکوس و گروه‌هاى شبه‌نظامى ديگر گرديد.


در جريان اين نبرد بيش از ۶۰ هزار نفر از مسلمانان و حدود ۴۰ هزار سرباز فيليپينى کشته شدند که بالاخره با اعلام آتش‌بس از طرف دولت جنگ متوقف شد.


اين طغيان و نبرد عمومي، با حمايت کشور ليبى انجام مى‌شد و علت آن نيز خشم مردم بومى از حمايت دولت مرکزى از ساکنان مسيحى ميندانائو و اعلام حکومت نظامى در سال ۱۹۷۲ بود که علاوه بر تلفات جانى زياد، در اوج شدت اين شورش در سال‌هاى ۱۹۷۵ ـ ۱۹۷۴ روزى يک ميليون دلار براى دولت مرکزى هزينه دربرداشت اين هزينه سنگين مالى همراه با خطر تحريم نفتى کشورهاى خاورميانه موجب شد تا دولت مارکوس با انجام مذاکره صلح با رهبران جبهه آزادى‌بخش مورو در تريپولي ليبى در سال ۱۹۷۶ موافت نمايد. طى دو دوره مذاکرات يکى در سال ۱۹۷۶ در تريپولى ليبى و ديگرى در ۹ آوريل ۱۹۷۷ در مانيل که بين دولت مارکوس و جبهه آزادى‌بخش مورو انجام شد، تصميم به تأسيس حکومت خودمختار در جنوب گرفته شد.


مارکوس در مارس ۱۹۷۷ به تقاضاى خودمختارى مسلمانان جواب مساعد داد و براى محکم کردن اصول تحميلى به‌دست آمده رفراندومى نيز در مورد ۱۳ استان جنوبى برگزار کرد. رژيم مارکوس با تقلب در آراء مردود دانستن تقاضاى استقلال ميندانائو را مجدداً تصريح کرد.


مفاد مهم توافقنامه‌اى که در سال ۱۹۷۶ در تريپولى ليبى امضاء شد به قرار زير مى‌باشد:


۱. اجراء آنش‌بس و قطع تمامى فعاليت‌هاى نظامي.


۲. خودمختارى ۱۳ ايالت جنوبى فيليپين که در چهار جزيرهٔ ميندانائو، باسيلان سولو و پالاوان واقع مى‌باشد؛


۳. قبول حاکميت ملى دولت فيليپين (از لحاظ سياست خارجي، امور دفاعي، امور منابع طبيعى و اختصاص دادن درصدى عادلانه از درآمدهاى آن به دولت خودمختار)


۴. ايجد يک شوراى قانون‌گذارى براى تعيين امور مسلمانان؛


۵. قبول حاکميت دولت خودمختار (از لحاظ سيستم قضائي، سيستم آموزش و پرورش، سيستم اقتصادى و مالى و ساختار ادارى و مدني)؛


۶. شرکت دادن مسلمانان در دولت مرکزى


هر چند خواسته‌هاى مسلمانان در وهله نخست استقلال بود، ولى بعداً حاضر شدند به چارچوب خودمختارى تن در دهند. ليکن بعد از آن، مبارزين مسلمان مورو با اعلام جمهورى بانگسامورو مجدداً برنامه استراتژيک خود را از طرح خودمختارى به استقلال کامل مناطق مسلمان‌نشين تغيير دادند.


بعد از انعقاد اين قرارداد اين است که جبهه مورو دچار انشعاب گرديد و به‌علت اختلاف در تغيير موافقتنامه تريپولي، که به ۷ ميليون مسلمان‌ جنوبى خودمختارى مى‌داد، آتش‌بس اعلام شده چندان دوام نياورد و پس از اين جريانات بود که جبهه آزادى‌بخش مورو به چند جناح تقسيم شد.