انتخابات پاکستان در ۳ فوريه ۱۹۹۷ در ميان تدابير امنيتى شديد انجام شد. ۲۵۰ هزار نيروى نظامى و ۲۰۰ ناظر خارجى برنحوهٔ برگزارى انتخابات نظارت کردند. اين اولين بار در تاريخ پاکستان بود که انتخابات براى تعيين نمايندگان مجالس ملى و مجالس ايالتى همزمان در يک روز برگزار شد و در مجموع ۷۰۰ نفر به اين مجالس راه ‌يافتند.


بنا به گزارش‌ها اين انتخابات شاهد شرکت بسيار محدود مردم بود و کمتر از ۳۰ درصد از ۵۶ ميليون پاکستانى که حق رأى داشتند، در آن شرکت کرده بودند. در اين انتخابات حزب مسلم ليگ به رهبرى نواز شريف در پارلمان پاکستان به اکثريت مطلق دست يافت. اين حزب ۱۳۵ کرسى از ۲۱۷ کرسى پارلمان را به‌خود اختصاص داد، در حالى‌که حزب مردم به رهبرى بى‌نظير بوتر فقط ۹ کرسى به‌دست آورد. حزب جماعت اسلامى اين انتخابات را تحريم کرده بود.


فاروق لغارى رئيس جمهور پس از اين انتخابات گفت: دستيابى يک حزب به اکثريت قاطع در پارلمان موجب تحکيم نظام دموکراسى و حضور يک دولت قوى خواهد شد.


مجلس جديد پاکستان در ۱۵ فوريه آغاز به‌کار نمود. الهى بخش سومرو به عنوان رئيس مجلس انتخاب شد و در ۱۷ فوريه نواز شريف به عنوان نخست وزير جديد پاکستان سوگند ياد کرد و با معرفى کابينه رسماً کار خود را آغاز نمود. در ايالت سند لياقت جاتوئى نامزد مشترک حزب مسلم ليگ و جنبش قومى مهاجر از مجلس ايالتى رأى اعتماد گرفت. اين اولين بارى است که جنبش قومى مهاجر به رهبرى الطاف حسين با مسلم ليگ به رهبرى نواز شريف، به عنوان حزب حاکم در ايالت سند بر سر مقام‌هاى ايالتى به توافق مى‌رسند. براساس اين توافق در ايالت سند، استاندار و رئيس مجلس از جنبش‌ قومى مهاجر انتخاب شده‌اند. با تعيين سر وزيران چهار ايالت پاکستان، حزب مسلم ليگ مقام سروزيرى و دولت را در سه ايالت اين کشور به عهده دارد و تها در ايالت بلوچستان دولت ائتلافى از چند حزب تشکيل شده است.


درآوريل ۱۹۹۷ هشتمين متمم قانون اساسى که اختيارات ويژه‌اى به رئيس جمهور براى برکنارى نخست وزير و انحلال مجلس مى‌داد، با اکثريت آراء در مجلس لغو شد. اين اقدام تقويت نظام پارلمانى در پاکستان بود. در همين زمان متمم سيزدهم قانون اساسى در مجلس به تصويب رسيد که براساس آن بخش عمده‌اى از اختيارات رئيس جمهورى از جمله در زمينه انحلال مجالس، برکنارى دولت و تعيين فرماندهان نظامى از وى گرفته و به نخست وزير تفويض شد. در اواخر آوريل مجدداً ترور و فرقه‌گرائى در پاکستان تشديد شد و رئيس جمهور پاکستان، دهلى را مسئول خشونت‌هاى فرقه‌اى پاکستان خواند. در مِى ۱۹۹۷ جوخه‌هاى ويژه پليس ضد تروريسم براى مبارزه با عوامل فرقه‌گرا تشکيل شد. اين جوخه‌ها موظف هستند ضمن شناسائى شبکه‌هاى تروريستى فرقه‌گرا و دستگيرى عوامل تروريست، تمام سلاح‌هاى غير قانونى را جمع‌آورى نمايند.


مجلس نمايندگان پاکستان در اوت ۱۹۹۷ لايحه ضد تروريسم را که به سازمان‌هاى انتظامى قدرت بيشترى براى مقابله با تروريسم و خشونت‌هاى فرقه‌اى مى‌دهد، تصويب کرد. اين لايحه تأسيس دادگاه‌هاى ويژه براى محاکمه سريع افرادى که مرتکب جنايات مى‌شوند را پيش‌بينى کرده است. نواز شريف گفت: اين قانون عليه احزاب و سياستمداران مخالفت استفاده نمى‌شود. به‌دنبال تصويب اين قانون بحث‌هاى مخالفت زيادى مطرح شد برخى معتقد بودند قانون به‌منظور مبارزه با مخالفان سياسى تهيه شده است.


دولت نواز شريف و قوهٔ قضائيه در پاکستان در اواخر اکتبر بر سر تعداد قضات ديوان عالى و قدرت قوه قضائيه با يکديگر اختلاف پيدا کردند ولى با ميانجيگرى رئيس جمهور اين اختلافات به نفع قوه قضائيه خاتمه يافت. در ۱۷ نوامبر، شريف براى پاسخ‌گوئى به اتهام‌هاى مطرح شده درباره خود مبنى بر اهانت به قوه قضائيه در جلسه دادگاه ديوان عالى پاکستان حاضر شد و از خود دفاع کرد. ولى دامنه بحران بين قواى مجريه و قضائيه گسترش يافت. نواز شريف در اين حين قانونى را به تصويب رساند که ادامه کار شوراى قضائى ديوان عالى را با مشکل مواجه کرد تا مسئله را به نفع خود حل نمايد. اما فاروق لغاري، رئيس جمهور از امضاءِ اين قانون که توسط پارلمان به تصويب رسيده بود، خوددارى کرد. فرمانده ارتش پاکستان براى خاتمه دادن به بحران بين نواز شريف و مقامات قضائى ميانجيگرى نمود. در اواخر نوامبر رئيس جمهور پاکستان از عمل‌کرد رئيس ديوان عالى اين کشور حمايت کرد و ضمن انتقاد شديد از حمله نمايندگان حزب حاکم به ديوان عالى از نخست وزير اين کشور خواست حفاظت ديوان عالى را به ارتش بسپارد. رئيس جمهور همچنين در نامه‌اى شديداللحن نواز شريف را در اداره امور کشور بى‌کفايتى خواند. نخست وزير نيز در پاسخ به رئيس جمهور در خواست وى براى گماردن ارتش به‌منظور حفاظت از ديوان عالى را رد کرد و لغارى را متهم کرد که در حمايت از ديوان عالى همه فعاليت‌هاى دولت را زير سؤال برده است. جنگ قدرت بين سه مقام عالى‌رتبه پاکستان شدت گرفت و رئيس جمهورى و رئيس ديوان عالى کشور عليه نواز شريف موضع گرفته و وى در مقابل اعلام کرد که ديگر سجاد على شاه را به عنوان رئيس قوه قضائيه به رسميت نمى‌شناسد.