جزيره کوچک سنگاپور که توسط تنگه جوهور از شبه‌جزيره مالايا جدا مى‌شود از سپتامبر ۱۹۶۳ تا جولاى ۱۹۶۵ جزئى از فدراسيون مالزى بود. اصولاً سنگاپور از لحاظ جغرافيائى اقتصادى و فرهنگى جزئى از شبه‌جزيره مالايا مى‌باشد. ولى اختلافات شخصى تنکو عبدالرحمن نخست‌وزير وقت مالزى ولى کوان‌يو نخست‌وزير سنگاپور، رقابت‌هاى سياسى و تنش‌هاى نژادي، عاقبت سبب جدائى سنگاپور از مالزى شد. ولى بعد از جدائى دو طرف متعهد شدند که همکارى‌هاى نزديک در مسائل دفاعى سياست خارجى و مسائل اقتصادى داشته باشند. ولى در عمل روابط دو طرف بسيار سرد بود تا ۱۹۷۱ که به دنبال تصميم انگلستان مبنى بر خروج نظامى از مالزى و سنگاپور اولين کنفرانس وزراء براى دفاع مشترک در منطقه تشکيل شد، تماسى جدى بين دو کشور برقرار نشده بود و سوءظن بين دو کشور ادامه داشت. دو کشور از لحاظ اقتصادى به جاى همکارى با يکديگر در حال رقابت بودند و از لحاظ دفاعى نيز همکارى‌هاى آنها در چارچوب همکارى پنج قدرت تحقق مى‌يافت. ولى هر دو در زمينه بهبود کشتيرانى و جلوگيرى از آلودگى تنگه مالاکا با يکديگر همکارى مى‌نمودند.


گرچه سنگاپور معتقد بود که تنگه مالاکا بايد به‌عنوان يک شاهراه بين‌المللى شناخته شود و از امضاء بيانيه مالزى و اندونزى در ۱۹۷۱ (مبنى بر نظارت و کنترل تنگه مالاکا توسط کشورهاى ساحلي) سر باز زد. ولى در مورد تنگه جوهور در پايان ملاقات نخست‌وزيران مالزى و سنگاپور (مه ۱۹۸۰) و با صدور اعلاميه مشترک بسيارى از مشکلات حل و فصل شد.


مالزى و سنگاپور ۱۹۶۷ تا به امروز در چارچوب اتحاديه آ.سه.آن همکارى‌هاى سياسى خود را به‌خصوص در مسائل منطقه و روياروئى با نفوذ کمونيزم دنبال نموده‌اند. در همان حال از نظر اقتصادى ارتباط زيادى بين دو کشور وجود دارد و تجار سنگاپورى نقش مهمى در اقتصاد مالزى ايفاء مى‌کنند.