پس از قبول استقلال بحرين از سوى ايران فصل جديدى در روابط فى‌مابين گشوده شد. در همان زمان (۱۳۴۹ شمسي) يک هيئت حسن نيت از جانب ايران و به سرپرستى منوچهر ظلي، معاون وزارت امورخارجه رژيم وقت، رهسپار بحرين شد. پس از بازگشت اين هيئت، روابط ايران و بحرين به‌سرعت گسترش يافت.


شيخ خليفه بن‌ سلمان برادر امير بحرين و رئيس شوراى دولتى (نخست وزير فعلى بحرين) بنا به‌دعوت وزير خارجهٔ ايران (زاهدي) در تاريخ ۲۳/۵/۴۹ به تهران سفر کرد که يکى از اهداف اين سفر، فراهم نمودن مقدمات سفر امير بحرين بود. متعاقباً امير بحرين در تاريخ ۲۸/۸/۴۹ رسماً از تهران ديدار کرد.


در سوم تير ماه ۱۳۵۰، وزير امور خارجهٔ ايران (زاهدي)، بنا به‌دعوتى که قبلاً از سوى اميربحرين از ايشان به‌عمل آمده بود، در رأس هيئتى به بحرين سفر نمود. اين سفر در شکل‌گيرى مناسبات آتى دو کشور بسيار مؤثر بود.


در تاريخ ۲۴ مرداد ۱۳۵۰، به‌دنبال مبادلهٔ يادداشت اعتبار پيمان‌هاى ۱۸۸۲ و ۱۸۹۲ بين بحرين و انگلستان و اعلام استقلال بحرين، دولت ايران در زمرهٔ نخستين کشورهائى بود که استقلال بحرين را به رسميت شناخت. در شهريور ۱۳۵۰ برابر ۲۹ اوت ۱۹۷۱، اعلاميهٔ برقرارى روابط سياسى بين دو کشور در سطح سفارت در تهران و منامه انتشار يافت. در همان سال امير بحرين به‌منظور شرکت در مراسم جشن دو هزار و پانصد ساله، براى دومين بار از ايران ديدار کرد.


از هنگام سفر هيئت حسن نيت ايران به بحرين (در ۱۳۴۹) گام‌هاى مؤثرى در جهت گسترش و تحکيم مناسبات بين دو کشور برداشته شد. مى‌توان مهمترين اقدامات را به‌شرح زير نام برد:


- گشايش سفارت ايران در منامه در ۱۳۵۰ و تسليم استوارنامهٔ منوچهر سپهبدى به امير بحرين به‌ عنوان اولين سفير ايران در منامه.


- تأسيس سفارت بحرين در تهران در ۱۳۵۱ و انتصاب عبدالرحمن بوعلى به‌عنوان اولين سفير بحرين در تهران.


- افتتاح شعبهٔ بانک ملّى ايران در منامه.


- تأسيس شعبهٔ شرکت سهامى بيمهٔ ايران در منامه.


- ايجاد خط هوائى بين ايران و بحرين که نخستين پرواز آن در تاريخ ۲۵/۸/۴۹ ۱۶دسامبر ۱۹۷۰ انجام گرفت.


- تعيين حدود فلات قارهٔ ايران و بحرين و عقد موافقت‌نامه در اين زمينه.


- ايجاد خط کشتيرانى و توسعهٔ مبادلاتى حمل و نقل دريائي.


- اعطاء بورسيه به تعدادى از دانشجويان بحرينى جهت تحصيل در دانشگاه‌هاى ايران.


- انجام مذاکرات در مورد تعيين وضعيت اتباع ايرانى مقيم بحرين.


در خلال اين مدت روابط دو کشور بسيار نزديک و دوستانه شد، به‌طورى‌که در جريان بازديد ناو نيروى دريائى ايران از بحرين در ارديبهشت ۱۳۵۳ که با مراسم جشن ازدواج شيخ را شد فروند دوم امير بحرين مقارن شد بود، از فرمانده و افسران ناو به‌منظور شرکت در مراسم مذکور به‌عمل آمده و آنان با استقلال گرم وليعهد بحرين روبه‌رو شدند.


براى مراسم ازدواج وليعهد و همچنين فرزند دوم امير بحرين بحرين، از سوى مجتمع گوشت فارس گوشت گوسفند مصرفى براى اين مراسم، تأمين شد و پس از مدتى شاه دستور تأمين مصرف روزانهٔ گوشت خاندان حاکم در بحرين را از سوى همين مجتمع صادر نمود - براساس گزارشات موجود در پرونده‌هاى مربوط به پيش از انقلاب.