روابط تاريخى گوياى آن است که تجار ايرانى از قرن اول هجرى (قرن هفتم ميلادي) در تجارت دريايى منطقه جنوب شرقى آسيا حضور داشته‌اند. آنها ضمن مراوده با شهرهاى بندرى مجمع‌الجزاير اندونزي، بعضاً در اين مناطق سکنى گزيده و به‌دليل برقرارى پيوندهاى خويشاوندي، ماندگار شده‌اند. با اين حال روند گسترش اسلام و تشکيل حکومت‌هاى اسلامي، از حدود قرن هشتم هجري، آغاز مى‌شود که دو علت اصلى آن، بنابر نظر مورخان، گسترش تجارت دريايى ميان اين مناطقه با جهان اسلام بوده است و نيز مهاجرت صوفيان خاورميانه به اين نواحي. در آثار مورخان جغرافى دانان مسلمان، اسامى مناطق مختلف جنوب شرقى آسيا درج شده که خود حکايت از سابقه آشنايى مسلمانان با اين نواحى دارد. مارکوپولو کاشف ونيزى که در سال ۱۲۹۲ ميلادى در مراجعت از چين توقفى در سوماترا داشته، بر وجود اجتماع مسلمانان در آنجا گواهى مى‌دهد.


ابن‌بطوطه سيّاح مسلمان مراکشى نيز در سال ۷۴۶ قمري، از آچه بازديد کرده است، در شرح دربار اسلامى آچه، از بعضى مقامات حکومتى ياد مى‌کند که اسامى ايرانى داشته‌اند، مثل بهروز کفيل فرماندهى دريايى حکومت آچه يا قاضى دربار به نام امير سيّد شيرازى و نيز تاج‌الدين اصفهانى يکى از فقهاى دربار. همچنين بر روى يک سنگ قبر قديمى در آچه، مربوط به سال ۸۲۳ هجري، شعرى از سعدى نقر شده است. همچنين در ادبيات قديم، ملايو، شواهد بسيار زيادى در خصوص تأثيرپذيرى از فرهنگ ايرانى قابل مشاهده است. علاوه بر اين تعداد زيادى از واژه‌هاى فارسى - و عربى رايج در فارسى در زبان اندونزيائى (Vahasa Indonesia) رواج دارد که رقم آنها به حدود ۲۰۰ تا ۳۰۰ واژه تخمين زده شده است (واژه‌هائى مثل گندم، انگور، پهلوان، ناخدا، بندر، شه‌بندر، تنباکو، بادام، دفتر، کشمکش، خرما، لشکر، بازار، پياله، سوداگر، شلوار،..). در دوره صفويه نيز بين اصفهان و باتاويا سفرا و نمايندگان بازرگانى مبادله شده است. همچنان‌که اولين سفير اعزامى ايران به دربار سيام نيز در دوره شاه سليمان صفوى راهى اين منطقه مى‌شود و وى نيز با عدّه‌ زيادى از رجال سياسى و علماى ايرانى مقيم سيام ديدار مى‌کند. با اين حال روابط دو کشور تا پيش از استقلال اندونزى بيار محدود بوده است.

روابط دو کشور تا قبل از انقلاب اسلامى ايران

روابط ايران و اندونزى تا پيش از انقلاب اسلامى ايران به علت تحولات داخلى اندونزى و تفاوت مشى ايران در دوره سوکارنو و سوهارتو دارى نشيب و فرازهائى بوده است.


پس از استقلال کامل اندونزي، روابط سياسى ميان دو کشور برقرار شد. اندونزى در سال ۱۹۵۰ ميلادى نمايندگى سياسى خود را در ايران تأسيس کرد و زير مختر خود در کابل را در تهران آکرديته نمود و سپس در سال ۱۹۵۹ به سطح سفارت ارتقاء يافت . سفارت ايران در جاکارتا نيز در سال ۱۳۳۰ در سطح وزير مختار تأسيس گرديد ولى در همان سال به علت صرفه‌جويى تعطيل شده و سفير ايران در هند، در جاکارتا آکرديته شد. سپس در سال ۱۳۳۴ مجدداً سفارت ايران در سطح وزير مختار افتتاح شد و در سال ۱۳۳۹ به سطح سفارت ارتقاء پيدا کرد.


در دوره سوکارنو، روابط دو کشور بسيار محدود بود. هيئتى از ايران در کنفرانس آسيايى - آفريقايى باندونگ شرکت کرد. سپس در سال ۱۳۳۷ عهدنامه مودت ميان ايران و اندونزى در تهران به امضاء رسيد. در ايران در سال ۱۳۴۱ در سازمان ملل از الحاق ايريان غربى به اندونزى حمايت کرد و نماينده در سال‌هاى ۱۳۴۱ و ۱۳۴۲ از سوى دبير کل وقت سازمان ملل، مسؤول اداره موقت ايريان غربى شد.


در دوره سوهارتو، روابط دو کشور پيشرفت زيادى کرد. در سال ۱۳۴۵ رئيس پارلمان اندونزى به دعوت همتاى خود از ايران بازديد کرد و در سال ۱۳۴۸ رئيس وقت مجلس شوراى ملي، به اندونزى سفر کرد. سپس در سال ۱۳۵۰ آدم مالک وزير خارجه وقت اندونزى سفرى به تهران داشت و در همين سال معاون رئيس جمهور اندونزى براى شرکت در جشن‌هاى ۲۵۰۰ ساله راهى ايران شد. در سال ۱۳۵۳ شاه مخلوع سفرى به اندونزى داشت و در پاسخ به اين سفر سوهارتو، در سال ۱۳۵۴ به ايران سفر کرد. اعضاء خانواده سلطنتى نيز در سال‌هاى ۱۳۴۸، ۱۳۵۰ و ۱۳۵۲ سفرهايى به اندونزى داشته‌اند. در سال ۱۳۵۵ دولت وقت ايران از موضع اندونزى در خصوص الحاق تيمور شرقى به کشور خويش حمايت کرد.


در زمينه روابط اقتصادى عليرغم تبادل هيئت‌هاى دو طرف، پيشرفت زيادى حاصل نشد. در سال ۱۳۵۳ در جريان سفر يک هيئت عالى‌رتبه اندونزيايى به تهران، موافقت‌نامه‌اى اقتصادى ميان دو کشور به امضاء مى‌رسد که بر مبناى آن ايران يک اعتبار ۱۰۰ ميليون دلاري، براى ساخت يک کارخانه ۵۰۰ هزار تنى کودشيميايى در کوجانگ در اختيار اندونزى قرار مى‌دهد،که در سال‌هاى بعد به‌طور کامل بازپرداخت مى‌شود.


د زمينه روابط فرهنگى نيز دانشگاه تهران در اسل ۱۳۴۹، ۶ بورس تحصيلى در اختيار اندونزى قرار مى‌دهد. همچنين در سال ۱۳۵۰ يک موافقت‌نامه فرهنگى ميان دو کشور به امضاء مى‌رسد که عملاً اجرا نمى‌شود و روابط فرهنگى دو کشور، منحصر به تبادل محدود هيئت‌‌هاى علمى و فرهنگى مى‌گردد.

روابط دو کشور پس از پيروزى انقلاب اسلامى ايران

پس از پيروزى انقلاب اسلامى ايران، مقامات اندونزيايى با دقت و حساسيت تحولات ايران را پيگيرى کردند. جمهورى اسلامى ايران نيز در جهت سياست گسترش روابط با کشورهاى اسلامي، غير متعهد و در حال توسعه، تمايل خود را نسبت به توسعه رابطه با اندونزى ابراز داشت. اين روابط به‌ويژه با پايان گرفتن جنگ تحميلى عراق عليه ايران، روبه ارتقاء نهاد و مناسبات دو کشور خصوصاً در زمينه‌هاى سياسى و اقتصادى گسترش پيدا کرد، که مهم‌ترين ابعاد آن به شرح زير است.