گنبد حرم مطهر
اولين گنبدى که پس از سايبان حصيرى موسى بن خزرج بر فراز تربت پاک فاطمه معصومه (س) بنا شد، قبه‌اى برجى شکل بود که به همت حضرت زينب دختر امام جواد (ع) از مصالح آجرى و سنگ و گچ در اواسط قرن سوم هـ.ق ساخته شد.
در سال ۹۲۵ هـ.ق همين گنبد به همت شاه بيگى بيگم دختر شاه‌اسماعيل، تجديد بنا و سطح خارجى گنبد با کاشى‌هاى معرق آراسته گرديد و ايوان رفيع با دو مناره در صحن عتيق ساخته شد. در سال ۱۲۱۸ هـ.ق هم‌زمان با سلطنت فتحعلى‌شاه، گنبد مطهر با خشت‌هاى طلايى تزيين شد که تا سال ۱۳۷۹ شمسى باقى ماند.
در سال ۱۳۸۰ به علت تخريب وضع ظاهرى گنبد و براى جلوگيرى از وارد شدن صدمات ديگر به ساختمان گنبد به همت توليت آستانه مقدسه حضرت آيت‌الله مسعودى خميني، اقدام به بازسازى و تعميرات اساسى گنبد حرم مطهر شد و به اين جهت خشت‌هاى طلايى سابق جمع‌آورى شد. اين گسترده در حال حاضر با هزينه‌اى بالغ بر ۲۵ ميليارد ريال در حال انجام است.
مرقد مطهر حضرت (س)
در سال ۶۰۵ هـ.ق امير مظفر احمد بن اسماعيل بزرگ خاندان آل‌مظفر، بزرگ‌ترين استاد کاشى‌ساز آن زمان محمد بن ابى طاهر کاشى قمي را به کار ساخت و پرداخت کاشى‌هاى متنوع مرقد واداشت. او به مدت ۸ سال به اين کار مشغول بود تا سرانجام در سال ۶۱۳ هـ.ق کاشى‌هاى مرقد آماده و کار گذاشته شد. اخيراً در سال ۱۳۷۷ شمسي، مرقد مطهر به شکل جديدى که آميخته‌اى از کاشى و سنگ است، تجديد بنا شد و همچنين ديواره‌هاى داخلى با سنگ مرمر سبز آراسته گرديد.
ضريح مطهر
در سال ۹۶۵ هـ.ق به دستور شاه تهماسب صفوي، در چهار طرف مرقد، ضريح آجرى آراسته به کاشى‌هاى هفت رنگ و کتيبه‌هاى معرق بنا شد که در اطراف آن منافذى باز وجود داشت تا هم مرقد ديده شود و هم زائران نذورات خود را داخل ضريح بريزند.
اين ضريح چندين مرتبه تجديد بنا و اصلاح شد و سال‌هاى متمادى روى مرقد حضرت باقى بود تا اين که در سال ۱۳۶۸ هـ.ق برابر با ۱۳۴۸ شمسي، به دستور توليت آن زمان، شکل ضريح را تغيير دادند و ضريحى با ظرايف و شاهکارهاى هنرى ويژه به جاى آن نصب نمودند. اين ضريح که طى ساليان گذشته همچنان بر فراز تربت نورانى حضرت موجود بوده است، در اسفند ماه ۱۳۸۰ شمسى اصلاحات و تعميرات اساسى صورت گرفت و مرمت‌هاى ضرورى انجام شد.