شروع فعاليت‌هاى هسته‌اى پاکستان از زمان نخست وزيرى ذوالفقار على بوتر آغاز شد. اولين نيروگاه برق هسته‌اى از کانادا در ژانويه سال ۱۹۷۲ در شهر کراچى مرکز ايالت سند شروع به‌کار کرد. پس از آن پاکستان براى تحويل يک نيروگاه برق اتمى قراردادى با فرانسه امضاء کرد که بعد از اعدام ذوالفقار على بوتر و در زمان رياست جمهورى ضياءالحق خريد آن منتفى شد. در سال ۱۹۷۶ يک نيروگاه هسته‌اى ده‌ مگاواتى تحقيقاتى در حوالى اسلام‌آباد تأسيس شد. در حال حاضر مرکز تحقيقات هسته‌اى در کهوته (Kahota) نزديک پايتخت و مرکز اتمى معالجه سرطان در اسلام‌آباد و چند شهر ديگر پاکستان مشغول فعاليت هستند. عمليات احداث يک نيروگاه اتمى ۳۰۰ مگاواتى ساخت با همکارى چين و همکارى متخصصان آن کشور از اوايل سال ۱۹۹۳ در چشمه در ايالت پنجاب شروع شد. پيرامون توان هسته‌اى پاکستان اظهار مختلفى توسط منابع داخلى و خارجى بيان شده که مجموعاً حاکى از پيشرفت اين کشور در زمينه تکنولوژى هسته‌اى است. دکتر عبدالقديرخان معروف‌ترين فيزيکدان پاکستان اذعان داشته است گرچه پاکستان برنامه‌هاى هسته‌اى را با تأخير شروع کرده ولى تاکنون به پيشرفت‌ها قابل توجهى نايل آمده است. دکتر احمد خان رئيس کميسيون انرژى هسته‌اى پاکستان گفته بود که کشورش در زمينه تکنولوژى هسته‌اى موفقيت‌هاى چشمگيرى کسب کرده و از اين جهت جزو ۲۰ کشور پيشرفته جهان به‌شمار مى‌رود.



گرچه مقامات و منابع دولتى پاکستان بارها توليد و يا وجود بمب اتمى را در کشورشان به شدت رد و اعلام کرده‌اند که چنين هدفى ولى مطالبى از سوى برخى منابع خارجى منتشر شده که مغاير با گفتهٔ پاکستانى‌ها است. اين منابع معتقد هستند پاکستان مقدار قابل توجهى اورانيوم غنى شده در اختيار دارد که براى توليد بمب اتمى قابل استفاده است. گزارش‌هاى متنوعى که در مورد توان هسته‌اى هند و پاکستان منتشر شده حاکى از برترى مى‌باشد.


صاحب‌نظران معتقدند اختلافات هند و پاکستان عاملى است که ممکن است به بروز يک جنگ هسته‌اى ميان دو کشور منتهى شود. با اين وجود هيچ‌يک از دو کشور تاکنون به پذيرش قرارداد منع توسعه سلاح‌هاى هسته‌اى ((Non - Proliferation Treaty (NPT) تن نداده و پاکستان اعلام کرده است، زمانى اين قرارداد را امضاء خواهد کرد که هند نيز آن را بپذيرد. پاکستان که برنامه‌هاى هسته‌اى خود ار مسالمت‌آميز توصيف مى‌کند تصريح کرده که حاضر نيست به‌طور يک جانبه از آن صرف نظر کند و اصرار بر اين موضع، اين کشور را تاکنون با مسائل و مشکلاتى از طرف آمريکا از جمله قطع کمک‌هاى نظامى و اقتصادى مواجه ساخته است.


در اواخر سال ۱۹۹۳ بى‌نظير بوتر رسماً توقف برنامه‌هاى هسته‌اى اين کشور را اعلام کرد ولى گفت: برنامه هسته‌اى را طبق درخواست واشنگتن به سطح قبلى برنخواهد گرداند.


پاکستان اولين واحد نيروگاه هسته‌اى را در سال ۱۹۸۳ در کراچى مورد بهره‌بردارى قرار داد. در حال حاضر بخشى از برق مورد نياز پاکستان به‌وسيله نيروگاه کراچى توليد مى‌شود. همان‌طور که ذکر شد عمليات احداث دومين نيروگاه هسته‌اى اين کشور به ظرفيت ۳۰۰ مگاوات در ناحيه چشمه ايالت پنجاب (در اواخر ۱۹۹۴) فراهم شد که در سال ۱۹۹۸ به‌ بهره‌بردارى خواهد رسيد. ضمناً وزارت خارجه پاکستان در ژوئيه ۱۹۹۵ اعلام کرد که ساخت مرکز لرزه‌نگارى و ضبط ارتعاشات هسته‌اى در منطقه چکوال در ايالت پنجاب را متوقف کرده است. اين پروژه قرار بود اوايل سال ۱۹۹۶ آماده بهره‌بردارى شود.


در مه ۱۹۹۸ آزمايش هسته‌اى موشک‌هاى ميان برد جديد پاکستان با موفقيت انجام شد. اين موشک‌ها مى‌توانست عمق خاک هند را مورد هدف قرار دهد. به دنبال آن هند پنج آزمايش هسته‌اى در زير زمين انجام داد. اين برنامه‌هاى آزمايش هسته‌اى در سطح جهان محکوم شد و آمريکا تحريک‌هاى اقتصادى را برعليه هند و پاکستان تحميل کرد. در اواخر مه پاکستان شش انفجار آزمايش هسته‌اى در زير زمين انجام داد. در اوايل ژوئن دولت پاکستان دستور داد هزينه‌هاى عمومى ۵۰ درصد به دليل تحريم‌هاى اقتصادى کاهش داده شود.


در سال ۹۹-۱۹۹۸ آمريکا بعضى از تحريم‌هاى اعمال شده بر هند و پاکستان را برداشت و از دو کشور خواست معاهده منع آزمايشات هسته‌اى را امضاء کنند و برنامه‌هاى موشکى خود ار محدود نمايند تا صلح در آسياى جنوبى برقرار شود.