با پايان گرفتن جنگ جهانى دوم و شکست ژاپن، نيروهاى ژاپنى در ۱۵ اوت ۱۹۴۵ تسليم شدند. رهبران اندونزيائى با اغتنام از فرصت و قبل از ورود متفقين با تهيه بيانيه‌اى کوتاه استقلال اندونزى را در صبح روز ۱۷ اوت ۱۹۴۵ اعلام کردند. متن بيانيه توسط سوکارنو بدين شرح قرائت شد.


بيانيه:

ما مردم اندونزى به اين وسيله بيانيه استقلال اندونزى را اعلام مى‌داريم. امور مربوط به انتقال قدرت و ساير امور با احساس مسئوليت، هر چه سريع‌تر انجام خواهد شد.


جاکارتا، ۱۷ اوت ۱۹۴۵

به نام مردم اندونزى

[امضاء] سوکارنو. حتّي.


پس از قرائت بيانيه پرچم دورنگ سرخ و سفيد به اهتزاز درآمد و سرود اندونزى بزرگ خوانده شد و به اين ترتيب جمهورى اندونزى تولّد يافت. ايدئولوژى پانچاسيلا (Pancasila) به عنوان بنيان فلسفى و ايدئولوژيک حکومت پذيرفته شد که خود شامل پنج اصل زير مى‌باشد:


اعتقاد به خدا، وحدت ملي، بشر دوستين، عدالت اجتماعى و دموکراسي. سپس در ۱۸ اوت ۱۹۴۵ قانون اساسى کشور تدوين گرديد. سوکارنو رئيس‌ جمهور و محمّد ‌حتى معاون رئيس‌ جمهور شد و در ۵ سپتامبر همان سال (۱۹۴۵) نخستين کابينه اندونزى تشکيل گرديد.

کودتاى حزب کمونيست اندونزى

حزب کمونيست اندونزي (PKI) با آنکه هيچ‌يک از اهرم‌هاى اصلى قدرت را در دست نداشت، نفوذ روز افزونى در جامعه پيدا کرده و مورد حمايت سوکارنو هم بود. انى وضعيت باعث نگرانى مسلمانان و ارتش نسبت به آينده کشور و دوره پس از سوکارنو مى‌شد. در ۳۰ سپتامبر ۱۹۶۵ گروهى از افسران چپگراى ارتش اقدام به کودتايى عليه فرماندهان ارتش کرده و در روز اول اکتبر (۱۹۶۵) شش ‌ژنرال عالى‌رتبه را به قتل رساندند. اين وقايع زمانى رخ داد که اکثر اعضاى کابينه براى شرکت در جشن سالگرد انقلاب اکتبر چين در پکن بسر مى‌بردند و بخش مهمى از نيروهاى ارتش، براى مقابله با مالزى به کاليمانتان اعزام شده بودند.


ژنرال سوهارتو، که در آن زمان فرمانده نيروهاى استرتژيک ارتش بود رهبرى مقابله با کودتاگران را به‌دست گرفت و توانست در روز بعد (۲ اکتبر) کودتا را در جاکارتا عقيم بگذارد و کنترل مجدد راديو و مرکز مخابرات را به‌دست آورد.



سپس سوهارتو از طرف سوکارنو مأمور اعاده نظم و امنيت به کشور شد ولى حوادث بين اکتبر ۱۹۶۵ تا مارس ۱۹۶۶ رفته رفته مقدمات حذف سوکارنو از صحنه را فراهم کرد. با افزايش خشونت‌هاى خيابانى بين طرفداران و مخالفان سوکارنو در اوايل سال ۱۹۹۶، و صدور فرمان تاريخى سوکارنو در ۱۱ مارس ۱۹۶۶ (تفويض قدرت به سوهارتو براى برقرارى نظم)، سوهارتو سريعاً حزب کمونيست اندوزي را غير قانونى اعلام کرد (۱۲ مارس ۱۹۶۶) و کابينه جديدى را موسوم به نظم جديد با کمک مسلمانان، دانشجويان، مديران اقتصادى و نظاميان تشکيل داد که ابتدا در رأس آن سوکارنو به‌طور نمايشى حضور داشت ولى بروز دوگانگى ميان سوکارنو و کابينه جديد، سبب شد که مجمع موقت مشورتى مردم در يک نشست فوق‌العاده در مارس ۱۹۶۷، از سوکارنو خلع يد نموده و سوهارتو را به عنوان کفيل رياست جمهورى انتخاب کند. اين مجمع در سال بعد (مارس ۱۹۶۸) تصويب نمود ه کلمه موقت از عنوان رئيس جمهورى سوهارتو حذف شود و وى رسماً رئيس جمهور اندوزى شد. سوکارنو تا زمان وفات (ژوئن ۱۹۷۰) در منزل خود بازداشت بود. سوهارتو همچنين با استفاده از احساسات ضد کمونيستى مردم عمليات سرکوب شديد حزب کمونيست را آغاز کرد. گفته مى‌شود در جريان اين امر حدود ۵۰۰ هزار نفر از اعضاء و هواداران اين حزب کشته شده و نزديک به ۵/۱ ميليون نفرشان دستگير و زندانى شدند.