طبق قانون اساسى اندونزى ۶ رکن مهم حکومت عبارتند از: مجمع مشورتى مردم (MPR)، رياست جمهوري، مجلس نمايندگان مردم (DPR)، شوراى عالى مشورتى (DPA)، شوراى مشورتى حسابرسى دولتى (BPK) و ديوان عالى کشور (MA).

قوه قضائيه

قوه قضائيه اندونزى در کنار دو قوه ديگر مقننه و مجريه به‌طور مستقل عهده‌دار امور قضايى کشور مى‌باشد. بالاترين مرجع قضايى کشور ديوان عالي (MA) است که شامل يک رئيس، يک جانشين، ۶ معاون و ۴۳ عضو از ميان قضات کشور مى‌باشد. در اندونزى چهار نوع دادگاه به شرح زير وجود دارد:


۱. دادگاه عمومى (شامل ۲۶ دادگاه در مراکز استان‌ها و حدود ۳۰۰ دادگاه منطقه‌اى در شهرهاى بزرگ): براى رسيدگى به جرائم عمومي.


۲.دادگاه اسلامي: براى رسيدگى به احوال شخصيه مسلمانان (ازدواج، طلاق، ارث و توقيف) که از سال‌ ۱۹۸۹ تشکيل شده و زير نظر ديوان عالي فعاليت مى‌کند.


۳. دادگاه نظامى (عادى و فوق‌العاده): براى رسيدگى به جرائم نظاميان.


۴. دادگاه اداري: براى رسيدگى به جرائم کارکنان دولت.


لازم به ذکر است که قوانين جزائى براى تمام اتباع اندونزى يکسان مى‌باشد ولى مسلمانان مى‌توانند در امور شخصيه خود به دادگاه‌هاى اسلامى مراجعه کنند. همچنين حقوق مدنى ويژه‌اى براى اروپائيان وجود دارد که از سال ۱۸۴۷ معمول بوده است. در مورد ديگر خارجيان (مثل عرب‌ها، هنديان، و يا چينى‌ها) نيز، قوانين و مقررات ويژه‌اى در حقوق مدنى و تجارى پيش‌بينى شده است. دولت اندونزى اکنون برنامه يکسان نمودن حقوق و قوانين قضايى را آغاز کرده است. رئيس کنونى ديوان عالى کشور آقاى سوريونو مى‌باشد.

شوراى حسابرسى دولتى (BPK)

طبق اصل ۲۳ قانون اساسي، وظيفه اين شورا بررسى نحوه عمل‌کرد حساب‌هاى مالى دولت و گزارش آن به مجلس نمايندگان مردم (براى تصويب بودجه کشور) مى‌باشد. رئيس جمهور در نطق سالانه خود در مجلس نمايندگان مردم (روز ۱۶ اوت هر سال) خلاصه‌اى از عمل‌کرد دولت در سال مالى قبل را ارائه مى‌دهد و گزارش کامل آن را (شامل فهرست درآمدها و هزينه‌هاى دولت و گزارش ميزان پيشرفت برنامه‌هاى توسعه در کشور ) تقديم مجلس مى‌کند. رئيس کنونى شوراى حسابرسى دولتي مى‌باشد.

کنترل عملکرد دستگاه دولت

دولت اندونزى در کنار اجراء برنامه‌هاى توسعه در کشور، براى کنترل نحوه عملکرد دستگاه ادارى و ايجاد اصلاحات لازم در قوانين و ساختارهاى موجود از طريق وزير مشاور در اصلاحات ادارى برنامه‌هاى مختلفى را به مرحله اجراء درآورده است. مثل آموزش کارکنان، حذف مقررات دست و پاگير و رسيدگى به شکايات مردم از دستگاه‌هاى دولتى (به‌ويژه شکايات واصله به دفتر معاون رئيس جمهور).