هدف اصلى رفتاردرمانى ايجاد تغيير مناسب در ارتباط بين محرک و پاسخ در مراجع است. مشاور به مراجع کمک مى‌کند تا شيوه‌هاى مؤثر و کارآمد رفتار و نحوهٔ سازش با مشکلات را ياد بگيرد. اساس کار در نظريهٔ رفتاردرمانى بر استفادهٔ صريح و قاطع از اصول و قوانين يادگيرى قرار دارد و مشاور به مراجع کمک مى‌کند تا نحوهٔ استفادهٔ صحيح از تقويت‌کننده‌هاى رفتار، و شيوه‌هاى جايگزينى رفتارهاى مطلوب به جاى رفتارهاى نامطلوب را بياموزد. مشاور پير و نظريهٔ رفتاردرمانى بايد نوع رفتار ناسازگار مراجع و ميزان تکرار آن را بشناسد، با عواملى که باعث تداوم و تقويت رفتار ناسازگار مى‌گردند آشنا شود، و نهايتاً به شناسائى عواملى بپردازد که احتمالاً باعث تغيير رفتار ناسازگار مراجع خواهند گرديد. (داستين وجرج، ۱۹۷۳ - Dustin & George) تغيير رفتار نامطلوب و آموزش شيوه‌هاى رفتار مطلوب به مراجع، از اهداف رفتاردرمانى محسوب مى‌شوند. مراجع بر اثر رفتار درماني، بايد بتواند رفتار خويش را تعبير و تفسير کند و از طريق تهيهٔ طرح‌هاى رفتارى به استفاده از تقويت‌هاى مناسب بپردازد. به بيان ساده‌تر، هدف رفتاردرمانى را مى‌توان در تغيير رفتار ناسازگار، يادگيرى فرآيند تصميم‌گيري، و پيشگيرى از وقوع مشکلات آينده خلاصه کرد (کرومبولتز و تورسن، ۱۹۶۹ - Krumboltz & Thoresen)
مشاور به شيوهٔ رفتارى يک فرآيند آموزشى - يادگيرى محسوب مى‌گردد و به وسيله آن شيوه حل مسأله به مراجع آموخته مى‌شود. به نظر هاسفورد (۱۹۷۴) (Hosford) مشاور بايد به مشاهدهٔ منظم، تشخيص مشکل، کنترل دقيق رفتار مراجع و محيط، کمّى‌سازى داده‌ها و ارزيابى نتايج حاصله بپردازد و گام‌به‌گام و به ترتيب مسأله را مشخص سازد، اهداف جلسهٔ مشاوره را تنظيم کند، به مشاهده و ثبت رفتار مراجع بپردازد، تکنيک‌هاى خاص مشاوره را انتخاب و به اجرا درآورد، کارآئى تکنيک‌ها را در نيل به اهداف مورد بررسى و ارزيابى قرار دهد، و سپس جلسهٔ مشاوره را خاتمه بخشد. مشاور در جلسات اول پس از برقرارى رابطهٔ گرم و پذيرا با مراجع، به جمع‌آورى تاريخچهٔ کاملى از زندگى او مى‌پردازد. پيروان اين نظريه معتقدند که پذيرش مراجع و درک احساسات او براى تغيير رفتار کفايت نمى‌کند و اطلاع صرف مراجع از مشکل، به حل آن نمى‌انجامد. مشاور بايد علل پيدايش مشکل را به مراجع بشناساند و شيوه‌هاى عملى حل مسائل را به او آموزش دهد.
مشاور پيرو نظريهٔ رفتاردرمانى براى کمک به مراجع، از فنون گوناگونى در موارد متعدد استفاده مى‌کند. رفتار درمان‌گران براى تغيير رفتار نامطلوب به‌وفور از شرطى‌کردن استفاده مى‌کنند. در شرطى‌کردن کلاسيک، محرکى جايگزين محرک ديگر مى‌شود و بين آنها ارتباط به‌وجود مى‌آيد. در شرطى کردن عامل، رفتار را مى‌توان از طريق تغيير عواقب آن دگرگون ساخت. استفاده از روش خاموش‌کردن - که در آن تکرار پاسخ با تقويت همراه نيست - نيز در حذف رفتار نامناسب مؤثر است. از طريق شيوهٔ متوقف کردن فکر نيز مى‌توان رفتار نامناسب را تغيير داد. در اين روش، مشاور از مراجع مى‌خواهد با بستن چشمانش خود را در موقعيت اضطراب‌زا و بيهوده‌اى تصور کند. پس از فراخوانى احساسات نگران‌کننده، مشاور بى‌درنگ بر سر مراجع داد مى‌زند و به او مى‌گويد متوقف کن. از آنجا که تصور دو چيز در يک لحظه در ذهن ممکن نيست، داد زدن مشاور جايگزين رشتهٔ افکار مراجع مى‌شود و او را براى مدتى از ادامهٔ افکار اضطراب‌زا باز مى‌دارد.
تکرار اين عمل، در قطع رشتهٔ افکار مخرب مى‌تواند مؤثر باشد. آموزش اظهار وجود (Assertive Training) يکى ديگر از فنون رفتاردرمانى است که براى اظهار همه نوع احساسات به جز اضطراب مورد استفاده قرار مى‌گيرد. به‌عنوان نمونه، اگر مراجعى قادر نباشد عقايد خود را با دوستان مطرح سازد، استفادهٔ صحيح از آن جرأت اظهار وجود را براى او فراهم مى‌آورد. انزجاردرمانى (Aversive therapy) از ديگر فنون رفتاردرمانى است که براى درمان حالات اضطرارى و اجبارى و عادت به چيزهاى نامناسب مورد استفاده قرار مى‌گيرد. به عنوان نمونه، براى درمان همجنس‌‌گرايان و الکليست‌ها مى‌توان از اين شيوه استفاده کرد. در اين روش، يک محرک نامطبوع - محرک انزجارى - با پاسخ‌هاى ناسازگار و نامطلوب - همجنس‌گرائى يا الکليسم - همراه مى‌شود. محرک‌هاى انزجارى ممکن است انواع داروها و يا شوک‌الکتريکى باشند. شکل دادن رفتار از ديگر فنون رايج در رفتاردرمانى است که به وسيلهٔ آن مشاور رفتار مطلوبى را در مراجع ايجاد مى‌کند. در اين حالت، مشاور فقط به تقويت رفتارهائى که به رفتار مورد نظر شباهت دارند مى‌پردازد.
با تکرار اين عمل، رفتار منظور در فرد به‌وجود خواهد آمد. در الگوسازي، که از فنون رفتاردرمانى است، مراجع با الگوهاى رفتارى مناسب آشنا مى‌شود و آنها را از راه تقليد ياد مى‌گيرد. يکى ديگر از فنون رفتاردرماني، ايفاى نقش است که به وسيلهٔ آن مراجع با نقش‌هاى متعدد مواجه مى‌شود تا از طريق مشاهدهٔ رفتارهاى الگو، نسبت به رفتارش آگاه شود. مشاور بايد مراجع را تشويق کند تا نقص‌هاى يادگرفته را در خارج از جلسهٔ مشاوره به‌کار بندد. نهايتاً آنکه مشاور مى‌تواند با استفاده از فن حساسيت‌زدائى منظم، اضطراب مراجع را کاهش دهد. بدين وسيله، يک پاسخ آرام‌بخش با يک محرک اضطراب‌زا توأم مى‌شود و بين آنها رابطه به‌وجود مى‌آيد و محرک اضطراب‌زا، ديگر اضطراب ايجاد نمى‌کند.
مشاور پيرو نظريهٔ رفتاردرمانى ابتدا با مراجع رابطهٔ گرم و پذيرا برقرار مى‌کند و خيلى سريع و زود از فنون گوناگون براى درمان مشکل بهره نمى‌گيرد. در جلسات مشاوره، براى شناخت کامل مراجع و مشکل او، بايد اطلاعات جامعى از زندگى مراجع گردآورى شود. دربارهٔ خانواده، وضع تحصيلات و دوستان، و تاريخچهٔ اشتغال مراجع مى‌توان اطلاعات لازم را تهيه کرد و مورد استفاده قرار داد. مشاور به هيچ‌عنوان، مراجع را در جلسهٔ مشاوره تحت فشار قرار نمى‌دهد. مشاور براى دستيابى به اطلاعات عيني، از انواع آزمون‌هاى روانى استفاده مى‌کند. هر جلسهٔ مشاوره به مدت پنجاه تا شصت دقيقه طول مى‌کشد و هفته‌اى يک‌بار مشاور و مراجع در اطاقى آرام و ساکت ملاقات مى‌کنند. همچون ساير شيوه‌هاى مشاوره، گفتگوهاى بين مراجع و مشاور محرمانه است و مشاور بدون اطلاع قبلى مراجع، آنها را با کسى مطرح نمى‌سازد. ممکن است مشاور از مراجع بخواهد در صورت توافق، گفتگوى جلسهٔ مشاوره ضبط شود تا مراجع با گوش‌دادن مجدد به آن، از نقاط قوت و محدوديت‌هاى خود آگاه شود.
رفتاردرمانى به علت نياز به مدت کم براى درمان و حصول نتايج نسبتاً سريع، کاربردهاى زيادى در حل مشکلات روانى و اضطراب دارد. از سوى ديگر، در رفتاردرمانى به عمق و پويائى‌هاى روانى و مشکلات و رفتارهاى ناسازگار توجه نمى‌شود. گرچه رفتارگرايان، اين مورد را قبول ندارند و معتقدند با حذف علائم و نشانه‌هاى يک رفتار ناسازگار، الگوهاى درونى مربوط به آن نيز ترميم مى‌شوند.