سلجوقيان تا زمان خود بزرگ‌ترين سلسله‌اى بودند که در ايران حکومت کردند. آنها على‌رغم اينکه چادرنشين بودند ولى زود تحت‌تأثير تمدن ممالک تابع قرار گرفتند. در دورهٔ حکومت آنها ادب و فرهنگ فارسى بيش از قبل رونق و گسترش يافت. طى اين دوره تصوف نيز رواج يافت. خصوصاً ظهور امام محمد‌غزالى موجب توجه زياد مردم به تصوف شد. از متصوفين نامدار قرن ۵ و ۶ مى‌توان از امام ابوالقاسم قشيري، ابوسعيد ابوالخير، شيخ احمد جامي، احمد غزالي، غين‌القضاة همدانى و مجدالدين بغدادى نام برد. ناصر خسرو، عمر خيام، انوري، اميرمعزي، قطران، سنائي، ارزقي، اسدى طوسي، گرديزي، راوندي، باباطاهر و سنائى غزنوى در اين دروه مى‌زيسته‌اند. دورهٔ سلجوقيان دورهٔ برآمدن اسماعيليان در ايران بود. در اين دوره حسن صباح فرستادهٔ خليفهٔ اسماعيلى مصر به ايران آمدو در قلعهء الموت جا گرفت و قلاع ديگرى را نيز به تصرف درآورد.
او در قهستان و اصفهان داراى نفوذ شد. اسماعيليه شاخه‌اى از شيعيان هستند که پس از فوت امام ششم، به‌جاى امام موسى‌کاظم برادر ديگر او اسماعيل را امام مى‌دانستند و چون معتقد بودند که رعايت باطن اسلام مهم‌تر از ظاهر آن است به باطنيه نيز معروف شدند. به اسماعيليان ايران نزارى (طرفداران نزار پسر مستنصر خليفهٔ فاطمي) نيز گفته‌اند. آنها سازمان مخفى و مقررات خاصى داشتند و فدائيان اسماعيليه که مخالفان خود را مى‌کشتند وحشت زيادى برانگيخته بودند. به‌دستور خواجه نظام‌الملک خود به‌دست فدائيان اسماعيليه کشته شد. خليفه مسترشد نيز به‌دست آنها به قتل رسيد. امامان اسماعيلى پس از حسن صباح، بزرگ اميد، محمد‌بن بزرگ اميد، حسن (على‌ذکره‌السلام) بودند. آخرين آنها رکن‌الدين خورشاه بود که در زمان او هلاکو به‌الموت دست يافت و آنها را قلع و قمع کرد. در دورهٔ سلجوقيان به‌سبب انقياد آنها نسبت به خلفاء عباسي، خلفا قدرت گرفتند. نظام‌الملک سعى داشت که سازمان ادارى سلجوقيان را مانند دورهٔ ساسانيان بازسازى کند. پايان حکومت سلاجقه ناظر قدرت گرفتن اتابکان ترک بر تقريباً سراسر ايران بود.