گمرک سابقه‌اى به قدمت تاريخ دارد. البته اين ادعا نه اغراق است نه از باب مباهات، بلکه واقعيت انکارپذيرى است که در مورد بسيارى از سازمان‌هاى دولتى مانند ارتش و نيروهاى دفاعى يا سازمان‌هائى مانند سازمان‌هاى خدمات شهرى و نظاير آن صادق است. بهتر است اين مطلب را اينگونه بيان کنيم که گمرک نيز مانند بسيارى از سازمان‌ها که هر اجتماع کوچک يا بزرگى در بدو پيدايش به وجود آن نيازمند بوده است، ايجاد گرديده است به تدريج که احتياجات ديگرى مطرح شده سازمان يا سازمان‌هاى جديدتر در سطح ملى يا بين‌المللى مطابق آنچه امروز شاهد آن هستيم به وجود آمده است.
گمرک با ايجاد اولين نيروى دفاعى در کوچک‌ترين مقياس متصور، به منظور حفظ قلمرو ملى يک نمونهٔ کوچک از حکومت‌ها، مانند يک قبيله بوجود آمد. اما اينکه اين نيرو چه نام داشته و يا ناميده مى‌شده، و تشکيلات ادارى آن چگونه بوده، به‌طور مسلم از چندين هزار سال قبل سابقهٔ چندان مستندى وجود ندارد، ولى قرائن نشان مى‌دهد هر کجا مبادلهٔ بازرگانى بوده اين تشکيلات يا به‌طور کلى گمرک وجود داشته است.
با توجه به قرائن و شواهد تاريخى که دلالت بر تمدن قوم ماد و حکومت اين قوم بر سرزمين ايران آن روزگار دارد، مى‌توان ادعا کرد به‌طور قطع مقررات گمرکى و گمرک به شکلى در زمان مادها وجود داشته است. همين‌طور در زمان سلسلهٔ هخامنشى در چنين تشکيلاتى نيز داير بوده است.
در زمان اشکانيان گمرک به صورت اداره‌اى منظم فعاليت داشته و کليه‌ٔ اجناس وارده و صادره ثبت مى‌شده است و اهميت قضيه در اين است که حقوق و عوارض گمرکى فقط از کالاهاى وارداتى اخذ مى‌شده است که خود نشان‌دهنده اين است که دولت در حفظ و حمايت مصنوعات داخلى در آن زمان کوشا بوده است.
از دورهٔ ساسانيان اطلاعاتى در مورد وجود گمرک و حقوق و عوارض گمرکى و نحوهٔ دريافت آن نمى‌توان به دست آورد، ولى مواردى که مورد مداقه قرار مى‌گيرد نشان دهندهٔ اين است که نبايد عنوان کرد که در آن زمان امور گمرکى وجود نداشته است، زيرا وجود ادارات منظم گمرکى و دفاتر گمرکى در سلسلهٔ اشکانيان محرز بوده است و با توجه به اينکه ساسانيان وارث حکومت اشکانيان مى‌باشند نمى‌توان مدعى شد که اين عوارض گمرکى در زمان ساسانيان در رابطه با همکارى و مبادلهٔ دولت ايران با دولت روم مى‌باشد که طبق اطلاعات دقيقى که در دست است دولت روم از کالاهاى وارداتى و صادراتى خود حقوق و عوارض دريافت مى‌کرده است.
مورد ديگرى که مى‌توان در اثبات وجود گمرک در دورهٔ ساسانيان به آن اشاره داشت عبارت است از اينکه در دورهٔ قبل از اسلام در کشور عربستان عشر مال‌التجارهٔ تاجران را به صورت حقوق گمرکى دريافت مى‌کرده‌اند و از عقل سليم به دور مى‌باشد که کشور ايران که با عربستان روابط بازرگانى داشته و اين مبلغ را پرداخت مى‌کرده است مبالغى را از ورود کالا به کشور دريافت نمى‌کرده است.
به هر حال با نتيجه‌گيرى از مطالب فوق اين نکته روشن مى‌شود که گمرک بايد به صورت‌هائى تقريباً کاملتر از سلسلهٔ اشکانيان وجود داشته باشد. از اين رهگذر اگر عبور کنيم به دوره بعد از اسلام خواهيم رسيد که نظام ساسانيان درهم شکسته شد و مسلمين بر ايران مسلط گرديدند. به علت فقدان اطلاعات کافى در مورد حقوق گمرکى ايران همان قوانين دوره ساسانيان را ابقاء نمودند و افراد ايرانى را هم به منصب‌هاى ادارات گمرکى برگزيدند.
در مورد قوانين و مقررات گمرکى هم در ايران بعد از اسلام اطلاعات ناکافى مى‌باشد. ولى تاريخ اشاره‌اى به وضع قوانين گمرکى از طرف خليفهٔ ثانى عمربن خطاب مى‌کند.
۱. حقوق گمرکى که بايد از يهودى‌ها و نصارى‌ها دريافت گردد، معادل يک درهم از هر ۲۰ درهم بود (۵% ارزش کالا)
۲. حقوق گمرکى که از خود مسلمانان بايد دريافت مى‌شد از هر ۴۰ درهم يک درهم بود (۵/۲% ارزش کالا)
۳. اخذ حقوق گمرکى از اعرابى که زير نظر حکومت اسلامى اداره نمى‌شدند عبارت بود از هر ۱۰ درهم يک درهم (۱۰% ارزش کالا)
در آن زمان مال‌التجارهٔ تجار از نظر داخلى از حقوق گمرکى معاف بوده است. بعد از آن حکومت خلفا به پايان رسد حکومت بنى‌اميه يک‌سرى قوانين مربوط به گمرک را پياده کرد از آن جمله اعشار کشتى‌ها بوده که ده يک مال‌التجاره کشتى‌ها را به صورت عينى يا نقدى مى‌‌گرفته‌اند. در زمان خلفاى عباسى به واسطه افزايش تجارت ميزان اين نوع حقوق گمرکى افزايش چشمگيرى را نشان مى‌دهد، بهطورى که کالاهاى مورد معامله در داخل کشور هم شامل حقوق گمرکى مى‌گرديده است.
اين وضع همچنان ادامه مى‌يابد و به علت عدم‌ثبات سياسى کشور و نزاع و کشمکش و روى کار آمدن متناوب چند سلسه از جمله طاهريان، صفاريان، سامانيان، غزنويان و سلجوقيان اين وضعيت حالت اسفناک‌ترى به خود مى‌گيرد، بهطورى که در زمان سلجوقيان بعضى از احکام در چهارسوق‌ها و بازارها نيز از اجناس و کالاها وجوهى را دريافت مى‌کرده‌اند.
در زمان چنگيزخان، وى مصمم شد که راه‌ها را امن نمايد و حافظانى به نام قرقچيان بر سر راه‌ها نهد و قرار بر آن شد که از امتعه تاجرين مقدارى که لايق خان باشد به وى داده شود. بعد از افزايش روزافزون قدرت حکومت چنگيز و به دست‌گيرى کشورهاى متفاوت به دست اولادان او مأمورينى به اسم تتقاول در راه‌ها گذارده شد که مأمور وصول حقوق و عوارض گمرکى بوده‌اند. در آن زمان مال‌التجاره تجار در بين راه مورد حمله دزدان قرار مى‌گرفت ولى اين حمله‌ها به مراتب اثر زيان‌‌آور کمترى نسبت به حقوق و عوارضى که تتقاول‌ها دريافت مى‌کردند، بوده است. غازان‌خان بعداً دزدان را تا حد زيادى از بين برد و ميزان تقريباً متعادلى از نظر عوارض گمرکى در نظر گرفت.
در دوران صفويه، شاه عباس پس از اينکه توانست ارتشى منظم و قوى براى خود تدارک ببيند شروع به اصلاحات داخلى کرده و به امور مالى و گمرکى ايران سر وسامان بخشيد و دفاتر منظم ورود و خروج کالا را تنظيم و خزانهٔ مرکزى را به نحو کامل‌ترى پايه‌ريزى نمود. او شروع به بسط تجارت خارجى نمود.