از جاذبه‌هاى مهم گردشگرى استان اصفهان که کمتر مورد توجه بوده است، زيستگاه‌هاى طبيعى استان است که تا حدى از فعاليت‌هاى سودجويانهٔ اقتصادى به دور مانده است و موجوديت آنها به‌عنوان يک چرخهٔ طبيعى حفظ شده است. هم‌اکنون بر تعدادى از اين مناطق، به‌عنوان پناهگاه حيات‌وحش يا منطقهٔ شکار ممنوع، از سوى ادارهٔ کل حفاظت محيط‌زيست استان به‌صورت دائمى مديريت و نظارت مى‌شود. پاره‌اى از اين مناطق که براى دوستداران و علاقه‌مندان طبيعت از مهمترين جاذبه‌هاى گردشگرى محسوب مى‌شود عبارتند از، پناهگاه حيات‌وحش موته، پناهگاه حيات‌وحش قمشلو، پارک ملى کلاه‌قاضى و تالاب گاوخوني.
باتلاق گاوخونى
باتلاق گاوخونى که در ۱۲۳ کيلومترى جنوب شرقى اصفهان قرار دارد، ناحيه‌اى فرو رفته و آبريز رودخانهٔ زاينده‌رود است.
وسعت باتلاق گاوخونى مشخص نيست زيرا بر اثر بارش باران و تبخير در تغيير است. آبادى مهمى که در کنار زاينده‌رود و در کنار گاوخونى قرار دارد آبادى ورزنه است.
گياهانى نمک‌دوست مانند اشنو، چوبک، نى و گز از گياهان پيرامون باتلاق گاوخونى هستند.