پيش از اعلام جمهورى و استقلال، در سال ۱۹۵۳ شاه موستاى دوم معزول و به لندن تبعيد گشت. در سال ۱۹۶۲ اوگاندا مستقل شده و به‌عضويت سازمان ملل درآمد. ميلتون ابوته به نخست‌وزيرى انتخاب شد. در سال ۱۹۶۳ روش حکومتى اوگاندا تغييراتى يافت. موستا به رياست‌جمهورى منصوب شد. در سال ۱۹۶۶ ابوته، موستا را برکنار کرده اجراء قانون‌اساسى را معوق گذاشت و حکومت را به‌طور مطلق در دست گرفت. در سال ۱۹۶۷، ابوته به‌رياست‌جمهورى انتخاب شد. در سال ۱۹۷۱ رژيم ابوته به‌وسيله يک کودتاى نظامى به‌رهبرى ايدى امين، افسر سابق ارتش استعمارى انگليس و افسر وقت ارتش اوگاندا سرنگون شد. او خود را رئيس‌جمهور خواند و از همان زمان ديکتاتورى در اين کشور آغاز شد. تانزانيا از به رسميت شناختن حکومت امين خوددارى ورزيد.



امين درسال ۱۹۷۲ پنجاه هزار آسيائى ساکن اوگاندا را که داراى پاسپورت انگليسى بودند اخراج نمود. در سال ۱۹۷۳ روابط اوگاندا و آمريکا به‌دنبال توقيف سپاهيان صلح آمريکا در اوگاندا تيره گرديد و در سال ۱۹۷۴ امين کودتائى نظامى را خنثى و گردانندگان نظامى آن را توقيف نمود. در سال ۱۹۷۸ نيروهاى نظامى اوگاندا به‌خاک تانزانيا يورش بردند و قسمت‌هائى از آن را متصرف شدند. در سال ۱۹۷۹ ارتش تانزانيا، سربازان اوگاندائى را مجبور به‌عقب‌نشينى کرده وقسمتى از خاک اوگاندا را نيز متصرف شد. مقاومت نيروهاى وفادار به امين در نقاط مختلف کشور تا مدتى ادامه داشت. امين به خارج فرار کرده (احتمالاً به ليبى و يا عربستان ) و به‌جاى وى يوسف لوئى به رياست‌جمهورى انتخاب شد. اما وى در ماه ژوئن به‌وسيلهٔ گادفرى بن‌يحى برکنار شد. در سال ۱۹۸۸ ميلتون ابوته به رياست‌جمهورى انتخاب شد. در نيمه اول اين سال همچنان مبارزه ميان دولت مرکزى و شورشيان ادامه داشت. سربازان تانزانيا در اين سال خاک اوگاندا را ترک کردند.