به‌دليل سابقه مداخله سازمان کنفرانس اسلامى در مسائل مربوط به مسلمانان فيليپين، دولت اين کشور ايجاد يک رابطه حسنه با سازمان مذکور و کشورهاى مهم آن از جمله جمهورى اسلامى ايران را يک راهبرد مهم در پيشبرد سياست‌هاى خويش در خصوص منطقهٔ ميندانائو و عدم حمايت اين کشورها و سازمان مذکور از جدائى‌طلبان مسلمان، تلقى مى‌نمايد.


فيليپين مايل است به‌عنوان عضو ناظر در جلسات سازمان کنفرانس اسلامى شرکت نمايد تا از مساعدت اين سازمان و به‌خصوص کشورهاى عمده ذى‌نفوذ آن در حصول صلح با گروه‌هاى مسلمان نظامى که برخى از آنها خواهان استقلال مى‌باشند. برخوردار و در عين‌حال ملاحظات خويش در خصوص حمايت ميان سازمان از اين گروه‌ها را دنبال نمايد.


فيليپين با کشورهاى نفت‌خيز و اغلب ممالک عضو سازمان کنفرانس اسلامى روابط دوستانه‌اى دارد. به‌خصوص آنکه بيش از يک ميليون نفر از نيروى کار فيليپين در کشورهاى عربى حوزه خليج‌فارس مشغول کار بوده و اشتغال اين افراد کمک عمده‌اى به اقتصاد اين کشور است. فيليپين تلاش گسترده‌اى جهت شرکت در جلسات سازمان کنفرانس اسلامى به‌عمل مى‌آورد که آخرين آن، درخواست رسمى وزير خارجه اين کشور از جمهورى اسلامى ايران براى شرکت در اجلاس وزراى خارجه سازمان در کوالالامپور بوده است.


از سوى ديگر جبههٔ آزادى‌بخش ملى مورو که اکنون به‌صورت ناظر در جلسات سازمان کنفرانس اسلامى شرکت مى‌نمايد، تقاضاى عضويت کامل نموده و جبههٔ آزادى‌بخش اسلامى مورو نيز اعلام داشته است جهت تشريح آخرين تحولات ميندانائو خواستار حضور در جلسات سازمان کنفرانس اسلامى مى‌باشد. نمايندگان جبههٔ آزادى‌بخش اسلامى مورو تقاضاى خود را به برخى کشورهاى مهم سازمان کنفرانس اسلامى ارسال و هيئت‌هائى نيز به اين منظور به بعضى از کشورهاى اسلامى اعزام داشته‌اند.


در اجلاس وزراى خارجه سازمان کنفرانس اسلامى در مالزى (۲۰۰۰) براى بررسى روند اجراء قرارداد صلح ۱۹۹۶ و آخرين وضعيت ميندانائو، يک کميته تحقيق به رياست وزير خارجه اندونزى تشکيل داد. در جريان اين اجلاس وزير مشاور و دبير شوراى امنيت ملى فيليپين با وزير امور خارجه جمهورى اسلامى ايران ديدار و گفتگو نمود.