در سپتامبر ۱۹۷۸ رئيس جمهور چودرى استعفاء داد و ژنرال ضياءالحق رئيس جمهور شد. ضياءالحق فارغ‌التحصيل آکادمى نظامى انگلستان بود. انتخابات عمومى چندين بار به‌وسيله حکومت نظامى به تعويق انداخته شد و در اکتبر ۱۹۷۹ژنرال ضياء يک تعويق نامحدود انتخابات را اعلام نمود. مخالفان رژيم نظامى به‌خصوص پس از دستورات جديد حکومت نظامى در مه ۱۹۸۰ چندين بار توقيف شدند. در مارس ۱۹۸۱، نه حزب سياسى يک اتحاد مخالفان را تشکيل دادند که نهضت اعادهٔ دموکراسي ((Movement for The Restoration of Democracy (MRD) ناميده مى‌شد. آنان خواهان خاتمه حکومت نظامى و بازگشت به سيستم پارلمانى بودند. چند سياستمدار مخالفت به‌دنبال اين امر توقيف شدند يا در خانه‌هايشان تحت نظر قرار گرفتند.



در اوت ۱۹۸۳ نهضت اعادهٔ دموکراسى که به‌وسيله حزب مردم پاکستان رهبرى مى‌شد، يکسرى تظاهرات داخلى را به راه انداخت تا دولت را براى دموکراسى پارلمانى بر اساس قانون اساسى ۱۹۷۳ تحت فشار قرار دهد. اين تظاهرات در ايالت سند حمايت قابل توجهى را کسب. نمود. حمايت مردمى در نواحى ديگر کشور محدود بود و در دسامبر به تظاهرات خاتمه داده شد. به‌دنبال اين اقدام، بسيار از رهبران و فعالان سياسي، شامل بى‌نظير بوتر (دختر رئيس جمهور سابق که حزب مردم پاکستان را رهبرى مى‌کرد) زندانى و يا تبعيد شدند.


رژى ژنرال ضياء سياست اسلامى کردن نهادهاى کشور را دنبال مى‌نمود. در دسامبر ۱۹۸۴ يک رفراندوم غير منتظره براى تأييد روند اسلامى شدن و به‌طور غير مستقيم تأييد حکومت ژنرال براى پنج سال آينده، برگزار شد. رفراندوم از طرف نهضت اعادهٔ دموکراسى تحريم شد. اما بر طبق اعلام رسمى حکومت ۹۸ درصد شرکت کنندگان در انتخابات از اين پيشنهاد حمايت نمودند، گرچه ادعاهاى زيادى در مورد غير قانونى بودن انتخابات وجود داشت.


در فوريه ۱۹۸۵ انتخابات عمومى براى تشکيل مجلس ملى و پس از آن به فاصله زمانى کوتاه انتخابات مجالس ايالتى برگزار شد. انتخابات غير حزبى بود اما نارضايتى گسترده نسبت به رژيم از طريق استعفاءِ چند وزير کابينه ضياء و حمايت کنندگان وى مشخص شد. در گروه بزرگ در مجلس ملى جديد به‌وسيله مسلم ليگ پاکستان ((Pakistan Muslim League (PML)(جانيشين مسلم ليگ) تشکيل شد که به عنوان گروه پاگارا (pagara Group) و اعضاى سابق حزب مردم پاکستان شناخته مى‌شدند. در اواخر مارس ژنرال ضياء محمد خان جونجو را که عضوى از مسلم ليگ پاکستان (گروه پاگارا) بود، نخست وزير کرد و کابينه تشکيل داد.


در اکتبر ۱۹۸۵ مجلس ملى تغييرات قانون اساسى را تصويب کرد (هشتمين اصلاحيه). اين اصلاحات که به‌وسيله ضياء پيشنهاد شده بود قدرت رئيس جمهور را افزايش مى‌داد. علاوه بر اين، اصلاحيه جديد که به صورت لايحه به مجلس ارائه شده بود تمامى دستورات و امريه‌هاى اوليهٔ حکومت نظامى و تمامى اقدامات هشت سالهٔ گذشته ضياءالحق را به صورت قانونى بخشيد و هرگونه پژوهش خواهى قانونى در مورد آن اقدامات را از ديو انعالي، ناممکن ساخت. در ۳۰ دسامبر ژنرال ضياءلغو حکومت نظامى را اعلام نمود و قانون اساسى را که در اکتبر اصلاح شده بود، اعاده نمود. دادگا‌ه‌هاى نظامى منحل شدند و افراد نظامى از مناصب غير نظامى بر کنار گرديدند. تنها ژنرال ضياء به عنوان رئيس جمهور و رئيس نيروهاى نظامى باقى ماند. جونجو سمت نخست وزير را در کابينه جديد نگه داشت. نهضت اعادهٔ دموکراسى همچنان به تقاضاى احياء قانون اساسى (غير اصلاح شده) ۱۹۷۳ ادامه داد.


در آوريل ۱۹۸۶ با تقويت اين نهضت، بى‌نظير بوتر از تبعيد بازگشت. وى به سراسر کشور سفر کرد، اجتماعات سياسى برگزار نمود و هزاران طرفدار جلب نمود. او خواهان کناره‌گيرى ژنرال ضياءالدين و برگزارى انتخابات آزاد با شرکت تمام احزاب سياسى بود. در مه بى‌نظير بوتر و مادرش نصرت بوتر به عنوان رؤساى حزب مردم پاکستان انتخاب شدند. بسيارى از مقامات ارشد اين حزب که از انتخاب شدن بى‌نظير بوتر ناراضى بودند در ماه اوت از بين حزب جدا شدند. آنان گروه مخالف ميانه روى به رهبرى وزير اعلاى ايالت سند، غلام مصطفى جاتويى تشکيل دادند که به حزب ملى مردم (National Peopel,s Party) موسوم گرديد.


در اوت دولت برنامه‌هاى نهضت اعاده دموکراسى را در هم ريخت و صدها تن از جمله بى‌نظير بوتر را توقيف نمود. اين توقيف خشم تظاهرات کنندگان ضد‌‌‌‌‌‌دولتى در در چندين شهر تحريک نمود.


در اواخر ۱۹۸۶ برخوردهاى خشونت‌آميز در کراچي، کويته و حيدرآباد به علت اختلافات بين گروه‌هاى قومى (بين پتان‌ها، که از ايالت سرحد شمال غربى و افغانستان هستند و مهاجرهاى اردو زبان که هنگام تجزيه شبه قاره در ۱۹۴۷ از هند مهاجرت کردند) به وقوع پيوست. برخوردهاى خشونت‌آميز شديدى در کراچى روى داد، ۱۷۰ نفر در دسامبر در درگيرى کشته شدند. خشونت قومى در پاکستان در نتيجه انتخابات محلى که در نوامبر ۱۹۷۸ در سراسر پاکستان برگزار شد، افزايش يافت. حزب مهاجرها نهضت قومى مهاجر ((Muhajir Qaumi Movement (MQM ) اکثريت کرسى‌ها را در ايالت کراچى به‌دست اورد و در ديگر مناطق ايالت سند نيز موفق گرديد. دولت از مسلم ليگ پاکستان حمايت مى‌کرد که پيروزى بيشترى را کسب کرد، در حالى‌که حزب مردم پاکستان کمتر از ۲۰ درصد کل کرسى‌ها را به‌خود اختصاص داد.


در مه ۱۹۸۸ براساس قدرت واگذار شده به رئيس جمهور بر طبق هشتمين اصلاحيه، ژنرال ضياء نخست وزير جونجو و کابينهٔ وى را برکنار و مجلس ملى و مجالس ايالتى ار منحل نمود. اختلافات ميان رئيس جمهور و نخست وزير جونجو از چندين ماه پيش آغاز شده بود، زيرا جونجو موفق نشده بود شورش‌هاى ميان قبيله‌اى در کراچى و سراسر ايالت سند ار کنترل کند.


به‌علاوه جونجو در ماه فوريه ميزگردى به منظور بحث و گفتگو پيرامون مسئله افغانستان با شرکت احزاب مخالف تشکيل داد. برپايى اين اجلاس موجب شد که ضياءالحق در آن رسميت شناختن ضمنى نخست وزير خود را از سوى احزاب مخالف وى احساس کند. ضياء در رأس يک دولت موقت تا انتخابات عمومى آينده قرار داشت. در ژوئيه ضياء اعلام کرد که انتخابات مجلس ملى و مجالس ايالتى در نوامبر برگزار خواهد شد. در ۵ اوت ۱۹۸۸ علامه سيد عارف حسين حسينى رهبر شيعيان پاکستان و نهضت اجراى فقه جعفرى به شهادت رسيد. شيعيان پاکستان تظاهرات گسترده‌اى در شهر کراچى به‌راه انداختند و وزير کشور پاکستان با صدور بيانيه‌اى ضمن محکوم کردن اين اقدام اعلام کرد که يک قدرت خارجى در اين کار دست داشته است. ضياءالحق نيز طى يک نطق اين اقدام را توطئه دشمنان اسلام و پاکستان خواند.


در ۱۷ اوت ۱۹۸۸، ضياءالحق در اثر انفجار يک فروند هواپيماى سي- ۱۳۰ در شرق پاکستان کشته شد. برخى اين انفجار را به‌طور غير رسمى به هند و شوروى و پاره‌اى آن را به آمريکا نسبت دادند. رئيس سنا، غلام اسحاق خان به‌جاى رئيس جمهور منصوب شد و يک شوراى ملى موقت که متشکل از مقامات نظامى عالى‌رتبه، فرماندهان کل چهار ايالت و چهار سر وزير بود، معين شد و تا اداره دولت را به عهده بگيرد. غلام اسحاق خان فارغ‌التحصيل رشته حقوق و اقتصاد از دانشگاه پيشاور است. او عهده‌دار پست‌هاى وزارت دفاع، دارايى و رياست بانک پاکستان بود.