در دسامبر ۱۹۷۰ اولين انتخابات عمومى کشور براى تشکيل مجلس ملى برگزار گرديد حزب عوامى (Awami League) که به‌وسيله شيخ مجيب الرحمان رهبرى مى‌شد و مدافع خود مختارى پاکستان شرقى بود، تقريباً کرسى‌هاى مجلس را در پاکستان شرقى به‌دست آورد (بنابراين اکثريت مطلق را در مجلس ملى کسب نمود)، در حالى‌که حزب مردم پاکستان (Pakistan People,s Party) که به‌وسيله ذوالفقار على بوتر رهبرى مى‌شد اکثريت کرسى‌هاى مجلس را در غرب پاکستان به‌دست آورد. مجيب الرحمان خواهان خود مختارى جناح شرقى بود و يحيى و بوتر به اين خواسته اعتراض داشتند. در پى اين ماجرا شيخ مجيب اعلام اعتصاب کرد و حزب عوامى اقدام به در دست گرفتن حکومت پاکستان شرقى نمود. يحيى خان براى مذاکره با مجيب الرحمان به داکا رفت. ولى مجيب الرحمان از خواسته‌هاى خود کوتاه نيامد. يحيى خان پس از صدور فرمان زندانى کردن مجيب و بسيارى از هواخواهان وى با هواپيما از پاکستان شرقى خارج شد. مجيب به پاکستان غربى برده شد. روز بعد، پاکستان شرقى خود را کشورى مستقل به نام بنگلادش اعلام کرد.


جنگ داخلى به سرعت آغاز شد و سربازان پاکستانى با نيروهاى غير قانونى بنگالى درگير شدند، هزاران نفر کشته شدند. جنگ داخلى در تابستان و پائيز با نيروهاى چريکى بنگالي، که با ارتش عظيم اعزام شده از پاکستان مى‌جنگيدند، ادامه يافت. مجيب در پاکستان غربى زندانى بود. حدود ده ميليون آواره از جناح شرقى به هند گريختند. هند جانب دولت بنگلادش را گرفته بود، در نتيجه جنگ مرزى ميان سربازان هندى و پاکستانى ابعاد گسترده‌اى يافت. در دسامبر ۱۹۷۱ ارتش هند رسماً در حمايت از نيروهاى بنگالى درگيرى دخالت نمود. هند با دارا بودن نيروهاى بيشتر و بهتر، به سرعت در پاکستان شرقى پيشروى کرد، در کشمير و در امتداد مرز پاکستان غربى و هند نيز درگيرى نظامى رخ داد. بوتر که وزير خارجه بود براى دفاع از پاکستان به سازمان ملل رفت. در شوراى ملل متحد، آمريکا و چين از پاکستان و اتحاد شوروى از هند حمايت کردند. رأى و توى شوراى امنيت از توقف جنگ از سوى سازمان ملل جلوگيرى کرد. ارتش پاکستان مجبور به عقب نشينى شد و کشور بنگلادش تأسيس گرديد.


بيش از يک ميليون نفر در جنگل‌هاى داخلى جان خود را از دست دادند. هند اکثر ارتشيان پاکستان غربى را دستگير و زندانى نمود. به نيمه غربى منحصر و يحيى خان که مسئول شکست از هند شناخته شد، استعفاء نمود. حکومت نظامى خاتمه يافت و بوتر رئيس جمهور جديد شد. شيخ مجيب الرحمان از زندان آزاد شد و به بنگلادش رفت.


ذوالفقار على فرزند شهنواز خان بوتر از زمين داران پاکستان بود که تحصيلات خود را در رشتهٔ حقوق سياسى در دانشگاه‌هاى پاکستان و کاليفرنيا به پايان رسانيد. بوتر با مشکلات فراوانى روبه‌رو بود. اقتصاد پاکستان ور شکست شده و خزانهٔ دولت خالى بود، نيمى از کشور از دست رفته بود. در مدت کوتاهى دولت ادارهٔ سى و دو کارخانهٔ اصلى را در دست گرفت. اين مبارزه‌اى با حکومت ثروتمندان پاکستان بود. قوانين جديد کار منافع کارگران را افزايش داد. اصلاحات ارضى نيز صورت گرفت و ۴ ميليون جريب زمين به کشاورزان اجاره‌دار واگذار گرديد. بوتر به رسم قديمى پرداخت موروثى خزاين شاهي خاتمه داد. اين اقدامات بوتر سبب شد ارزش روپيه که بيش از ۵۰ درصد يافته بود دوباره افزايش يابد. در نتيجه به درآمدهاى صادراتى پاکستان افزوده شد.


در اثر جنگ حداقل نيم ميليون نفر در مرزهاى پاکستان غربى بى‌خاتمه و آواره شده بودند. بيمارى‌ها که در پاکستان شرقى عليه بنگالى‌ها جنگيده بودند از بنگلادش فرار کرده و راه مهاجرت به پاکستان را در پيش گرفتند. يک چهارم نيروى نظامى پاکستان در گروگان هند بود تا اين‌که در اوت ۱۹۷۳ موافقت‌نامه‌اى براى آزادى آنان به امضاء رسيد. از بيم جنبش‌هاى جدائى طلبانه در ايالت ديگر پاکستان دولت‌هاى پارلمانى ايالتى روى کار آمدند. شورش‌هايى در ايالت‌هاى مختلف بروز کرد و تنى چند از رهبران آنها دستگير شدند.


در پوئيه ۱۹۷۷ نيروهاى نظامى در بحران دخالت نمودند: بوتر طى يک کودتاى نظامى خونين عزل شد و حکومت نظامى برقرار گرديد. ژنرال محمد ضياء الحق فرماندهٔ نيروى زميني، حکومت نظامى را اداره مى‌کرد. چودرى به عنوان رئيس جمهور و رئيس دولت در قدرت باقى ماند. بوتر به تحريک کشتن مخالفان حزب مردم پاکستان متهم شد. وى زندانى شد ولى پس از مدت کوتاهى آزاد شد. با ادامه فعاليت سياسى مجدداً دستگير و به اتهام صدور دستور قتل يکى از مخالفان سياسى در مارس ۱۹۷۸ محکوم به مرگ شد و در آوريل ۱۹۷۹ پس از شکست تقاضاى استيناف در دادگاه عالى اعدام شد.