در سپتامبر ۱۹۹۴ محمد نواز شريف يک اعتصاب عمومى در سطح ملى را در مقابل دستگيرى صدها نفر از طرفداران مسلم ليگ از طرف دولت، سازمان داد. روابط بين نخست وزير و رهبر مخالفان وخيم‌تر شد؛ زيرا پدر نواز شريف، مؤسس گروه صنايع اتفاق به اتهام فريب و طفره از ماليات دادن دستگير شد. (او بعدها آزاد شد). در همان ماه دولت با يک‌سرى شورش‌هاى مسلحانه قبايل مناطق کوهستانى ملاکنه و سوات که خواهان اجراءِ قانون شريعت بودند، مواجه گرديد. بعد از کشته شدن صدها نفر از مردم، شورش به‌وسيله نيروهاى شبه نظامى سرکوب شد و قوانين شريعت در مناطق قبائلى به اجراء در آمد.


تا پايان سال ۱۹۹۴ پليس و نيروهاى شبه نظامى آشکارا کنترل کراچى را در اثر افزايش سريع خشونت‌هاى نژادى از دست داده بودند. تنها در دسامبر به‌دنبال خاتمه ”عمليات پاکسازى Operation Clean-up)“ ۲۹ ) هه و خروج ارتش در ماه قبل، حدود ۱۷۰ نفر از مردم کشته شدند. در اوايل دسامبر ۱۹۹۴ حزب جمعيت علماى اسلامى پاکستان به رهبرى مولانا فضل‌الرحمن به دو شاخه تقسيم شد و يک شاخه به رهبرى مولانا اجمل خان تشکيل گرديد که از ائتلاف حزب حاکم جدا شد. به‌دنبال خروج ارتش از کراچى ناآرامى‌ها مجدداً در اين شهر اوج گرفت و دولت وارد مذاکره با ”نهضت قومى مهاجر“ گرديد. دولت اين تشکيلات را عامل اصلى ناآرامى‌ها مى‌داند.


ناآرامى‌ها در کراچى تا سال ۱۹۹۵ ادامه داشت. در ژوئن بوتر خواستار انحلال دولت و مجلس ايالتى سند به‌علت ناتوانى در کنترل اوضاع کراچى شد. روزنامه‌ها اعلام کردند به علت ناآرامى‌هاى اخير در کراچى حداقل ۵/۳ ميليارد روپيه خسارت وارد آمده است. دولت اعلام کرد پس از پايان ماه محرم عمليات گسترده‌اى عليه عاملان حوادث کراچى آغاز مى‌شود.


لغارى رئيس جمهورى پاکستان در ۲۰ ژوئن ۱۹۹۵ براى مذاکره با گروه‌هاى سياسى فعال در کراچى و به منظور پايان دادن به ناآرامى‌ها به کراچى رفت. از طرف ديگر ناآرامى‌ها در ايالت سرحد پاکستان در اعتراض به عدم اجراء قوانين اسلامى از طرف ”نهضت اجراءِ شريعت“ اوج گرفت.


در اواخر ژوئن انتشار شش روزنامه در کراچى به‌دليل درج اخبار هيجان آور در مورد اوضاع کراچى ممنوع شد. دولت پاکستان در ژوئيه در تلاش براى کاهش خشونت در شهر کراچى فعاليت سه شبکه تلفن همراه و سه سرويس تلفنى را به حال تعليق در آورد. مرتضى بوتر در اشاره به اوضاع بحرانى کراچى گفت: اگر بحران در اين شهر پايان نيابد، امنيت کل کشور مورد تهديد قرار گرفت. مقام‌هاى صندوق بين‌المللى پول و بانک جهانى به پاکستان هشدار دادند در صورت ادامه بحران سياسى در کشور ناآرامى‌ها در کراچى تمامى طرح‌هاى خود را در پاکستان لغو کرد. در اعتراض به ممنوعيت انتشار شش روزنامه مطبوعات پاکستان يک روز اعتصاب کردند. دولت تحت فشار مطبوعات تصميم خود را در مورد عدم انتشار شش روزنامه لغو کرد.