در ۶ نوامبر ۱۹۹۰ محمد نواز شريف رهبر اتحاد دمکراتيک اسلامى به عنوان نخست وزير جديد انتخاب شد و يک کابينه و يک کابينه جديد را روى کار آورد. در اين کابينه چند وزير بودند که در دوران ضياءالحق نيز خدمت مى‌کردند. نواز شريف قول داد که دولتى را در سند روى کار آورد که صلح را به آن ايالت که خشونت‌هاى قومى و بى‌قانونى در آن رواج داشت، باز گرداند. در ژانويه ۱۹۹۱ اتحاد دمکراتيک اسلامى ۱۹ کرسى از ۲۵ کرسى در مجالس ملى و ايالتى را به‌دست آورد و در مارس با کسب ۴۲ کرسى در سنا اکثريت قاطع را کسب نمود.


در اوايل ۱۹۹۱ تصميم پاکستان براى اعزام يازده هزار سرباز در حمايت از نيروهاى سازمان ملل، (نيروهاى چند مليتى که از طرف آمريکا رهبرى مى‌شدند و در عربستان سعودى مستقر بودند) در مقابل تهاجم عراق به کويت در اوت ۱۹۹۰، اعتراض‌هاى ضد آمريکائى و طرفدار عراق در سراسر پاکستان را بر انگيخت. معترضان اقدامات خود را بعد از حمله نظامى چند مليتى براى خروج از کويت تشديد کردند و در مارس وزير امور خارجه صاحب زاده يعقوب خان که مدت طولانى در اين سمت قرار داشت (و از طرفداران و مدافعان روابط با غرب بود) مجبور به استعفاء شد.


در مه ۱۹۹۱ مجلس ملى قانون شريعت را پذيرفت و از اين طريق قوانين اسلامى در سيستم قانون پاکستان راه يافت. همچنين مجلس قوانينى را براى آماده نمودن اسلامى کردن سيستم قضايي، اقتصادى و آموزشى پذيرفت. بى‌نظير بوتر به اين قانون به عنوان اينکه افراطى و بنيادگراست اعتراض نمود، در حالى‌که جناح راست، جمعيت علماى اسلامى اعلام نمود که قوانين جديد به اندازه کافى اسلام را مورد ملاحظه قرار نداده است.


در نيمه دوم سال ۱۹۹۱ دولت به‌وسيله مخالفان به کلاهبردارى و فساد مالى متهم شد. اين امر به‌دنبال اضمحلال حدود ۵۰ مؤسسه بانکى مشترک کوچک در پنجاب اتفاق افتاد. بعضى از اين مؤسسات به‌طور خصوصى و برخى به‌وسيله مقامات دولتى اداره مى‌شدند. دولت شريف همچنين به‌دليل ادامهٔ ناآرامى‌هاى قومى در دو ايالت بلوچستان و سند مورد انتقاد قرار گرفت. مقابله آشکار بين اتحاد دمکراتيک اسلامى و حزب مردم پاکستان بدتر شد و در نوامبر صدها نفر از حاميان بى‌نظير بوتر در ايالت سند دستگير شدند. سروزير سند مدعى بود که آنها اعضاى گروه تروريستى الذالفقار (جناح نظامى منتسب به حزب مردم پاکستان) را نگه‌داشته بودند.


علاوه بر ادامه مخالفت حزب مردم با دولت، نخست وزير با دشمنى و مخالفت بعضى از احزاب اتحاد دمکراتيک اسلامى نيز مواجه شد. در مارس ۱۹۹۲ حزب ملى مردم ((ational People,s Party (NPP) از اتحاد دمکراتيک اسلامى خارج شد.


حوادث افغانستان در آوريل اثر مهمى بر وضعيت سياسى در پاکستان داشت. در اوايل مه بنيادگرايان جماعت اسلامى پاکستان در اعتراض به تصميم دولت در حمايت از دولت جديد ميانه روهاى مجاهدين در کابل، از اتحاد دمکراتيک اسلامى کناره‌گيرى کردند. جماعت اسلامى پاکستان دولت را به قطع حمايت از گلبدين حکمتيار رهبر افراطى جنگ داخلى افغانستان و شکست برنامه اسلامى کردن کامل پاکستان متهم نمود.


در پاسخ به ادامهٔ خشونت‌ها در سند، دولت عمليات پاکسازى را در مه ۱۹۹۲ انجام داد، در اين عمليات ارتش مجرمين و تروريست‌ها را دستگير نمود و تسليحات آنها را ضبط کرد.


برخورد خشونت آميز بين دو جناح نهضت قومى مهاجر (جناح اکثريت به رهبرى الطاف و جناح کوچکتر به رهبرى حقيقي) در کراچي، در ژوئن نيروهاى ارتش را آماده کرد، تا فرصتى براى توقيف عوامل افراطى در نهضت قومى مهاجر بيابند. بيش از ۵۰۰ نفر دستگير شدند.


رهبر نهضت قومى (الطاف)، حسين، دولت را به کوشش براى خرد کردن نهضت قومى مهاجر از طريق عمليات پاکسازى متهم کرد. در اعتراض، ۱۲ نفر از ۱۵ عضو نهضت قومى مهاجر در مجلس ملى و ۲۴ نفر از ۲۷ عضو در مجلس سند استعفاء کردند. گرچه دولت مکرراً اطمينان مى‌داد که عمليات بر عليه جنايات بوده و نه بر عليه نهضت قومى مهاجر. از طرف ديگر بى‌نظير بوتر که نهضت قومى مهاجر را يک سازمان تروريستى مى‌ناميد، از اين موقعيت بهره‌بردارى مى‌کرد تا دولت نواز شريف را محکوم کند و خواستار استعفاءِ وى بود (وى ادعا مى‌کرد در نتيجه انتخابات عمومى ۱۹۹۰ طريق اتحاد دمکراتيک اسلامى تقلب شده است.)


در نيمه نوامبر ۱۹۹۲ اتحاد دمکراتيک مردم آشفتگى سياسى مبارزات انتخاباتى را تشديد نمود، اکنون به‌وسيله اکثريت طرفداران مخالفان که تشکيل جديد ” اتحاد دموکراتيک ملي“ ((National Democratic Alliance (NDA) (شامل حزب ملى مردم) را به‌وجود آورده بودند، حمايت مى‌شد. تظاهرات و راهپيمائى‌ها در سطح وسيع به‌وسيله بى‌نظير بوتر سازمان داده مى‌شد، گرچه به‌وسيله دولت از طريق دستگيرى عمومي، بستن جاده‌ها و برقرارى يک ممنوعيت دو ماهه در مورد اجلاس‌هاى عمومى در اسلام آباد و راولپندى و محدود نمودن مسافرت نخست‌وزير سابق جلوگيرى شد. تا نيمه دسامبر تنش بين دولت و مخالفان به‌طور قابل توجهى تخفيف يافت و در ژانويه ۱۹۹۳ در يک حرکت مسالمت آميز آشکار از طرف دولت شريف بوتر به عنوان رئيس کميته امور خارجى مجلس ملى انتخاب شد. مدت کوتاهى پس از اين‌که بى‌نظير بوتر اين انتخابات را قبول کرد، همسرش به قيد کفيل آزاد گرديد.


در مارس ۱۹۹۳ اختلاف بين نخست وزير و رئيس تشديد شد، هنگامى‌که دولت پيشنهاد تعديل اصلاحيه هشتم قانون اساسى را مطرح ساخت. اين اصلاحيه به رئيس جمهور قدرت مى‌داد تا دولت را بر کنار نمايد و مجالس را منحل کند و رؤساى ارتش و قضائى را منصوب نمايد. در اواخر مارس سه وزير کابينه در اعترض به نامزدى شريف به عنوان رئيس مسلم ليگ (گروه جونجو) و جانشين محمد خان جونجو (که اوايل اين ماه مرده بود) استعفاء نمودند و از غلام اسحاق خان در مبارزه سياسى‌اش با نخست وزير حمايت کردند. در اوايل آوريل در يک کوشش نهائى ظاهرى و مسالمت آميز کابينه به اتفاق آراء تصميم گرفت غلام اسحاق را به عنوان نامزد انتخابات رياست جمهورى آينده معرفى نمايد. تا نيمه آوريل، هشت وزير از کابينه در اعتراض به ادامه دوره تصدى نخست وزيرى شريف استعفاء دادند.