با تجزيه امپراتورى هند سابق بريتانياى کبير به‌دو دولت مستقل هند و پاکستان و در پاسخ به تقاضاى جمعيت مسلمانان شبه قاره براى تشکيل يک دولت اسلامي، کشور پاکستان در اوت ۱۹۴۷ تأسيس شد. پاکستان از دو بخش پاکستان شرقى و غربى تشکيل شده بود که حدود ۱۶۰۰ کيلومتر (۱۰۰۰ مايل) از يکديگر فاصله داشتند، سرزمين هند در ميان اين دو بخش قرار داشت و اتحاد آنها تنها با مذهب مشترک بود. کشمير به عنوان سرزمينى که بر سر حاکميت و مالکيت آن ميان هند و پاکستان اختلاف بود، باقى ماند. گرچه اکثريت جمعيت در بخش کوچکتر، پاکستان شرقي، زندگى مى‌کردند نيروهاى انتظامى و سياسى در غرب متمرکز شده بودند، زيرا در غرب مسلم ليگ بر نهضت سياسى تسلط داشت.


رهبر مسلم ليگ، محمد على جناح، رهبر مردمى که به عنوان قائد اعظم (رهبر بزرگ) مشهور بود اولين فرمانده کل پاکستان شد. لياقت على خان نيز در اوت ۱۹۴۷ اولين نخست وزير پاکستان شد. قائد اعظم در ۱۹۴۸ فوت کرد. خواجه ناظم الدين بعد از مرگ محمد على جناح به عنوان فرماندار کل پاکستان منصوب شد.


پاکستان از همان آغاز تأسيس با مشکلاتى مواجه بود که بخشى از آنها ميراث استعمار انگليس و برخى ناشى از مخاصمات با هند بود. ادارات دولتى انباشته از هندوها بود. بخشى از ارتش شبه قاره که به پاکستان تعلق يافت بايد بازسازى مى‌شد.


سيل مهاجرت‌هاى بزرگ از سراسر هند به سوى اين کشور و برخوردهاى نظامى بر سر جامو و کشمير با هند بر مشکلات مى‌افزود. از نظر اقتصادى تنها ثروت بازماندهٔ کشور کشاورزى بود. (کنف در شرق، پنبه در غرب) وضع اقتصاد نابسامان با قطع ورود مواد خام از طريق مرزهاى هند بحرانى شد. مهاجرت عظيم مسلمانان به پاکستان با قتل عام‌هاى گسترده‌ٔ آنان توسط هندوها در پنجاب شرقى و دهلى همره گرديده بود. يکى ديگر از مشکلات پاکستان تعيين حدود پاکستان جريان مى‌يابند، بود. جامو و کشمير بين هند و پاکستان تقسيم شد ولى از آن پس مسئله کشمير تمامى روابط هند و پاکستان را تحت تأثير قرار داده است.


لياقت على خان که پس از جناح به قدرت رسيد در ۱۹۵۱ در راولپندى هنگام ايراد سخنراني، توسط يکى از مسلمانان افغانى جبههٔ مخالفت به قتل رسيد. پس از مرگ وى خواجه ناظم‌الدين ضمن حفظ سمت فرماندارى کل نخست وزيرى را نيز به‌عهده گرفت. در مارس ۱۹۵۳ بر اثر ايجاد اغتشاشات و شورش‌ها در پاکستان شرقى و همچنين وجود اختلافات با هند بر سر موضوع کشمير خواجه ناظم الدين استعفاء کرد و غلام محمد به فرماندارى کل پاکستان انتخاب گرديد. در آوريل ۱۹۵۳ محمد على بغرا به نخست وزيرى رسيد. از قبل از تصدى سمت سفير پاکستان در آمريکا را داشت.


در اکتبر ۱۹۵۵ غلام محمد به علت بيمارى استعفاء کرد. ژنرال اسکندر ميرزا به عنوان فرماندار کل و محمد على چودرى به عنوان نخست وزير انتخاب شدند.


وى همسرى ايرانى داشت که دختر امير تيمور کلالى ديپلمات ايرانى بود. وى در اوايل حکومت خود به اتفاق دکتر خان صاحب حزب جمهورى‌خواه را در برابر مسلم ليگ ايجاد نمود. از اقدامات محمد على چودرى تهيه قانون اساسى جديد پاکستان بود.


اين کشور در ۲۳ مارس ۱۹۵۶ زمانى که پاکستان اولين قانون اساسى خود را اعلام نمود، يک جمهورى شد. در همان زمان ژنرال اسکندر ميرزا اولين رئيس جمهور پاکستان گرديد. تمايلات جدايى طلبانه ميان فرقه‌ها و گروه‌هاى مختلف که از قبل آغاز شده بود، ادامه يافت. سندى‌ها، پنجابى‌ها و ديگر گروه‌هاى زبانى در غرب پاکستان شروع به تبليغ حکومت‌هاى منطقه‌اى خود کردند. در ۱۲ سپتامبر ۱۹۵۶ حسين شاهد سهروردى رهبر حزب عواملى ليگ به نخست وزيرى رسيد. اکتبر ۱۹۵۷ اسماعيل چوندريگر نخست وزير شد.


در ۱۹۵۸ در شرق پاکستان مجلس ايالتى به رئيس مجلس اهانت کردند. کشور دستخوش آشفتگى بيشتر شد. نارضايتى در ميان مردم رو به فزونى نهاد. فيلد مارشال ايوب خان که از مدت‌ها قبل در کابينه‌هاى قبلى وزير دفاع بود و در اين زمان عنوان رياست ستاد ارتش را داشت در اکتبر ۱۹۵۸ به فرمان اسکندر ميرزا به فرماندارى کل نظامى پاکستان منصوب گرديد و ضمناً وظايف نخست‌وزير را نيز داشت. محمدايوب‌خان فارغ التحصيل آکادمى نظامى سند هورست انگلستان بود. فرماندهٔ کل نظامى متقاعد ساخت. اسکندر ميرزا قانون اساسى ار نقض کرد، دولت‌هاى فدرال و ايالتى را منحل نمود و فعاليت کليه احزاب سياسى را ممنوع کرد. در اواخر اکتبر ژنرال محمد ايوب خان که ‌به‌ وسيله اسکندر ميرزا منصوب شده بود و حکومت نظامى را اداره مى‌کرد، اسکندر ميرزا از قدرت بر کنار نمود و خودش رئيس جمهور شد.


در رژيم ايوب، حدود دو ميليون جريب زمين ميان کشاورزان اجاره‌دار توزيع شد، اما اين برنامه چندان پيش نرفت، توليد دو برابر شد و محصولات کشاورزى ظرف چند سال چهارم درصد در سال افزايش يافت. در زمينه سياسى ايوب نظام نوين حکومت نمايندگان به نام دموکراسى‌هاى پايه‌اي را به مرحله اجراء گذاشت. منظور طرح ايوب اين بود که هر شهروند را در حکومت نمايندگان مشارکت بدهد. مشکل طرح مزبور اين بود که تصميمات به‌جاى اينکه از پايين به بالا گرفته شود معمولاً از بالا به پايين مى‌رسيد. در ۱۹۶۲ ممنوعيت فعاليت سازمان‌هاى سياسى را از ميان برداشت. ايوب خان قانون اساسى جديدى را وضع نمود. در ۱۹۶۳ انتخابات رياست جمهورى جديد برگزار شد. رقيب اصلى او در اين انتخابات خانم فاطمه جناح خواهر بنيان‌گذار پاکستان بود. با به‌وجود پيروزى ايوب در انتخابات وى ۳۶ درصد آراء را به‌خود اختصاص داد. تنش ميان هند و پاکستان شدت گرفت و در اوت ۱۹۶۵ جنگ ميان دو کشور در گرفت. پس از مدت کوتاهى جنگ با شکست و خسارات زياد پاکستان خاتمه يافت. ظاهراً در طول دهه ترقي ايوب اقتصاد به رشد خود ادامه داد، اما ثروت هرچه بيشتر در دست شمارى اندک تمرکز مى‌يافت. گفته مى‌شد بيست و دو خانواده حيات اقتصادى و سياسى را در دست داشتند.


محمد ايوب خان در سال ۱۹۶۸ دهمين سالگرد به قدرت رسيدن خود را جشن گرفت. اين اقدام سبب علنى شدن مخالفت‌ها با وى شد ناآرامى و شورش‌ها در سطح وسيعى آٰغاز گرديد. ايوب خان پى در پى در مقابل خواست مردم و احزاب سياسى عقب مى‌نشست. در فوريه ۱۹۶۹ با رهبران سياسى کنفرانسى تشکيل داد ولى مذاکرات سودى نداشت. در نتيجه در مارس ۱۹۶۹ به‌دنبال آشوب‌هاى گسترده مجبور به استعفاء شد. ژنرال آقا محمد يحيى خان، فرمانده کل ارتش، جانشين وى شد و مجدداً حکومت نظامى برقرار گرديد. يحيى خان گرچه ديکتاتورى نظامى را دوباره تحميل کرد، هدف خود را برگزارى انتخابات سال آينده اعلام نمود. اما پيش از آنکه انتخابات ملى پاکستان بتواند برگزار شود، طوفانى شديد پاکستان را در هم کوبيد و حدود ۲۰۰ هزار نفر کشته و يک ميليون تن بى‌خانمان شدند. عمليات کند امداد رسانى به پاکستان شرقي، حس بيگانگى پاکستانى‌هاى ساکن بخش شرقى را نسبت به رژيم نظامى در اسلام آباد دو چندان کرد.