در ۱۲ اکتبر ۱۹۹۹ نواز شريف برکنارى رئيس ستاد ارتش و رئيس کميته ستاد رؤساى مشترک ژنرال پرويز که از سفر رسمى به سريکانکا به کشور باز مى‌گشت را اعلام کرد و چند ساعت بعد يک کودتاى نظامى بدون خونريزى در اسلام آباد انجام شد.


نواز شريف و دولتش سرنگون شدند و نخست وزير ابتدا به مدت يک ماه در خانه‌اش تحت نظر قرار گرفت و سپس بازداشت و روانه زندان شد. در ۱۵ اکتبر ژنرال سمت رئيس اجرائى را به عهده گرفت و سپس بازداشت و روانه زندان شد. در ۱۵ اکتبر ژنرال مشرف سمت رئيس اجرائى را به عهده گرفت، حکومت نظامى اعلام کرد و تشکيل مجلس ملي، سنا و مجلس ايالتى چهارگانه و کليه مقامات سياسى را به استثناءِ رئيس جمهور و قوه قضائيه به حالت تعليق درآورد. در ۱۸ اکتبر گروه اقدام وزراى جامعه مشترک المنافع کودتا را محکوم کرد و خواستار چارچوب زمانى براى اعاده دمکراسى شد، شرکت پاکستان در اجلاس جامعه مشترک المنافع با اقدام فورى به حالت تعليق درآمد. در اجلاس نوامبر سران دولت‌‌هاى مشترک المنافع که درخواست تجديد نظر در مورد پاکستان مطرح شد يک مهلت دو ساله براى اعاده دولت دمکراتيک تعيين شد. در ۲۲ اکتبر ژنرال مشرف چهار فرماندار ايالتى جديد منصوب کرد و در ۲۵ اکتبر سه عضو کابينه‌ و اعضاءِ شوراى امنيت ملى تعيين شدند. شوراى امنيت ملى سازمان اجرائى عالى کشور شد. اين شورا در ابتدا از ژنرال مشرف، دو رئيس ديگر نيروهاى مسلح، چهار کارشناس غير نظامى حقوقي، مالي، ملى و امور خارجى تشکيل شده بود. کابينه در ۴ نوامبر با ورود تکنوکرات‌هاى با تجربه توسعه يافت.


پس از تصرف قدرت ژنرال سعى کرد به افکار عمومى بين‌المللى نشان دهد که رهبرى ليبرال و ميانه رو است. اين حقيقت که اکثريت مردم پاکستان حمايت خودشان را از کودتاى نظامى آشکار کردند به وى کمک مى‌نمود. از نظر افکار عمومى ارتش پايه‌ محلى نداشت و بهتر از نخبگان زمين‌دار در برگيرنده همه سطوح جامعه بود. در واقع تظاهرات مردمى وسيعى در حمايت از عزل نواز شريف داده نشد. گرچه از تعليق عضويت پاکستان در جامعه مشترک المنافع اظهار تأسف شد اما رژيم نظامى بيشتر نگران عکس‌العمل آمريکا و سازمان‌هاى مالى بين‌المللى نظير صندوق بين‌المللى پول و بانک جهانى نسبت به کودتا بود. دولت آمريکا در ابتداى روابط با دولت جديد پاکستان محتاط اما مسالمت آميز بود.


در اولين پيام به ملت ژنرال به ملت مشرف قول داد که حکومت غير نظامى اعاده مى‌شود و سلسله اقدامات گسترده‌اى براى مبارزه با فساد پرداخت قروض، طفره رفتن از ماليات بى‌ثباتى منطقه‌اى و افراط گرائى مذهبى را اعلام کرد. او همچنين اظهار داشت که اميدوار است روابط مسالمت آميز در آينده با آمريکا و جمهورى خلق چين حفظ شده و افزايش يابد. اولويت اصلى مسالمت آميز در آينده با آمريکا و جمهورى خلق چين حفظ شده و افزايش يابد. اولويت اصلى رژيم جديد احياى اقتصاد ورشکسته بود. چند روز بعد به‌دنبال تصميم صندوق بين‌المللى پول براى تعويق وام‌هاى پاکستان بحران اقتصادى افزايش يافت.


در نوامبر ۱۹۹۹ نواز شريف و شش مقام ارشد ديگر از جمله محمد شهباز شريف برادر نواز شريف و سروزير سابق پنجاب به توطئه جنائي، هواپيما ربائي، بچه‌دزدى و کوشش براى قتل، فساد و عدم پرداخت قروض‌ بانک‌ها متهم شدند. با دستگيرى بيش از ۳۰ مقام عالى‌رتبه از جمله دو عضو سابق کابينه، در اواخر ماه اتهامات فساد گسترده‌تر شد و ويژه به‌وسيله بانک‌هاى دولتى که مى‌خواستند ورشکستگى خودشان را بپوشانند. علاوه براين رژيم جديد اعلام کرد بى‌نظير بوتر فرارى و متخلف است.


در همين زمان يک قانون جديد داشت که سياست‌مداران اگر متهم به فساد يا متخلف از دادن قروض باشند به مدت ۲۱ سال از داشتن مقام منع مى‌شوند. اين قانون همچنين به دادگاه‌هاى ويژه اجازه مى‌داد تا ظرف ۳۰ روز محاکمه را انجام دهند و به دفتر حسابرسى ملى تازه گرفته قدرت رسيدگى داد. در نيمه نوامبر در پاسخ آشکار به تهديد نظامى نخست وزير عزل شده، حزب مسلم ليگ نواز شريف دادخواهى به ديوان عالى ارائه داد که خواهان روى کار آمدن مجدد منتخب و آزادى نواز شريف از بازداشت بود. هفته بعد حاميان نواز شريف مسئوليت يک بمب گذارى در لاهور که پنج نفر در آن کشته شدند را به عهده گرفتند.


در اواخر نوامبر ۱۹۹۹ براى عدم تمرکز قدرت رياست عملکرد اجرائي، مقامات نظامى را مأمور کرد که قدرت اجرائى و مالى را به شوراى مناطق شمالى بدهند، بنابراين آن را به سطح دولت‌هاى ايالتى ديگر درآوردند. در اوايل ماه يک حقوقدان برجسته و عالم مذهبى دکتر محمود احمد قاضى به عنوان يک عضو جديد شوراى امنيت ملى سوگند خورد. در اوايل دسامبر دکتر محمد يعقوب فرماندار سابق بانک دولتى از شوراى امنيت ملى به دلايل نامشخص استعفاء کرد و اين امر موجب عقب نشينى دولت نظامى شد.


در مارس اقبال يکى از حقوقدانان نظامى ارشد به وسيله مردان مسلح در کراچى کشته شد. حاميان نخست وزير سابق اين کشتار را يک عمل تروريستى دانسته و کشتار در حکومت نظامى را سرزنش کردند. در اوايل آوريل نواز شريف به اتهام تروريسم و هواپيماربائى محاکمه شد. در ششم آوريل دادگاه کراچى وى را به دوبار حبس ابد محکوم کرد. براساس اين حکم نوازشريف بايد ۵۰ سال را در زندان مى‌گذراند. وى همچنين به دو ميليون روپيه جريمه و مصادره کليه محکوم شد. همچنين وى سلب صلاحيت سياسى نيز شد و از انتصاب و اشتغال به هرگونه سمت دولتى محروم گرديد. نوازشريف در ۲۲ ژوئيه نيز در يک پرونده مربوط به فساد مالى و پنهان کردن دارائى‌هاى خود در ارتباط با خريد يک فروند بال‌گرد به ۱۴ سال زندان و ۲۱ سال سلب صلاحيت سياسى و پرداخت ۲۰ ميليون روپيه جريمه محکوم شد.