صاحب‌زاده يعقوب‌خان وزير خارجه پاکستان در نيمه ژانويه ۱۹۹۷ به ايران آمد و در مذاکره با دکتر ولايتى وزير امور خارجه ايران تحولات اوضاع افغانستان، همکارى‌هاى منطقه‌اى و بين‌المللى را مورد بحث و تبادل نظر قرار دادند. وى همچنين از رئيس جمهور ايران براى شرکت در مراسم پنجاهمين سالگرد استقلال آن کشور و شرکت در اجلاس کنفرانس اسلامى در مارس ۱۹۹۷ (فروردين ۱۳۷۶) در اسلام‌آباد، دعوت نمود.


کتابخانهٔ مرکز فرهنگى ايران در لاهور در ۱۹ ژانويه ۱۹۹۷ (۳۰ دى ۱۳۷۵) از طرف سپاه صحابه به آتش کشيده شد. به‌دنبال اين حادثه سفير پاکستان در تهران به وزارت امور خارجه احضار شد و مراتب اعتراض شديد ايران نسبت به اين حادثه اعلام شد. استاندار ايالت پنجاب پاکستان اعلام کرد که دولت پاکستان زيان‌هاى وارده به کتاب‌خانه رايزن فرهنگى ايران را پرداخت مى‌کند.


در ۲۰ فوريه ۱۹۹۷ (۲ اسفند ۱۳۷۵) تروريست‌هاى مسلح به خانهٔ فرهنگ ايران در شهر مولتان در ايالت پنجاب پاکستان حمله کردند و هفت تن از جمله مسئول اين مرکز را به شهادت رساندند. رئيس جمهور و نخست وزير پاکستان اين حادثه را محکوم نمودند و وعدهٔ رسيدگى به آن را دادند. يک شاخه مسلح وابسته به گروه سپاه صحابه به‌نام سخنگوى پاکستان مسئوليت حمله به خانه فرهنگ ايران را به عهده گرفته است. وزارت امور خارجه ايران با احضار سفير پاکستان نسبت به اين اقدام شديداً اعتراض کرد.


نوازشريف نخست وزير پاکستان در ۱۷ آوريل ۱۹۹۷ (۲۷-۲۶ خرداد ۱۳۷۶) پس از اجلاس کشورهاى در حال توسعه (دى - ۸) در ترکيه به ايران سفر نمود و با آقاى هاشمى رفسنجانى رئيس جمهور ايران ملاقات و مذاکره نمود.


کمال خرازى وزير ايران پس از انجام آزمايش‌هاى هسته‌اى پاکستان در اول ژوئن ۱۹۹۸ از اين کشور ديدار کرد و اظهار داشت که تهران از تحريم‌هاى بين‌المللى برعليه اسلام‌آباد حمايت نمى‌کند. در ملاقات بين نوازشريف و خرازى دو طرف موافقت‌ کردند که روابط اقتصادى و تجارى را توسعه داده و کوشش‌هاى مشترکى براى حل مسئله افغانستان انجام دهند.


وزارت امور خارجه ايران در ۹ اوت ۱۹۹۸ سفير پاکستان در تهران را احضار نمود و مراتب نگرانى ايران در مورد گم شدن ۱۱ ديپلمات ايرانى پس از حمله طالبان به مزارشريف را به وى ابلاغ نمود.


آقاى بروجردى نماينده ايران در امور افغانستان گفت که ايران از پاکستان خواسته بود که مسئوليت حمايت از مأموران ايرانى در مرازشريف پس از حمله طالبان به اين منطقه را به عهده بگيرد و اکنون اسلام‌آباد مسئول اين عمل است، سفير پاکستان در تهران گفت که اين کشور مسئول وقايع شمال افغانستان نيست اما از همه نفوذ خود براى تأمين امنيت ايرانى‌ها استفاده مى‌کند. وزير مشاوره در امور خارجى پاکستان صديق‌خان کانجو براى بحث در مورد اين مسئله در ۲۴ اوت به تهران رفت. در ۱۰ سپتامبر وزير خارجه ايران اظهار داشت که ايران، طالبان و پاکستان و مسئول کشتار فجيع ديپلمات‌ها در افغانستان مى‌داند و ايران اين حق را براى خود محفوظ مى‌دارد که از خودش دفاع کند. سرتاج عزير وزير خارجه پاکستان در ۱۷ سپتامبر براى اعلام تأسف پاکستان از کشتار ديپلمات‌هاى ايرانى و کاهش تنش‌ در مرزهاى ايران و افغانستان به ايران سفر کرد. در ۱۹ سپتامبر پنج ايرانى و سپس بقيه ايرانيان که توسط طالبان زندانى شده بودند آزاد شدند. آقاى خاتمى و نوازشريف در حاشيه مجمع عمومى سازمان ملل در مورد مسائل گفتگو کردند.


به دنبال حمله به ديپلمات‌هاى ايرانى در مرازشريف در اکتبر ۱۹۹۸ وزير امور خارجه ايران اظهار داشت: ديپلمات‌هاى ايرانى مى‌توانند تا هنگامى که امنيت آنها تأمين نشده به ايران بازگردند.


وزير خارجه پاکستان در طى ديدار از ايران در ۲ ژانويه گفت که ايران و پاکستان کار مى‌کنند تا سوء تفاهم‌ها را برطرف نموده و روابط را تقويت نمايند.


در ۲۸ ژوئيه ۱۹۹۹ آقاى عطاءالله مهاجرانى وزير فرهنگ و ارشاد اسلامى براى ديدار و بحث با همتاى پاکستانى خود وارد اسلام شد. پس از مذاکرات موافقت‌نامه‌اى بين دو کشور امضاء گرديد. چودرى شجاعت حسين وزير کشور پاکستان با موسوى لارى وزير کشور در تهران در مورد راه‌هاى مقابله با تجارت موادمخدر در ۲۳ اوت ۱۹۹۹ بحث و تبادل نظر کردند. پس زا اين ملاقات موافقت‌نامه‌اى بين دو کشور در مورد مبارزه عليه تجارت موادمخدر امضاء شد.


آقاى خاتمى رئيس جمهورى ايران در طى مذاکره با سفير پاکستان در ايران در ۷ نوامبر ۱۹۹۹ اظهار داشت که اميدوار است روابط دو جانبه دو کشور توسعه يافته و تغيير دولت در پاکستان اثرى در توسعه روابط نداشته باشد.


در ۸ دسامبر ژنرال پرويز مشرف رئيس اجرائى پاکستان با آقاى خاتمى در تهران ديدار کرده و ضمن گفتگو پيرامون آخرين وضعيت روابط دو جانبه، همچنين رئيس جمهور ايران را در خصوص علل وقوع کودتا در پاکستان توجيه نمود.


يک هيأت پاکستانى به رهبرى عبدالله يوسف قائم مقام وزير نفت پاکستان براى بحث در مورد پروژه خط لوله که از ايران به پاکستان و هند کشيده مى‌شود، در ۱۱ مارس ۲۰۰۰ به تهران رفت. براساس اظهارات رسمي، پاکستان به ايران اطمينان داد که از اين پروژه حمايت مى‌کند. در ۵ آوريل امين‌زاده معاون وزير خارجه ايران با عبدالستار وزير خارجه پاکستان در اسلام‌آباد ديدار و در مورد روابط دوجانبه و مسئله کشمير و افغانستان بحث کرد.


پاکستان و ايران در ۲۸ آوريل ۲۰۰۰ موافقت‌نامه‌اى در مورد اجراءِ تصميماتى که در طى يازدهمين کميسيون مشترک اقتصادى ايران، پاکستان در مه ۱۹۹۹ گرفته شد، امضاء کردند. در ۵ ژوئن ۲۰۰۰ پاکستان با ايران موافقت‌نامه‌اى در مورد وارد کردن روزانه ۳۰ هزار بشکه نفت خام سبک امضاء کرد. در ۹ ژوئن ۲۰۰۰ ژنرال مشرف با آقاى خاتمى در حاشيه اجلاس اکو در تهران ديدار کرد. ايران تأکيد کرد که به پاکستان به‌عنوان دوست و همسايه توجه دارد و روابط دو کشور داراى ريشه تاريخى است.


ژنرال مشرف پس از کودتا و استقرار دولت نظامى به اراده سياسى اسلام‌آباد جهت حل ريشه‌اى مسئله فرقه‌‌گرائى در پاکستان و حل و فصل پرونده شهداى ايرانى تأکيد ورزيد و به موازات اقدامات دولت به منظور تأمين امنيت و آرامش در کشور پرونده حق نواز قاتل شهيد گنجى نيز در نهايت مراحل نهائى خود را سپرى نموده و حکم اعدام قاتل پس از يازده سال در مارس ۲۰۰۱ (اسفند ماه ۱۳۷۹) به مورد اجراء درآمد. اين تحول توانست يکى از موانع اصلى بر سرتوسعه مناسبات دوجانبه ميان ايران و پاکستان را برطرف سازد و به دنبال آن سفر جناب آقاى دکتر روحانى دبير شوراى‌عالى امنيت ملى جمهورى اسلامى ايران در رأس يک هيأت عالى‌رتبه به اسلام‌آباد در مه ۲۰۰۱ (ارديبهشت ماه ۱۳۸۰) توانست تا حد زيادى يخ‌هاى روابط فيمابين را ذوب نمايد.