از ابتداى ظهور آئين اسلام، مسلمانان عرب و ايرانى سفر به منطقه آسياى جنوب شرقى را شروع کردند. اين سفرها که اغلب با مقاصد بازرگانى انجام مى‌شد سبب ترويج دين اسلام در منطقه وسيعى (شامل برونئي، اندونزي، مازى و سيام) گرديد. اقامت و حضور مسلمانان دريانورد و بازرگانان رفته رفته باعث نفوذ فرهنگ اسلامى در ميان ساکنان اين مناطق شد. برخى شواهد تاريخى نظير الواح سنگ نوشته‌ها دلالت بر اين امر دارد. شايد قديمى‌ترين آن سنگ قبرى متعلق به زنى مسلمان باشد که در قرن پنجم هجرى (قرن ۱۱ ميلادي) وفات نموده است. به تدريج خود مردم بومى که به دين اسلام گرويده بودند مروج اين شريعت در منطقه شدند. مسلمانان مهاجر به ويژه ايرانيان نزد مردم و حاکمان منطقه از حرمت و اعتبار بالايى برخوردار و داراى مناصب مهم دولتى بودند. سفرنامه‌هاى جهانگردانى همچون مارکوپولو (قرن ۱۳ ميلادي) و ابن‌بطوطه (قرن ۱۴ ميلادي) مؤيد اين امر است.


با مسلمان شدن حاکمان منطقه درقرن ۱۴ و ۱۵ ميلادي، اسلام از نفوذ بيشترى برخوردار شد و اين امر تا شروع دوران استعمارى ادامه يافت، سابقه اين نفوذ و ارتباط فرهنگى در آثار تاريخى و روايت مورخان و جهانگردان مشهود است.


حضور ايرانيان در منطقه (از جمله جزيره مالايا و اندونزي) سبب رواج لغات و اصطلاحات بسيارى از زبان فارسى در زبان و ادبيات مالايو گرديد. البته اين تأثير در نثر مالايو بيشتر از شعر آن بود. همچنين زبان و ادبيات مالايو حاوى لغات و اصطلاحات بسيارى نيز از زبان عربى است. زبان مالايو تا قبل از دوران استعمارى غرب با خط الفباى عربى نگاشته مى‌شد که به حروف جاوى شهرت داشت و با ورود استعمار به منطقه به الفبائى لاتين تغيير يافت. البته نگارش رسم‌الخط قديم هنوز به طور کامل منسوخ نشده است درحال حاضر ميان ايران و مالزى روابط فرهنگى خاصى وجود ندارد و هيچيک از دو کشور داراى مؤسسات فرهنگى در کشور مقابل نيستند، ولى موضوع از سوى دو کشور در دست بررسى است.