با شروع جنگ جهانى دوم و پس از حمله نيروهاى ژاپنى به پرل هاربور (هاوائي) در سال ۱۹۴۱، ژاپنى‌ها حرکت به سوى جنوب را آغازکرده و پس از سقوط سنگاپور، وارد هند شرقى هلند (اندونزي) شده و در ماه مارس ۱۹۴۲ آن‌ را اشغال کردند. دوره سه سال‌ و نيم اشغال اندونزى توسط ژاپن فرصتى مهم براى استقلال اين کشور بود. سوکارنو و حتى از زندان آزاد شدند و در ظاهر به همکارى با مقامات ژاپنى پرداختند ولى در خفا به انجام فعاليت‌هاى زير زمينى مبادرت ورزيدند. ژاپنى چندى بعد در اثر فشارهاى ناشى از جنگ و قطع خطوط مواصلاتى و همچنين گسترش شورش‌هاى داخلى در اندونزى، اجازه دادند که پرچم دورنگ (سُرخ و سفيد) اندونزى به اهتزاز درآمد. سپس سرود ملى اندونزى بزرگ و نيز زبان اندونزيائى را به عنوان نمادهاى ملى به رسميت شناختند و بالاخره با انتقال اداره امور داخلى به اندونزيائى‌ها موافقت کردند و بدين ترتيب مقدمات استقلال اندونزى فراهم شد.