پس از اعلام استقلال کرواسي، جمهورى اسلامى ايران از جمله معدود کشورهائى بود که اين کشور و ديگر جمهورى‌هاى يوگسلاوى سابق را به رسميت شناخت. در تاريخ ۲۱/۱۲/۷۰ وزارت امور خارجه جمهورى اسلامى ايران طى بيانيه‌اى هر سه کشور کرواسي، اسلوونى و بوسنى و هرزگوين را با هم در يک روز به رسميت شناخت در بخشى از بيانيه آمده است: با توجه به احترام به خواست و اراده ملت‌ها که همواره از اصول سياست خارجى جمهورى اسلامى ايران است و نيز عطف به تحولات اخير يوگسلاوى و خواست مردم جمهورى‌هاى آن به سوى نيل به استقلال به اين وسيله دولت جمهورى اسلامى ايران استقلال جمهورى‌هاى کرواسي، بوسنى و هرزگوين و اسلوونى را به رسميت مى‌شناسد. بر اين اساس جمهورى اسلامى ايران ضمن برقرارى روابط ديپلماتيک با جمهورى‌هاى مذکور آمادگى خود را جهت گسترش همکارى‌هاى سياسي، اقتصادى و فرهنگى با آنها اعلام داشته و با استقبال از تحقق خواست و اراده اين ملت‌ها اميدوار است کشورهاى مذکور در شرايط جديد و با ورود به جامعه بين‌المللى بتوانند در جهت رفاه مردم خود و تثبيت صلح و امنيت منطقه‌اى و بين‌المللى نقش سازنده ايفا نمايند.


جمهورى اسلامى ايران در مهرماه ۱۳۷۱ اقدام به گشايش سفارت در زاگرب نمود و به‌دنبال آن در تاريخ ۲۲/۲/۷۲ محمدجواد آسايش به‌عنوان اولين سفير جمهورى اسلامى ايران در کرواسي، استوارنامه خود را تقديم توجمان رئيس جمهور اين کشور کرد. دکتر عثمان‌مفتيچ که يک مسلمان اهل کرواسى است نيز به‌عنوان اولين سفير کرواسى در جمهورى اسلامى ايران منصوب گرديد.


چگونگى روابط جمهورى اسلامى ايران و کرواسى از آغاز استقلال اين کشور تاکنون رابطه تنگاتنگى با عملکرد اين جمهورى در قبال مسلمانان بوسنى و هرزگوين داشته است، اصولاً توسعه روابط با کرواسى بيش از هر چيز از آن جهت براى کشورمان به‌عنوان يک اولويت مطرح است که اين کشور تنها راه ارتباطى و کمک‌رسانى به مسلمانان بوسنى بوده و هست. لذا جمهورى اسلامى ايران از همان ابتدا به‌منظور داشتن مرکزيتى در کنار مرزهاى بوسنى و هرزگوين و نظارت دقيق حوادث اين جمهوري، همان‌گونه که قبلاً گفته شد اقدام به تأسيس سفارت در زاگرب نمود و تاکنون با اتخاذ يک ديپلماسى فعال، تبادل هيئت‌هاى سياسي، اقتصادى و فرهنگى متعدد و فراهم ساختن زمينه‌هاى گسترش همکارى‌هاى اقتصادى تلاش نموده از يک سو به بهبود هر چه بيشتر روابط کروات‌ها و مسلمانان در بوسنى کمک نموده و از سوى ديگر کشورمان را قادر نمايد تا در حد توان از طريق کرواسى دولت بوسنى را مورد حمايت خويش قرار دهد. در اين راستا سفرهاى متعدد مقامات بلندپايه کشورمان به زاگرب انجام گرفته است و از سوى ديگر نيز سعى شده است تا سفرهاى مقامات بلندپايه کرواسى به جمهورى اسلامى ايران بدين منظور انجام پذيرد.

چگونگى موضع‌گيرى در سازمان‌هاى بين‌المللى بر له يا عليه جمهورى اسلامى ايران

کرواسى از زمان استقلال تاکنون، سياست جدائى از هر گونه ترتيبات بالکانى والحاق به دنياى غرب را مجدانه در پيش گرفته و در اين راه سعى نموده تا به هر نحو ممکن نظر مساعد قدرت‌هاى غربى را جلب نمايد. بر اين اساس، تبعيت از نظرات قدرت‌هاى غربى در سازمان‌هاى منطقه‌اى و بين‌المللى يکى از شيوه‌هاى بوده است که اين کشور در تحقق اهداف خود در پيش گرفته و سعى نموده است تا در سازمان‌هاى بين‌المللى مطابق با نظرات غربى‌ها و به‌ويژه آمريکا رأى دهد. در رابطه با جمهورى اسلامى ايران نيز اين کشور در سازمان‌هاى بين‌المللى کم و بيش از سياست فوق پيروى مى‌کند با اين تفاوت که به لحاظ موقعيت و جايگاه خاص جمهورى اسلامى ايران در بين کشورهاى اسلامى و روابط نسبتاً خوب دوجانبه در طول بحران بوسنى وهرزگوين، سعى کرده در رأى‌گيرى‌هاى بين‌المللى چنانچه حساسيت غربى‌ها را برنيانگيزد به نفع جمهورى اسلامى ايران رأى داده و در غير اين‌صورت از شرکت در جلسات خوددارى نمايد.

اهم سفرها و ديدارهاى دوجانبه

- سفر جناب آقاى ناطق نورى رياست محترم مجلس شوراى اسلامى به همراه آقايان وهاجى و کازرونى به زاگرب در فروردين ماه ۱۳۷۲.


- سفر جناب آقاى دکتر ولايتى وزير امور خارجه وقت در ارديبهشت ۱۳۷۳.


- سفر جناب آقاى والنتيچ نخست وزير کرواسى به تهران در فروردين ۱۳۷۳.


- سفر آقاى والنتيچ و سيلايجيچ نخست وزيران کرواسى و بوسنى و هرزگوين به تهران شهريور ماه ۱۳۷۳.


- سفر آقاى واعظى معاون وقت اروپا و آمريکاى وزارت امور خارجه به کرواسى آبان ماه ۱۳۷۳. (گفتگوهاى سه جانبه و دوجانبه)


- سفر آقاى ترکان وزير راه وترابرى به کرواسى آذر ۱۳۷۳.


- سفر حجت‌الاسلام موحدى ساوجى نماينده مجلس شوراى اسلامى به کرواسى اسفند ماه ۱۳۷۳.


- سفر آيت‌الله جنتى عضو فقهاى شوراى نگهبان و نماينده ولى فقيه در امور بوسنى و هرزگوين بهمن ماه ۱۳۷۳.


- سفر آقاى خوشرو معاون هنرى وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامى به کرواسى اسفند ماه ۱۳۷۳.


- سفر آقاى رحيم‌پور مدير کل اروپاى مرکزى و شمالى وزارت امور خارجه در فروردين ماه ۱۳۷۴.


- سفر آقاى دکتر حبيبى معاون اول رياست جمهورى به همراه جناب آقاى ترکان و آل‌اسحاق وزراء راه و بازرگانى به زاگرب در خرداد ماه ۱۳۷۴ (گفتگوى سه‌جانبه و دوجانبه).


- سفر آقاى دکتر ولايتى وزير امور خارجه وقت به کرواسى (اسپليت و موستار) در مرداد ماه ۱۳۷۴ (گفتگوهاى سه‌جانبه و دوجانبه).


- سفر آقاى ماتِشا وزير اقتصاد و رئيس کميسيون مشترک اقتصادى به تهران در مهرماه ۱۳۷۴ (نامبرده پس از بازگشت از تهران به سمت نخست‌وزير کرواسى منصوب گرديد).


- سفر آيت‌الله جنتى عضو فقهاء شوراى نگهبان و نماينده ولى فقيه در امور بوسنى و هرزگوين به اتفاق حجت‌الاسلام غيورى نماينده ولى فقيه در هلال احمر جمهورى اسلامى ايران به زاگرب در مهر ماه ۱۳۷۴.


- سفر آقاى دکتر ولايتى در رأس يک هيئت سياسى - اقتصادى در آذرماه ۱۳۷۴.


- سفر آقاى خاموشى معاون وزير صنايع و رئيس سازمان گسترش صنايع در دى ماه ۱۳۷۴.


- سفر آقاى لوژاونس وزير دريانوردي، راه و ارتباطات کرواسى به ايران در ارديبهشت ماه ۱۳۷۵ جهت شرکت در مراسم افتتاح خط آهن سرخس - تجن.