بهداشت مدارس در عين حال که هدف‌هاى بهداشت عمومى را تعقيب مى‌نمايد داراى هدف‌هاى اختصاصى زير نيز مى‌باشد:
۱. ايجاد ميل به سلامت و نشاط در کودکان و نوجوانان.
۲. آماده کردن کودکان و نوجوانان براى يک زندگى توأم با نشاط و سلامت.
۳. آموزش صحيح اصول بهداشت و تکرار عادات و تمرين‌هاى بهداشتى به‌طور مداوم تا حدى که طبيعت ثانويه آنان شود.