برنامه آموزش بهداشت مدارس را به‌صور مختلف مى‌توان اجراء کرد. متداول‌ترين روش‌ها در اين زمينه عبارتند از:
۱. آموزش بهداشت با استفاده از فرصت‌هاى مناسب، مثلاً دانش‌آموزى که خود شاهد عطسه، سرفه و آبريزش بينى يا به‌طور کلى بيمارى همکلاسى خود مى‌باشد، بهتر معنى بيمارى واگيردار و اثرات سرايت آن را متوجه مى‌شود و به ذهن مى‌سپارد تا دانش‌آموزى که به‌طور ذهنى از عوارض بيمارى‌هاى عفونى برايش صحبت مى‌شود.
۲. استفاده از کتاب‌هاى راهنماى آموزش بهداشت.
۳. آموزش از طريق برنامه‌هاى سازمان‌يافته مثل تعيين سؤالات، خلاصه‌نويسى‌ها و تشکيل جلسات تحليلى.
۴. بحث در کلاس و آموزش دسته‌جمعي.
۵. تجربه مستقيم با بهره‌گيرى از خود دانش‌آموزان مثل اجراء و توضيح مسائلى در زمينه پيشگيرى از حوادث، مقررات ايمنى و يا واکسيناسيون.
۶. راهنمائى و آموزش فردى در جهت مسائلى که دانش‌آموز از مطرح شدن آن در جمع ناخشنود مى‌شود.
۷. گردش علمى که در آن مربيان و مراقبين بهداشت، چند روزى به‌نحوه پيدا و پنهان زندگى دانش‌آموز وقوف يافته و در جريان آن قرار مى‌گيرد و مشکلات بهداشتى وى را از طريق آموزش‌هاى استفاده از فرصت مناسب برايش بيان مى‌کند.
۸. از راه نمايشنامه و بازى روى سن.
۹. از طريق نمايش عملى کارها به‌وسيله آموزش‌دهنده، مثلاً چگونگى مسواک زدن دندان‌ها.
۱۰. تشکيل نمايشگاه‌هائى در زمينه‌هاى بهداشت دهان و دندان، کمک‌هاى اوليه و مقررات ايمني...
۱۱. استفاده از وسايل کمک‌آموزشى مثل تابلو، کارت، عکس، فيلم، ضبط‌صوت، پوستر و ...
۱۲. از طريق کنفرانس‌ها و بحث‌ها.
اين نکته قابل ذکر است که تعليم دستورات و مباحث بهداشتى نمى‌تواند به تنهائى و بدون برقرارى ساير موازين بهداشتى مثمر شود و به نتيجه مطلوب انجامد. بلکه دولت نيز بايد در ارتباط با آن و فراهم کردن امکانات، تأمين و حفظ زمينه‌هاى بهداشتي، مردم را يارى داده و استمرار و استقرار برنامه‌ها را حمايت کند. همچنين بايد اضافه کرد که مباحث بهداشتى و تعليم دستورات آن را نمى‌توان فقط در يک برنامه مدون و محدود، خلاصه و قالب‌بندى کرد، بلکه مى‌بايست رسانه‌هاى گروهى به‌طور پيگير و پيوسته، نکته‌ها و گوشه‌هائى از آن را در فرصت‌هاى مناسب بازگو کنند تا يکى از شعارهاى سازمان جهانى بهداشت يعنى بهداشت براى همه و همه براى بهداشت حداقل در آينده اين دانش‌آموزان تحقق پذيرد.