این سازمان وظیفه تحقق اصل پنجاهم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به منظور حفاظت از محیط زیست و تضمین بهره‌مندی درست و مستمر از محیط زیست و همسو با توسعه پایدار و پیش‌گیری و ممانعت از تخریب و آلودگی محیط زیست و حفاظت از تنوع‌زیستی کشور را بر عهده دارد.