روش تحقيق در جغرافياى اقتصادى کاربردى به‌طور عام در راستاى روش علمى و به‌طور خاص در چارچوب روش تحقيق جغرافيا قرار دارد. اساس تحقيق در جغرافياى اقتصادى محض و کاربردى در بيشتر موارد يکسان است. تفاوت اين دو عمدتاً در نوع و کيفيت اطلاعات لازم، جهت‌گيرى تحليل‌ها و نيز فرآيند تصميم‌گيرى و اعلام موضع عملى است که اختصاص به جغرافياى کاربردى دارد.
مراحل اساسى و کلى تحقيق در جغرافياى اقتصادى کاربردى به‌شرح زير مى‌باشد:
- انتخاب موضوع (مسئله، مشکل)
- مطالعه مقدماتى و طرح و تجديد مسئله
- گردآورى اطلاعات و دسته‌بندى آنها
- تجزيه و تحليل مسائل و مشکلات
- ارزيابى راه‌حل‌هاى گوناگون
- انتخاب راه‌حل بهينه و تصميم‌گيري: موضع‌گيرى عملى نسبت به آينده.
تعيين و تعريف مسئله مورد تحقيق به منزلهٔ بنيانى‌ترين قدم در راستاى نيل به راه‌حل تلقى مى‌شود. دقت نظر دربارهٔ تعيين دقيق و جامع مسئله به نوبه خود در به‌دست دادن نوع اطلاعات و نحوهٔ تجزيه و تحليل آنها مؤثر است. گام‌هاى بعدى فرآيند تحقيق در گرو تعيين دقيق، کامل و جامع مسئله موردنظر است. وجود ابهام در تعريف و تعيين مسئله خود موجب راه‌حل‌ها و گزينه‌هاى متعددى مى‌گردد و نتايج مطلوب و راه‌گشائى ندارد. اهميت بيان تفضيلى و منطقى مسئله و موضوع تحيقى در جغرافياى اقتصادى نظرى و جغرافياى کاربردى هر دو به تساوى مطرح هستند.
نخستن گام بنيانى در تعريف مسئله مورد تحقيق به‌ويژه در جغرافياى اقتصادى کاربردي، درک شرايط زمينه‌اى است که ضروريت انجام تحقيق و ارائه و راه‌حل مسئله را توجيه مى‌کند. نحوهٔ درک اين شرايط از موقعيتى به موقعيت ديگر متفاوت است. دومين گام در تعريف مسئله، تفکيک و تجزيه مسئله به اجزاء کوچک‌تر و نحوهٔ ارتباط هريک از اجزاء با يکديگر است. به‌طور خلاصه در تعيين و تعريف مسئله، نخست محقق بايد از طريق فهم شرايط زمينه و اجزاء تشکيل‌دهندهٔ مسئلهٔ، به بررسى آن بپردازد.
پژوهشگر مى‌تواند به تفکر دربارهٔ نيروهاى درونى و بيرونى مرتبط با مسئله بپردازد. عوامل درونى مشتمل بر اجزاء قابل تعريف و روابط کارکردى حاکم است. نيروهاى خارجي، عواملى هستند که با توجه به ساختار مسئله بيرونى به حساب مى‌آيند، ولى اثراتى بر روى مسئله مورد تحقيق دارند. اين عوامل معرف شرايط زمينه‌اى هستند که بايد در راستاى ارائه راه‌حل مورد توجه قرار گيرند. بدين ترتيب، موضوع و مسئله تحقيق به منزلهٔ بخشى از يک مسئله مجزا و بزرگتر تلقى مى‌شود. عدم توجه به مسئله مورد تحقيق در داخل يک سيستم بزرگتر، خود منجر به تعبير غلط از مسئله مورد نظر مى‌گردد. استقرار يک کتابخانه، به‌عنوان مسئله‌اى در جغرافياى کاربردي، مستلزم توجه به نيروها و عوامل درونى و برونى است. در اين حالت نيروهاى درونى بسيار ساده هستند و اندازه (ظرفيت کتابخانه) و فضاى مورد نياز مطالعه، مقدار بودجه و نظاير آن را مشخص مى‌کند. اين نيرو به منزلهٔ نمونه‌هائى از محدوديت‌هاى دروني، مسئله مکان‌يابى کتابخانه را تحت تأثير قرار مى‌دهند. درک محدوديت‌هاى برونى و يا شرايط زمينه‌ساز به مراتب پيچيده‌تر است: در اين خصوص، نحوهٔ کاربرى اراضي، مرکزيت نسبت به ثقل جمعيت، موقعيت اين واحد در دست احداث نسبت ديگر کتابخانه‌ها، الگوى فضائى بهره موقعيتي، بررسى اثرات زيست‌محيطى و مسئله ترافيکى به‌عنوان مهمترين عوامل و محدوديت‌هاى برونى بايد مورد توجه قرار گيرد، ناديده گرفتن اين عوامل زمينه‌ساز حتى در سايهٔ توجه دقيق به عوامل دروني، منجر به مکان‌يابى ناقص و فاقد کارآئى لازم مى‌گردد.
پس از تعيين و تعريف دقيق مسئله، دسترسى به اطلاعات مناسب براى شناخت ابعاد مسئله گام بعدى است. البته دسترسى به اطلاعات چندان آسان نيست. سرشمارى آمارى اغلب فاقد تمامى اطلاعات لازم است. بنابراين پژوهشگرى ميدانى و ايجاد نقشه‌ها و به‌کارگيرى عکس‌هاى هوائى و ماهواره‌اى در جهت تکميل اطلاعات بسيار مؤثر است. برخى از موضوعات تحقيقى به اطلاعاتى از درون آرشيوها و مآخذ تاريخى نياز دارد. در مواردى ضرورت تحقيق، دسترسى به گزارش‌هاى دولتى معتبر را يادآورى مى‌کند. به هر حال، اطلاعات بايد بسيار مرتبط و مناسب با مسئله تحقيق باشد چراکه در غير اين صورت دسترسى به راه‌حل بهينه امکان‌پذير نمى‌شود.
گام بعدي، انجام تجزيه و تحليل به‌منظور ارائه راه‌حل است. نوع روش تجزيه و تحليل، سؤالات عنوان شده در طرح مسئله به اطلاعات گردآورى شده بستگى دارد. داده‌ها در کل به سه دسته تقسيم‌بندى مى‌شوند. اولين ساده‌ترين و ابتدائى‌ترين نوع اطلاعات اسمى (Nominal) و غير کمى است. اين اطلاعات فاقد نظم و ترتيب به لحاظ اندازه و ارزش هستند. نمونه اين نوع داده‌ها، تقسيم جمعيت به دو گروه مردان و زنان، جهات اصلى در جغرافيا و يا انواع وسايل نقليه و مشاهدات مربوط به آنها را در بر مى‌گيرد. نوع دوم داده‌ها و اطلاعات، مشتمل بر داده‌هاى منظم و رديفى (Ordinal) بوده، در اين حالت مى‌توان داده‌ها را به لحاظ مقدار مرتب کرد. ولى على‌رغم ارزش مقداري، امکان تعيين ميزان تفاوت مقدور نيست. مثلاً طبقه‌بندى شهرها به بخش‌هائى از نظر اولويت زيست، گرچه بيانگر نظم و ترتى اهميت است. با اين وجود، مقدار اين اولويت و تفاوت را مشخص نمى‌کند. نوع سوم، داده‌هاى کمى با رعايت متساوى البعد (Interval) هستند که خود در برگيرندهٔ اطلاعات بسيار متنوعى است. در اين نوع داده‌ها ميزان و فاصلهٔ هر گروه مشخص است و ارزيابى آنها نيز از طريق واحد طول، درآمد و غيره امکان‌پذير خواهد بود.
گام بعد، ارزيابى راه‌حل‌هاى گوناگون مسئله است. در اين مرحله محقق جواب‌هاى گوناگون را به سؤال يا سؤالات مطرح شده در پژوهش مى‌دهد و سود و زيان هر يک از راه‌حل‌هاى خود را مشخص مى‌نمايد.
در گام آخر، با توجه به ملاک‌هاى علمى و تجارت عينى که در طى تحقيق کسب شده است. راه‌حل بهينه معلوم و تصميم‌گيرى مى‌شود. محقق در اين مرحله مواضع عملى خود را دربارهٔ متغيرهاى اصلى و فرعى مؤثر در مسئله يا موضوع، يا مشکل، اعلام مى‌کند.
يکى از موارد مهم در روند تحقيق جغرافيا اقتصادى کاربردي، شناخت و به‌کارگيرى مدل‌ها و تکنيک‌هائى است که در مرحله گردآورى اطلاعات و تجزيه و تحليل موضوع لازم مى‌باشد.