درمورد هزينه‌هاى برقرارى مکانيزم تبادل الکترونيکى اطلاعات بايد مسائل بيشتر درقالب مزاياى کلى آن در سطح اقتصاد کلان کشور و ارتقاى ارتباطات بين‌المللى و با عنايت به هزينه‌هاى روزافزون ادامه استفاده از روش‌هاى فرسوده کاغذى در آينده مورد بررسى قرار گيرد، ازاين‌رو ارزيابى دقيق توجيهات فنى و اقتصادى در بکارگيرى اين مکانيزم در عين ضرورت استفاده از آن، قدرى دشوار خواهد بود.
هزينه‌هاى مربوط به استفاده از تبادل الکترونيکى اطلاعات را مى‌توان به‌طور کلى در محورهاى زير خلاصه نمود:
- هزينه‌هاى مربوط به آموزش و آگاه‌سازى‌هاى عمومى و ايجاد فضاى قانوني
- هزينه‌هاى مربوط به استقرار سخت‌افزارها که معمولاً در هر نوع مکانيزاسيونى وجود دارد و يا هزينه‌هاى مربوط به هماهنگ‌سازى سخت‌افزارهاى موجود
- هزينه‌هاى مطالعاتى به اين معنى که برقرارى تبادل الکترونيکى اطلاعات بايد به همان شيوه‌اى انجام پذيرد که معمولاً در پروژه‌هاى مکانيزه وسيع عمل مى‌شود بدين معنا که هزينه‌هاى مربوط به بررسى‌ها و مطالعات اوليه، تهيه گزارشات حاوى توجيهات فنى و اقتصادى که توسط متخصصان و يا مشاوران انجام مى‌شود، درنظر گرفته شود.
- هزينه‌هاى مربوط به نرم‌افزارهاى موردنياز
- هزينه‌هاى مربوط به بسترسازى‌هاى سيستم‌هاى ارتباطى و مخابراتى که بستگى به نوع ابزار انتخاب‌شده دارد.
- هزينه‌هاى مربوط به تجديد ساختار تجاري، راه‌اندازى تبادل الکترونيکى اطلاعات در بخش‌هاى مرتبط با تجارت خارجى مانند پروژه سوئيفت (SWIFT) در بانک مرکزى و پروژه اسيکودا (ASYCUDA) در گمرک ايران.
- هزينه‌هاى مربوط به ايجاد شبکه‌هاى اطلاعات بازرگاني
- هزينه‌هاى عملياتى و نگهدارى که شامل هزينه‌هاى مربوط به توسعه سيستم‌ها و نرم‌افزارهاى جديد نيز مى‌شود.
گفتنى است که از ديدگاه توجيه فنى اقتصادي، طبق تجارب و گزارشات موجود مزاياى تبادل الکترونيکى اطلاعات و صرفه‌جويى‌هاى چشمگير ناشى از کاربرد آن و همچنين آثار و مزاياى رقابتى منحصربه‌فرد تبادل الکترونيکى اطلاعات چه درمورد کشورها و چه درمورد سازمان‌ها به‌طور قاطع بر هزينه‌هاى آن چيره مى‌شود.